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Investigation sur les bactéries responsables des infections urinaires et leur diagnostic par l'étude comparative

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par François ABALIKUMWE
Kigali Health Institute (KHI) - Bachelor Degree en sciences médicales 2004
  

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CHAPITRE III.CONSIDERATIONS PRATIQUES

3.1. METHODOLOGIE

Nous avons mené une étude prospective transversale qui s'est étendue sur une période de 3 mois. Notre délimitation est donc celle-ci :

1. temps : JUILLET au Début OCTOBRE 2004

2. Espace : Clinique du Centre Hospitalier Universitaire de Kigali, CHUK en ambulatoire et patients hospitalisées.

3. Domaine : Bactéries responsables des infections urinaires et leur diagnostic

Notre effectif est valable car, sur 325 échantillons recueillis, 320 ont été analyses systématiquement et leur résultats sont présentes dans les différents tableaux et graphiques (soit un effectif valable de 98,46%).

L'urine a été analyses par :

.L'examen macroscopique

.La bandelette urinaire réactive

.L'examen a frais entre lame et lamelle

.La coloration de Gram

.La culture et l'antibiogramme

3.2. PRESENTATION DU LIEU D'ETUDE

L'étude s'est déroulée au laboratoire du CHUK, Précisément dans le service de microbiologie, durant nos stages préparatoires et pendant des heures libres.

Le CHUK est situe dans la Mairie de la ville de Kigali, District de Nyarugenge, Secteur Gitega.

La population est composée des malades qui viennent en consultation clinique du CHUK et ceux qui sont en hospitalisation quelque soit l'âge, le sexe, la Provenance.

La méthode du questionnaire est adoptée dans cette étude.

3.3. METHODE

A. Réception des échantillons :

Les échantillons sont enregistrés : Nom, prenom, sexe du malade, service, médecin prescripteur, date de réception, numéro d'enregistrement et la provenance.

B .Examen macroscopique

Nous notons principalement l'aspect, la quantité, la couleur, le contenant et l'odeur.

C. Examen a la Bandelette réactive

La tige réactive est prolongée dans l'urine, la lecture se fait après une minute en comparant les couleurs obtenues avec celles du fabricant. On s'intéressé aux leucocytes, protéines, hématies, ph, densité, et les nitrites

NB : La lecture après 2 minutes et plus n'est pas prise en considération ; la lecture après trente secondes est possible pour les nitrites.

D. Examen microscopique

D.1. Examen entre lame et Lamelle

Apres l'obtention du culot de centrifugation, a l'aide d'une pipette pasteur stérile, une goutte est déposée sur une lame couverte d'une lamelle ; on examine a l'objectif 10X, puis 40X et on recherche : Hématie, Leucocytes, Bactéries, Levures, Cylindres, Parasites et Cristaux.

D.2.Examen après Coloration de Gram

L'examen est réalisé sur le culot de centrifugation après confection d'un étalement fixe par la chaleur de la flamme du bec Bunsen. La coloration se fait par :

-Violet de gentiane

-Lugol

-Alcool a 95% et Fuchsine

-Fuchsine

L'observation se fait au microscope avec l'objectif a immersion ( 100X)

Les bactéries Gram Positifs sont VIOLEETS

Les bactéries Gram Négatifs sont ROSES

Seule la coloration de Gram peut orienter le choix du milieu de culture et d'identification

E) Mise en Culture

Les milieux de culture permettent d'étudier les caractères biochimiques, enzymatiques, antigéniques et permettent l'identification des souches responsables.

3.3.1. MILIEUX DE CULTURE UTILISEES

A.GELOSE AU SANG (GS) : Milieu d'isolement des bactéries exigeantes, aérobies et anaerobies.Il permet de mettre en évidence le pouvoir hémolytique des germes

B.MAC CONKEY(MC): Cette gélose lactose est utilisée pour rechercher, isoler, et dénombrer les enterobacteries.Elle permet de distinguer parmi eux les fermenteurs de lactose et les non fermenteurs

C.MANNITOL SALT AGAR( MSA): Milieu sélectif pour les staphylocoques

D.SABOURAUD: Milieu sélectif pour les levures

E.KLIGLER: Milieu d'identification des entérobactéries permettent de mettre en évidence le pouvoir fermenteur ou non du glucose , du lactose ainsi que la production de H2S.

F.CITRATE : Milieu d'identification permettant de distinguer les entérobactéries

G.MIU : Milieu d'identification permettant de distinguer les entérobactéries par la mobilité, la fermentation du citrate ou non.

3.3.2. REACTIFS UTILISES

1. Bleu de méthylène --------------coloration

2. Réactif de KOVACS------------ Réaction couleur

3. Réactifs de GRAM---------------Coloration

4. Sérum de lapin-------------------Coagulase détection

5. Sérum humaine------------------Coagulase détection

6. Eau physiologique-------------Examen a frais

7. Eau oxygénée-------------------- > Catalase détection

3.3.3. TESTS FAITS POUR L'IDENTIFICATION

1. CATALASE

Ce test est fait pour différencier les bactéries productrices d'une enzyme, la catalase, comme les staphylocoques et les non producteurs de cette enzyme, comme les streptocoques

MODE : 3 ML H2O2+ COLONIE, PUIS OBSERVER LA REACTION

2.COAGULASE

Test effectue pour différencier S.Aureus des autres staphylocoques qui ne produisent pas cette enzyme.

3. TEST A LA DNASE

Test effectue aussi pour différencier S.Aureus qui produit cette enzyme de ceux qui ne la produisent pas.

4. TEST A L'OXYDASE

Test utilise pour identifier les bactéries comme Pseudomonas, Neisseria, Vibrio, Pasteurella des autres bacteries dont ce test est négatif.

MODE : Disque d'oxydase+ une colonie, puis observation du changement de couleur.

5.TEST DE L'UREASE

Test utilisé pour différencier les enterobacteries.Les colonies de proteus sont fortement productrices d'urease. Les germes comme Salmonella et Shigella ne produisent pas d'urease.

6. TEST DE L'INDOLE

Test très important pour l'identification des entérobactéries. Plusieurs types d'E.Coli, P.Vulgaris, P.Rettigeri, M.Morgani et Providence sont très spécifiques pour cette enzyme. En disposant de la réaction de Kovacs, avec les résultats du Citrate et du MIU, on identifie aisément E. Coli.

3.4. CONDITIONS D'ETUDE ET CONTRÔLE DE QUALITE

Les échantillons inclus sont :

-Ceux provenant de la clinique du CHUK accompagnes d'un bon comportant le renseignement clinique

Les échantillons exclus sont :

-Ceux des malades sous antibiothérapies datant d'une semaine, ou sans renseignements.

Les examens inclus sont :

-Examen macroscopique :

-Examen microscopique

-Examen cytologique

-Examen chimique

-Culture

-Antibiogramme

Non seulement les échantillons sont analyses au Laboratoire de Microbiologie du CHUK, mais également quelques échantillons - 30%- ont été contrôles dans d'autres laboratoires par d'autres techniciens capables d'effectuer les analyses citées.. 2% ont été transférées dans d'autres pays et les résultats qui nous sont parvenus par internet ne montraient pas de grandes différences ; ce qui fait que nos méthodes sont valables et nos recommandations doivent être considères.

Un post test de quelques jours concernant quelques échantillons a été effectue en Octobre et Novembre. Aucune particularité importante n'a été révélée a part l'isolement de P.Aeroginosa

3.5.DIFFICULTES RENCONTREES

L'objectif global de notre étude qui est de Rationaliser les bactéries responsables des infections urinaires et leur diagnostic a eu quelque difficulté

-Certains techniciens avaient l'impression que l'enquête était un test pour évaluer leur compétence et révéler leurs déficits du fait que nous étions des camarades dans le passe. Il en était le même pour quelque infirmières.

De ce fait les réponses faisant l'Object de notre étude ont parfois pris un peu de retard. Pour pallier a ce problème, il nous a fallu associer plusieurs méthodes et plusieurs moyens a propos du temps de collecte, questionnaire, d'examen, de la notation des résultats, pour atteindre notre objectif et fournir une information précise et scientifique.

-Les moyens de rédaction et de documentation n'ont pas été toujours facilement accessibles, comme la bibliothèque électronique. Mais la volonté et la détermination en avance nous ont aidé, nous avons pu recueillir le maximum des renseignements pour donner ce travail une valeur scientifique pour des recherches ultérieures.

CHAPITER 4 : PRESENTATION ET ANALYSE DES RESULTATS

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"En amour, en art, en politique, il faut nous arranger pour que notre légèreté pèse lourd dans la balance."   Sacha Guitry