ANNEXES
Annexe I : Liste des variétés
et des pays d'origine représentant les 76 accessions du panel
re-séquencé dans le cadre du projet ABRIWG.
Mlle HADJ BRAHIM Mouna ANNEXES
86
Annexe II : Visualisation des quatre mesures
effectuées sur rameaux après inoculation tissulaire de P.
syringae (souche 41A), méthode Prunier.
1-Longueur de chancre : languette d'inoculation
et méplat
2-Longueur de la blessure résultant de
l'entaille: après décollement de la languette et
léger pelage.
3-Brunissement superficiel: après avoir
ôté l'écorce, tissus verts de l'année.
4-Brunissement interne : après un décorticage
profond partant de l'entaille.
Mlle HADJ BRAHIM Mouna ANNEXES
87
Annexe III: Repères visuels permettant la
notation des symptômes de sévérité sur feuilles
d'abricotier trois semaines après inoculation de P. syringae
(souche 41A) sur des blessures réalisées par perforation
à l'aide d'une brosse métallique. Détail du pourcentage de
nécrose représenté par chacune des classes:
0= 0 à 5%, 1= 5 à 10%, 2= 10 à 25%,
3= 25 à 50%, 4= 50 à 75%, 5= 75 à 100%
Mlle HADJ BRAHIM Mouna ANNEXES
88
Annexe IV : Repères visuels permettant
la notation des symptômes de criblures sur feuilles d'abricotier trois
semaines après inoculation de P. syringae (souche 41A) sur des
blessures réalisées par perforation à l'aide d'une brosse
métallique. Détail de notation de chaque classe:
0= absence de criblure, 1= présence de criblures au
niveau des point de perforation, 2= dessèchement de la partie
nécrosé et formation de trous, 3= forme dentelée de la
criblure.
Mlle HADJ BRAHIM Mouna ANNEXES
Annexe V: Cartographie de type «
père-mère» de la population Bergeron x Bakour obtenue
à l'aide de marqueurs SSRs parmi 89 individus. (52 marqueurs chez Bakour
et 39 chez Bergeron). Les noms des chromosomes indiquent s'il s'agit du
père « BK » pour Bakour ou de la mère « BG »
pour Bergeron. Les positions sont données en centimorgans
89
Mlle HADJ BRAHIM Mouna ANNEXES
Annexe VI : Cartographie de type «
père-mère» de la population Goldrich x Moniqui (187
individus), réalisée à l'aide de 93 marqueurs SSR dans Map
Maker (fonction Kosambi). La dernière lettre du nom des chromosomes (G1
à 8) indique s'il s'agit du père « G» pour Goldrich ou
de la mère « M » pour Moniqui. Les positions sont
données en centimorgans. Auteur : P. LAMBERT
0
Mlle HADJ BRAHIM Mouna ANNEXES
91
Annexe VII: QQ plot représentant la
distribution des p_valeurs obtenues selon les 3 modèles testés et
permettant de comparer les différents modèles testés au
sein d'un panel de 76 accessions et de 16478 SNPs.
Mlle HADJ BRAHIM Mouna ANNEXES
92
Annexe VIII: Synthèse des marqueurs
SNPs en association (264 associations) avec toutes les variables mesurant les
symptômes sur feuilles et rameaux de 76 accessions d'abricotier
après inoculation de P. syringae pv. syringae (souche A41).
Position en paire de base. «P brute » obtenue dans TASSEL à
l'aide d'un GLM `simple'. « P corrigé» obtenue par un FDR sur
les p_valeurs < 1.10-3. R2 du modèle: part de
variation du phénotype expliquée par le modèle
d'association. DL : déséquilibre de liaison entre marqueurs deux
à deux. La couleur rose indique la redondance de deux marqueurs dans les
résultats.
|
Variables
|
SNP
|
chromosome
|
Position
|
P brutes
|
P corrigé
|
R2 modèle
|
DL (r2)
|
|
2476706
|
7
|
15947844
|
7,59E-05
|
8,09E-04
|
0,0585531
|
0,105
|
|
1555612
|
4
|
17094864
|
4,90E-04
|
8,09E-04
|
0,04843911
|
0,015
|
|
908812
|
2
|
23475380
|
6,20E-04
|
8,09E-04
|
0,04711266
|
0,015
|
|
2423985
|
7
|
12630465
|
6,79E-04
|
8,09E-04
|
0,03748743
|
0,02
|
|
2286025
|
6
|
28256270
|
7,04E-04
|
8,09E-04
|
0,04639861
|
0,06
|
|
bi2013
|
1094325
|
3
|
8838123
|
7,84E-04
|
8,09E-04
|
0,03669901
|
0,01
|
|
1353437
|
4
|
3363345
|
7,84E-04
|
8,09E-04
|
0,03669901
|
0,01
|
|
1714510
|
5
|
4963571
|
7,84E-04
|
8,09E-04
|
0,03669901
|
0
|
|
2735134
|
8
|
12294229
|
7,84E-04
|
8,09E-04
|
0,03669901
|
0,025
|
|
2899405
|
8
|
21356043
|
7,84E-04
|
8,09E-04
|
0,03669901
|
0
|
|
2382827
|
7
|
9502032
|
8,09E-04
|
8,09E-04
|
0,04560325
|
0,075
|
|
52997
|
1
|
3498650
|
8,25E-09
|
2,78E-04
|
0,50281522
|
0,015
|
|
696292
|
2
|
5494791
|
8,25E-09
|
7,16E-04
|
0,50281522
|
0,035
|
|
803171
|
2
|
17358860
|
8,25E-09
|
8,15E-04
|
0,50281522
|
0,015
|
|
1196231
|
3
|
17218787
|
8,25E-09
|
8,46E-04
|
0,50281522
|
0,04
|
|
2813701
|
8
|
16935578
|
8,25E-09
|
8,73E-04
|
0,50281522
|
0,115
|
|
2815604
|
8
|
17107616
|
8,25E-09
|
9,18E-04
|
0,50281522
|
0,02
|
|
2899197
|
8
|
21349210
|
8,25E-09
|
9,18E-04
|
0,50281522
|
0
|
|
1558694
|
4
|
17443049
|
1,89E-08
|
9,18E-04
|
0,53080555
|
0,03
|
|
1770396
|
5
|
10669796
|
2,42E-08
|
9,18E-04
|
0,52588876
|
0,155
|
|
391616
|
1
|
32764095
|
2,90E-08
|
9,18E-04
|
0,52222462
|
0,025
|
|
744018
|
2
|
12465179
|
2,97E-08
|
9,30E-04
|
0,52171637
|
0,025
|
|
bi2014
|
|
|
|
|
|
|
|
|
130219
|
1
|
9568771
|
3,67E-08
|
2,71E-07
|
0,51740732
|
0,065
|
|
2332591
|
7
|
4196554
|
5,12E-08
|
2,71E-07
|
0,51047768
|
0,03
|
|
696434
|
2
|
5517980
|
5,85E-08
|
2,71E-07
|
0,50772301
|
0,105
|
|
1804746
|
5
|
12829814
|
7,12E-08
|
2,71E-07
|
0,50358349
|
0,065
|
|
959569
|
2
|
26153028
|
7,33E-08
|
2,71E-07
|
0,50296355
|
0,065
|
|
2361655
|
7
|
7731551
|
1,38E-06
|
2,71E-07
|
0,38769357
|
0,015
|
|
2812414
|
8
|
16895799
|
1,20E-05
|
2,71E-07
|
0,38262104
|
0,14
|
|
1411071
|
4
|
6480852
|
1,22E-05
|
5,52E-07
|
0,38221702
|
0,005
|
|
1731541
|
5
|
6389281
|
6,95E-05
|
6,36E-07
|
0,33463968
|
0,045
|
|
245969
|
1
|
22805645
|
2,25E-04
|
6,51E-07
|
0,30049862
|
0,07
|
|
2400827
|
7
|
10749405
|
2,29E-04
|
6,51E-07
|
0,30003306
|
0,045
|
Mlle HADJ BRAHIM Mouna ANNEXES
93
|
1789757 936251 899587 1815607 1896073 753133 760944
|
5
2
2
5
5 2 2 2
|
11964259 24949613 22992849 13374348 17641074 13391448 14162479
14961919
|
2,31E-04 2,87E-04 2,92E-04 3,46E-04 3,77E-04 3,86E-04 5,36E-04
9,92E-04
|
7,42E-07 7,92E-07 8,55E-07 9,64E-07 9,64E-07 1,65E-05 1,07E-04
1,07E-04
|
0,2998024 0,29328343 0,24130281 0,28758781 0,28499114 0,28428243
0,27418993 0,25495438
|
0,045 0,06 0,02 0,11 0,01 0,005 0,045 0,075
|
|
770829
|
|
1656116
|
5
|
137069
|
9,93E-04
|
1,07E-04
|
0,254912
|
0,05
|
|
2881357
|
8
|
20416610
|
1,84E-06
|
2,65E-04
|
0,35139735
|
0,105
|
|
1404117
|
4
|
6089798
|
8,21E-06
|
4,28E-04
|
0,31883908
|
0,015
|
|
738202
|
2
|
11696910
|
1,77E-05
|
4,28E-04
|
0,25878224
|
0,015
|
|
1535794
|
4
|
14857780
|
2,93E-05
|
4,28E-04
|
0,28980184
|
0,015
|
|
253934
|
1
|
23725665
|
3,32E-05
|
4,84E-04
|
0,24419981
|
0,015
|
|
1265950
|
3
|
21061645
|
5,83E-05
|
4,86E-04
|
0,2310015
|
0
|
|
2520827
|
7
|
18289542
|
8,01E-05
|
5,62E-04
|
0,26600536
|
0,03
|
|
618134
|
1
|
45612178
|
9,36E-05
|
5,90E-04
|
0,26223616
|
0,03
|
|
2141594
|
6
|
19896693
|
9,52E-05
|
5,97E-04
|
0,26183635
|
0,015
|
|
1558033
|
4
|
17285402
|
1,22E-04
|
7,49E-04
|
0,25585384
|
0,01
|
|
1374696
|
4
|
4368411
|
1,44E-04
|
9,92E-04
|
0,2517357
|
0,03
|
|
892729
|
2
|
22622451
|
1,45E-04
|
2,10E-05
|
0,20918719
|
0,04
|
|
494323
|
1
|
39207841
|
1,53E-04
|
8,00E-05
|
0,2501944
|
0,025
|
|
142534
|
1
|
10608642
|
1,61E-04
|
1,11E-04
|
0,24908551
|
0,15
|
|
917212
|
2
|
23906819
|
2,09E-04
|
1,31E-04
|
0,2002812
|
0,005
|
|
526236
|
1
|
41159623
|
2,35E-04
|
1,43E-04
|
0,23965582
|
0,15
|
|
1970070
|
6
|
3814371
|
2,36E-04
|
2,31E-04
|
0,19735809
|
0,085
|
|
bs2013
|
|
|
|
|
|
|
|
|
1969058
|
6
|
3776663
|
2,39E-04
|
2,78E-04
|
0,2391972
|
0,1
|
|
1524319
|
4
|
13885862
|
2,70E-04
|
2,96E-04
|
0,23620138
|
0,085
|
|
722527
|
2
|
9893704
|
2,92E-04
|
2,96E-04
|
0,23416932
|
0,05
|
|
2622093
|
8
|
897887
|
3,14E-04
|
3,37E-04
|
0,19029893
|
0,01
|
|
1832824
|
5
|
14175610
|
3,68E-04
|
3,37E-04
|
0,22838635
|
0,1
|
|
1832495
|
5
|
14164015
|
3,77E-04
|
3,37E-04
|
0,2277823
|
0,06
|
|
2116613
|
6
|
17332392
|
4,75E-04
|
3,41E-04
|
0,2218953
|
0,02
|
|
2286025
|
6
|
28256270
|
5,16E-04
|
3,50E-04
|
0,21978385
|
0,06
|
|
1779420
|
5
|
11250274
|
5,45E-04
|
4,10E-04
|
0,21835678
|
0,055
|
|
1714138
|
5
|
4950207
|
6,56E-04
|
4,31E-04
|
0,21361984
|
0,04
|
|
1354763
|
4
|
3402060
|
6,77E-04
|
4,31E-04
|
0,21281569
|
0,085
|
|
1671169
|
5
|
1412531
|
6,79E-04
|
4,33E-04
|
0,21273561
|
0,03
|
|
734362
|
2
|
11309807
|
7,15E-04
|
4,67E-04
|
0,1698423
|
0,015
|
|
1514687
|
4
|
13255012
|
7,24E-04
|
4,86E-04
|
0,1695206
|
0,075
|
|
2878647
|
8
|
20301115
|
7,85E-04
|
5,19E-04
|
0,20897367
|
0,035
|
|
956508
|
2
|
25979109
|
9,09E-04
|
5,83E-04
|
0,16382378
|
0,055
|
|
1498486
|
4
|
12044411
|
9,88E-04
|
5,90E-04
|
0,20297428
|
0,025
|
Mlle HADJ BRAHIM Mouna ANNEXES
82818
1 5600562
2,45E-05
7,10E-04
0,31247582
0,01
891769
2
22565610
2,45E-05
7,34E-04
0,31247582
0,02
920773
2
24071424
2,45E-05
7,50E-04
0,31247582
0,035
1231942
3
19445130
2,45E-05
8,46E-04
0,31247582
0,035
1428800
4
7454285
2,45E-05
8,46E-04
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94
Mlle HADJ BRAHIM Mouna ANNEXES
95
Mlle HADJ BRAHIM Mouna ANNEXES
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2,78E-04
|
0,20291882
|
0,155
|
|
lgc2014
|
549171
|
1
|
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8,59E-04
|
2,78E-04
|
0,2084791
|
0,06
|
|
768346
|
2
|
14742727
|
1,55E-04
|
2,95E-04
|
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|
0,02
|
|
751815
|
2
|
13217122
|
1,84E-04
|
3,61E-04
|
0,20335487
|
0
|
|
1327162
|
4
|
2021741
|
1,84E-04
|
4,51E-04
|
0,20335487
|
0
|
|
1799465
|
5
|
12480133
|
1,84E-04
|
4,52E-04
|
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|
0,03
|
|
1949989
|
6
|
2325676
|
1,90E-04
|
7,49E-04
|
0,24497077
|
0,045
|
|
85012
|
1
|
5783021
|
2,58E-04
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7,66E-04
|
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0,04
|
|
lge2013
|
|
|
|
|
|
|
|
|
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3
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0,06
|
|
2022061
|
6
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7407760
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9,30E-04
|
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|
0
|
|
786524
|
2
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16165214
|
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|
|
742544
|
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12373117
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|
|
2616495
|
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515520
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|
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23895658
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1611282
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25099459
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3,75E-04
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|
1386477
|
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5093158
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3,75E-04
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|
|
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|
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1421121
|
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7073409
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lge2014
|
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3,86E-06
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|
|
1450117
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1089252
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8293041
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1835717
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0,01
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28515208
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0,03
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Mlle HADJ BRAHIM Mouna ANNEXES
|
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|
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ln_lgc_1_13
|
|
ln_lge_1_13
|
|
ln_lge_1_14
|
|
|
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sevmed13
|
|
sevmed14
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97
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1677506
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1848351
|
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7,73E-07
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18649300
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0,01
|
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82890
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|
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8536825
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|
1448326
|
4
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8770920
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|
|
1448757
|
4
|
8786462
|
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|
1476872
|
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52997
|
1
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3498650
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8,65E-04
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|
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0,015
|
|
696292
|
2
|
5494791
|
8,65E-04
|
4,28E-04
|
0,2082637
|
0,035
|
|
803171
|
2
|
17358860
|
8,65E-04
|
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|
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0,015
|
|
1196231
|
3
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17218787
|
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|
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|
0,2082637
|
0,04
|
|
2813701
|
8
|
16935578
|
8,65E-04
|
7,10E-04
|
0,2082637
|
0,115
|
|
2815604
|
8
|
17107616
|
8,65E-04
|
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|
0,2082637
|
0,02
|
|
2899197
|
8
|
21349210
|
8,65E-04
|
8,46E-04
|
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|
0
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|
742544
|
2
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12373117
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|
0,005
|
|
2361655
|
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|
7731551
|
1,72E-04
|
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|
0,015
|
|
2370914
|
7
|
8608039
|
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|
7,63E-04
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0,01
|
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1180834
|
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16305937
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2404023
|
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10975779
|
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|
9,30E-04
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0,155
|
|
2022061
|
6
|
7407760
|
2,37E-05
|
9,30E-04
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|
0
|
|
1949989
|
6
|
2325676
|
6,15E-04
|
9,30E-04
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0,21527478
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0,045
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1608554
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4
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23895658
|
1,74E-04
|
9,30E-04
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|
0,005
|
|
1421121
|
4
|
7073409
|
5,11E-04
|
9,30E-04
|
0,22442783
|
0,07
|
|
1489018
|
4
|
11144134
|
5,11E-04
|
9,30E-04
|
0,22442783
|
0,015
|
|
1450117
|
4
|
8839810
|
7,55E-04
|
9,30E-04
|
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0,225
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|
1611282
|
4
|
25099459
|
8,66E-04
|
2,78E-04
|
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|
0,08
|
|
1386477
|
4
|
5093158
|
9,00E-04
|
3,65E-04
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|
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1118675
|
3
|
11400133
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7,66E-04
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|
233024
|
1
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21443209
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0,075
|
|
2209184
|
6
|
24202531
|
2,43E-04
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|
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1870608
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16331707
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230787
|
1
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21295573
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2050820
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9961695
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3,66E-04
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0,015
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87107
|
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5954602
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7,30E-04
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0,29
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1847228
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5
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14947169
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7,30E-04
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1091732
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8593936
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1108050
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10555410
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9,30E-04
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0,015
|
|
929219
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2
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24508541
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8,10E-04
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9,42E-04
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0,20816243
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0,135
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Mlle HADJ BRAHIM Mouna ANNEXES
98
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1213858
949911
|
3
2
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18351878
25603517
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9,53E-04
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0,01
0,125
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sevmoy13
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2209184
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24202531
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|
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233024
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21443209
|
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|
230787
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2750694
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13420876
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|
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973687
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199885
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0,015
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339535
|
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29927087
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5,41E-04
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9,32E-04
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|
|
230787
|
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21295573
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9,42E-04
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0,18
|
|
SevReglog13
|
2209184
|
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24202531
|
6,49E-04
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9,30E-04
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|
0,01
|
|
2856653
|
8
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19148623
|
7,60E-04
|
9,30E-04
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|
|
1184668
|
3
|
16465701
|
8,18E-04
|
9,37E-04
|
0,2078881
|
0,035
|
|
14849
|
1
|
890550
|
9,01E-04
|
9,42E-04
|
0,20537402
|
0,125
|
|
2574030
|
7
|
21044552
|
9,86E-04
|
9,92E-04
|
0,20302481
|
0,07
|
99
Mlle HADJ BRAHIM Mouna ANNEXES
5
4
A0654
3
A2204
A0544
lgc2014
A1711
2
lge2014
1
0
A0892
-1
A2311
A1793
A1956
-2
A2137
A0660_kanna
A1314
-3
-4
-6 -5 -4 -3
5 6 7
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F2 (21,29 %)
-2 -1 0 1 2 3 4
Biplot (axes F1 et F2 : 52,55 %)
A2343
A2205A0634 A0804
bi2014 A1729 A0665
bs2014 A0539
A2340 A1453_kanna A0862
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A1267_kanna A1811
sevmed14
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A0300 A2156 A2129
A2217 A2346
A1236 A0157
A1814
A1809
A0039
1
lgc2014
lge2014
0,75
0,5
0,25
bi2014
sevmed14 cribmoy14
bs2014
sevmoy14
0
-0,25
-0,5
-0,75
-1
F1 (31,26 %)
F2 (21,29 %)
-1 -0,75 -0,5 -0,25 0 0,25 0,5 0,75 1
Variables (axes F1 et F2 : 52,55 %)
Annexe IX : ACP sur l'ensemble des variables
mesurées en 2014 sur rameaux et feuilles sur 76 accessions du panel de
Ressources Génétique ré-séquencées - A :
nuage des individus selon les 2 axes principaux. B : Représentation des
variables selon les 2 axes principaux
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