2. La diversité des rhizobiums
2. 1. La rhizosphère
La rhizosphère est un environnement particulier
où les flux de matières et d'énergie entre le sol et la
plante sont particulièrement intenses (Lynch, 1990). La richesse de la
rhizosphère en sucres, aminoacides, acides organiques, isoflavonoides,
régulateurs de croissance et en enzymes libérées par la
plante (Pierson et al., 2000), rend ce microenvironnement un site
d'une remarquable activité biologique et d'une richesse naturelle en
vers de terre, nématodes, protozoaires, champignons, algues et
bactéries.
Ces êtres vivants, les microorganismes en particulier,
sont requis dans le processus de décomposition et de recyclage des
nutriments de la rhizosphère de la plante (Germida et al.,
1998).
Les microorganismes rhizosphériques incluent les
symbiotes (rhizobiums, actinobactéries et champignons mycorhiziens) et
les saprophytes libres qui augmentent la disponibilité des nutriments et
la synthèse de substances de croissance des plantes et/ou suppriment les
pathogènes.
2. 2. Les rhizobiums
Les rhizobiums sont des bactéries du sol, appartenant
à la famille des Rhizobiaceae, Gram négatif, strictement
aérobies, possédant une forme de bâtonnets de 0,6 à
0,9 jnm de largeur et de 1,2 à 3 jnm
de longueur et non sporulant (Jordan, 1984). Ce sont des bactéries
mobiles grâce à un flagelle polaire ou subpolaire ou 2 à 6
flagelles péritriches (Werner, 1992). Leur croissance est optimale
à une température de 28 °C et un pH entre 6 et 7 (Burton,
1985).
La taxonomie moderne (Tableau 2) des rhizobiums inclus les
genres Rhizobium, Ensifer (Sinorhizobium), Mesorhizobium, Allorhizobium,
Azorhizobium, Bradyrhizobium, Methylobacterium et Burkholderia (Jordan
1982; Dreyfus et al., 1988; De Lajudie et al., 1994; 1998a;
1998b; Jarvis et al., 1997 Sy et al., 2001; Martens et
al., 2007, 2008; Van Berkum et al., 2006; Vinuesa et al.,
2008; Rivas et al., 2009 Ribeiro et al., 2009) qui
appartiennent à la sous classe des á
protéobactéries. Grâce aux progrès technologiques
utilisés en taxonomie qui se basent sur des critères
morphologiques, physiologiques ainsi que sur l'analyse des séquences,
d'autres genres appartenant aux â et
ã protéobactéries ont été
découverts (Chen et al., 2001; Moulin et al., 2001,
Benhizia et al., 2004; Franche et al., 2009; Masson-Boivin
et al., 2009).
Revue bibliographique
Tableau 2: Taxonomie des rhizobiums selon
Velazquez et al. (2010).
Espèces Plante hôte
Référence
Famille Rhizobiaceae, genre Rhizobium :
R. cellulosilyticum
R. etli
R. fabae
R. gallicum R. giardinii R. hainanense R. huautlense R.
leguminosarum
R. loessense R. lusitanum R. miluonense R. mongolense R.
phaseoli
R. pisi Pisum R. sullae
R. tibeticum R. tropici
R. yanglingense
Famille Rhizobiaceae, genre Ensifer (Sinorhizobium)
:
E. arboris E. fredii
E. kostiense E. meliloti E. medicae E. saheli
E. terangae
E. xinjiangensis
Famille Phyllobacteriaceae, genre Mesorhizobium
:
M. albiziae
M. amorphae
M. australicum M. caraganae
M. chacoense
M. ciceri
M. gobiense
M. huakuii
M. loti Lotus
M. mediterraneum M. metallidurans M. opportunistum M.
plurifarium
M. septentrionale M. shangrilense M. tarimense
M. temperatum M. tianshanense
Famille Hyphomicrobiaceae, genre Azorhizobium
:
A. dobereinereae A. caulinodans
Medicago Phaseolus Vicia
Phaseolus Phaseolus Desmodium Sesbania Pisum Astragalus
Phaseolus Lespedeza Medicago Phaseolus Pisum Hedysarum Medicago Phaseolus
Amphicarpaea
Acacia Glycine Acacia Medicago Medicago Acacia Acacia
Glycine
Albizia
Amorpha Biserrula Caragana Prosopis
Cicer
Chinese legumes Astralagus
Lotus
Cicer
Anthyllis Biserrula
Acacia Astragalus Caragana Chinese legumes Astragalus
Sophora
Sesbania
Sesbania
Garcýa-Fraile et al., 2007 Segovia et al.,
1993
Tian et al., 2008
Amarger et al., 1997 Amarger et al., 1997
Chen et al., 1997
Wang et al., 1998
Ramýrez-Bahena et al., 2008
Wei et al., 2003
Valverde et al., 2006 Gu et al., 2008
van Berkum et al., 1998 Ramýrez-Bahena et
al. , 2008 Ramýrez-Bahena et al., 2008
Squartini et al., 2002 Hou et al., 2009
Martý'nez-Romero et al.,1991
de Lajudie et al. 1992; Young et al., 2001 Tan et
al., 2001b
Nick et al., 1999; Young, 2003
Chen et al., 1988; Scholla & Elkan ,1984; Jarvis
et al., 1992; Young, 2003
Wei et al., 2002; Young, 2003
de Lajudie et al., 1994; Young, 2003 Rome et
al., 1996; Young, 2003
de Lajudie et al., 1994; Young, 2003 Chen et
al., 1988; Young, 2003
Wang et al., 2007
Wang et al., 1999
Nandasena et al., 2009
Guan et al., 2008
Velazquez et al., 2001
Nour et al., 1994; Jarvis et al., 1997 Han
et al., 2008
Chen et al., 1991; Jarvis et al., 1997 Jarvis
et al., 1997
Nour et al., 1995; Jarvis et al., 1997 Vidal
et al., 2009
Nandasena et al., 2009
de Lajudie et al., 1998
Gao et al., 2004
Lu et al., 2009
Han et al., 2008
Gao et al., 2004
Chen et al., 1995; Jarvis et al., 1997
Souza Moreira et al., 2006 Dreyfus et al.,
1988
Revue bibliographique
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