Memoire Online - Recherche et validation de résistance génétique au dépérissement bactérien causé par pseudomonas syringae chez l'abricotier.

Les analyses d'association effectuées ont été réalisées avec 16478SNPs de positions physique connue et répartis sur l'ensemble du génome. Leur répartition est présentée dans le tableau ci-dessous:

Tableau 19: Caractéristiques du jeu de 16478 SNPs et la position des marqueurs au sein des gènes (76 accessions). La distance moyenne est celle entre deux SNP consécutifs, en kilobases.

chromosome	Position du dernier SNP	Nombre de marqueurs	distance moyenne (Kb)
1	46855781	3633	12,89
2	26737332	1841	14,52
3	21961609	1816	12,09
4	30131593	2009	14,99
5	18446676	1567	11,77
6	28872317	2237	12,9
7	22721651	1756	12,93
8	21801106	1619	13,46

Les 76 accessions re-séquencées représentent au mieux la diversité de Prunus armeniaca. Les analyses sont menées sur les caractères liés à la sensibilité à la maladie sur rameaux et feuilles: lgc, lge, bs, bi, sévérité, criblures, ainsi que leurs transformations pendant deux années consécutives. L'ensemble de 16478 SNPs ont servi à établir la structure populationnelle du panel. Le modèle le plus probable obtenu par STRUCTURE est celui de huit groupes génétiques.

L'apparentement (kinship) entre les individus est faible avec une moyenne de 0,012 et 33% de valeurs nulle.

Le choix du modèle d'association se fait par l'étude des relations entre les valeurs observées et les valeurs prédites par le modèle : plus la distribution est uniforme et se rapproche de la diagonale, meilleur est le modèle. Pour tous les caractères étudiés, le modèle le plus pertinent est le modèle GLM'simple' qui intègre seulement les données

de phénotypage et génotypage. En effet, il est le modèle donnant pour chacune des variables une répartition des p_valeurs observées la plus proche des p_valeurs théoriques (Annexe VII). Le seuil de probabilité retenu pour déclarer une association significative a été de p<0.001. La liste des marqueurs significatifs est reportée en Annexe VIII. Un total de 264 associations (222 SNPs) a été détecté et n'a pas été modifié après correction car l'ensemble des p-valeurs restent significatives au seuil 1.10^-3. Des associations ont été détectées pour toutes les variables (portant sur les rameaux et les feuilles) et sur tous les chromosomes, ce qui suggère une régulation polygénique de ces caractères.

De manière synthétique, le tableau 20 dresse un bilan des associations significatives entre marqueur et caractère observées (Annexe VIII) par variable. Chaque cellule reporte donc le nombre d'associations obtenues au cours des 2 années quelles que soient les transformations. La bissectrice correspond donc aux nombres d'association par variable. Les cellules situées sous la première bissectrice correspondent aux nombre d'associations communes à plusieurs variables: 2 marqueurs impliqués dans la longueur du chancre et de l'entaille, un marqueur impliqué dans le brunissement superficiel et le brunissement interne, et 2 marqueurs pour la sévérité et la criblure.

Ces observations suggèrent que le contrôle des composantes de la résistance des rameaux et des feuilles se fait de façon indépendante. Notons cependant qu'aucun marqueur n'a été détecté pour une variable donnée au cours des deux années.

Le nombre de SNPs significatifs pour chaque variable varie de 20 pour lgc à 90 pour bs. Le pourcentage de variation phénotypique expliqué par ces marqueurs varie de 3,6% à 53%.

Parmi les 42 marqueurs de bi et les 18 marqueurs de criblure, un marqueur colocalise avec la variable lgc, mais aucun chromosome ne contient toutes les variables liées aussi bien à la sensibilité sur rameaux et sur feuilles.

Le chromosome 4 est le chromosome contenant le plus d'associations significatives (47 associations) intégrant les variables liées à la sensibilité sur rameau de 2013 et 2014 ainsi que la variable criblure (Cribmoy13 et CribReglLog13).

Seul le chromosome 8 rassemble des associations pour toutes les variables liées aux deux organes et pour les deux années.

Tableau 20: Nombre d'associations marqueurs-caractères significatives avec le modèle GLM'simple'

	lgc	lge	bs	bi	sévérité	criblure
lgc	20
lge	2	32
bs	0	0	90
bi	1	0	1	42
sévérité	0	0	0	0	20
criblure	1	0	0	0	2	18

Recherche et validation de résistance génétique au dépérissement bactérien causé par pseudomonas syringae chez l'abricotier.

2.2 Analyse d'association dans le panel de RG constitué de 76 accessions re-séquencées pour la sensibilité à P. syringae observée sur rameaux et feuilles.