1.2.2 Propriétés statistiques
L'estimateur de l'apparentement de Milligan (2003) a, comme
tout estimateur du maximum de vraisemblance, de bonnes propriétés
statistiques à savoir la consistance, l'efficacité et la
normalité asymptotiques (en terme de nombre de locus) dans les
conditions de régularité standard (Tassi, 1985, chapitre 8). Ceci
explique pourquoi la méthode du maximum de vraisemblance est largement
utilisée en inférence statistique paramétrique. Cependant
à taille finie, l'estimation de l'apparentement par maximum de
vraisemblance de Milligan est biaisée. D'une manière
générale les méthodes d'estimation par maximum de
vraisemblance présentent un écart quadratique moyen plus faible
que celui des estimateurs obtenus par la méthode des moments mais
lorsque les données disponibles ne sont pas importantes, ce qui est le
cas si peu de marqueurs à différents loci sont disponibles, les
estimateurs du maximum de vraisemblance peuvent être fortement
biaisés (Thomas, 2005).
1.2.3 Limites du modèle de Milligan
L'estimateur de l'apparentement par maximum de vraisemblance
de Milligan peut présenter un biais lorsque les données
moléculaires ne sont pas abondantes. Mais son biais se rapproche de
celui des estimateurs des moments lorsque nous disposons d'un nombre important
de locus multi-alléliques (20 ou plus d'après Thomas (2005)).
D'une manière générale, les méthodes d'estimation
par maximum de vraisemblance donnent des estimateurs ayant une erreur
quadratique moyenne plus faible que celle des estimateurs obtenus par la
méthode des moments mais lorsque les données disponibles, c'est
à dire le nombre de locus marqueurs, ne sont pas abondantes, les
méthodes basées sur la vraisemblance fournissent des estimateurs
assez biaisés (Thomas, 2005). Ainsi, il faudrait disposer de beaucoup de
locus marqueurs poly-
morphes pour s'assurer de la possibilité d'avoir un
estimateur consistant de l'apparentement. Parmi les principaux
inconvénients ou limites du modèle de Milligan pour
l'apparentement, nous pouvons relever qu'il ne considère que les
génotypes d'un seul couple d'individus, que les fréquences
alléliques dans la population sont supposées connues et qu'il ne
prend pas en compte la disponibilité éventuelle d'une information
exogène.
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