3.2.
Variabilité génétique du VIH
Figure 6 : Phylogenèse et répartition
géographique des isolats du VIH-1 et du virus simien.
Il existe une grande variabilité de sous-types du VIH.
L'émergence continue de nouveaux isolats est liée à la
mauvaise fidélité de retranscription de la transcriptase inverse
ajoutée au taux de renouvellement très élevé du
virus57. La mutation rapide des virions du VIH explique l'apparition
fréquente de résistances aux traitements.
La variabilité génétique du VIH provoque
aussi des différences dans les caractéristiques
phénotypiques des effets pathogènes du VIH. Trois grand groupes
peuvent être observés :
La variante (1) « n'induisant pas de
syncytium » (non-syncytium-inducing; NSI) avec une faible
capacité réplicative. (2) la variante NSI avec une haute
capacité réplicative et (3) la variante « induisant du
syncytium » (syncytium-inducing; SI), dérivant des variants
NSI, associé à un tropisme cellulaire pour les CD4+ et le
déclin rapide de ces cellules, une charge virale plasmatique plus
élevée et une progression plus rapide de la maladie. La
moitié environ des patients avec un SIDA ont une variante
SI58.
Les études phylogénétiques ont
identifié des clusters génétiques du gène
env du VIH-1, qui sont identifiés comme des sous-types. La
variabilité du gène env est élevée. La
séquence d'amino-acides V3 de ces variants génétiques
influence le phénotype du VIH et la réponse immune, faisant
varier les propriétés biologiques du VIH59. La
modification génétique au cours de l'infection peut aboutir
à un changement de tropisme cellulaire du VIH-1.
Les différents sous-types de VIH-1 qui ont surgit et
continueront à surgir dans l'évolution de
l'épidémie ont été identifiés avec certaines
répartitions géographiques, suivant les mouvements des
populations infectées par le virus au cours de l'histoire. La
variabilité biologique de ces sous-types permet pour une part
d'expliquer les différences dans la répartition de l'infection
dans les différents groupes à risque60. La
variabilité des sous-types du VIH-1 pourrait aussi perturber les
dépistages car le diagnostic, la sensibilité et la
spécificité des tests de laboratoire pourraient être
différents selon les isolats du virus61.
La figure 6 représente schématiquement la
phylogenèse des isolats du VIH-1. Les sous-types A à H
appartiennent au groupe le plus important. Le sous-type
« O », par contre est très différent et
apparaît génétiquement plus proche du virus simien (SIV) et
du VIH-262.
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