2. ETUDE DE LA DIVERSITE DES MICROSYMBIOTES DU
SULLA
L'isolement des bactéries à partir des nodules
du sulla collectés des différents sites prospectés a
permis de constituer une collection de 50 isolats. Dans ce chapitre, on se
propose d'étudier la diversité phénotypique et
génétique de ces isolats.
2. 1. Caractérisation phénotypique des
rhizobiums
La caractérisation phénotypique des
différentes souches nodulant le sulla permet d'une part de
démontrer les variations phénotypiques entre les souches
rhizobiales et d'autre part sélectionner celles qui présentent
une bonne capacité de fixation de l'azote atmosphérique en
condition de culture stressante, comme le pH, la salinité, le calcaire
et la sècheresse.
2. 1. 1. Evaluation de l'infectivité des
isolats
Le contrôle de la capacité infective de la
collection rhizobiale exige le passage par un test de nodulation. Parmi les 50
isolats retenus, 45 ont été capables d'induire des nodules sur
les racines du sulla. Alors que les plants inoculés par les cinq isolats
restants se sont comportés comme les témoins non
inoculés.
2. 1. 2. Critères morphologiques
2. 1. 2. 1. Description des isolats
La coloration Gram a révélé la
présence d'une seule souche Gram+ (Hc12) parmi l'ensemble des
isolats testés. Le reste des isolats sont des gram- en forme
de bâtonnets de l'ordre de à 0,5 à 1 um de long (Figure
18).
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Bactéries en forme
de bâtonnet
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Figure 18: Observation sous microscope (x
103) des souches rhizobiales Gram-.
Ces isolats ont formé sur le milieu YEM/RC solide,
après 5 jours d'incubation à 28°C des colonies circulaires
à ovoïdes de diamètre variable et d'aspect différents
(Figure 19). La vitesse de prolifération est variable et les
premières colonies apparaissent au bout de 2 jours. Un mucus de
consistance coulante et d'aspect translucide a été observé
chez les souches à croissance rapide; alors que celles à
croissance plus lente avaient développé une consistance
épaisse et visqueuse avec une teinte blanchâtre.
A B C
Figure 19: Aspect des colonies
bactériennes sur milieu de culture YEMA/RC. A: diamètre 1-2mm, B:
diamètre 3-4 mm, C: diamètre 5-6 mm.
2. 1. 2. 2. Tolérance à la
salinité
La limite de tolérance sur milieu TY liquide des isolats
testés a été limitée à 700 mM,
alors que sur milieu gélosé, les seuils de
tolérance à la salinité ont été de 850 mM
(Figure 20). Ce résultat suggère une meilleure fiabilité
des tests en milieu liquide.
0 Mm 150 Mm 700mM 850mM
Souches sensibles
Souches tolérantes
Figure 20: Croissance des souches rhizobiales
à des teneurs croissantes en NaCl sur milieu gélosé.
L'évaluation de la tolérance des souches
à la salinité (150 mM) sur milieu liquide a montré que la
totalité des isolats bactériens présente une croissance
similaire au témoin (0 mM). A 200 mM de NaCl, la majorité des
isolats (84 %) arrivent à se développer. A partir de 400 Mm de
sel dans le milieu, 44 % de souches arrive à croitre. A une
concentration élevée de la salinité dans le milieu de
culture (700 mM), seulement 16 souches arrivent à se développer
(Tableau14). Tandis qu'aucune souche n'arrive à supporter la
concentration de 800 mM de NaCl (Figure 21).
Figure 21: Cinétique de tolérance
des souches rhizobiales de sulla selon la salinité (NaCl) du milieu de
culture liquide.
Avec des souches R. sullae, El Boutari (2009) a
rapporté des niveaux de tolérance au sel entre 170 à 850
mM NaCl. Cependant, Squartini et al. (2002) ont trouvé des
spectres de tolérance plus limités, compris entre 290 à
548 mM de NaCl. Des niveaux de tolérance à la salinité
beaucoup plus élevés (1190-1700 mM NaCl) ont été
notés avec souches rhizobiales nodulant le Lupin (Zahran et al.,
1994; Raza et al., 2001).
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