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Les bactéries hautement résistantes émergentes.par BOUHAFS KHAWLA Département de pharmacie faculté de médecine Constantine 3 - Docteur en pharmacie 2019 |
V.1.1.3 En Europe: 12 V.1.1.4 En Algerie: 15 V.2 Les EPC: 16 V.2.1 KPC : 18 V.2.2 NDM: 19 V.2.3 OXA : 19 VI. Conduite à tenir : 20 VI.1 Pour les EPC : 21 VI.2 Pour les ERV : 21 VI.2.1 Mesures techniques : 22 VI.2.2 Mesures organisationnelles : 22 VI.2.3 Mesures administratives : 23 VI.3 Le rôle du laboratoire de microbiologie pour la détection des BHRe : 23 VI.4 Les stratégies recommandées par le haut conseil de santé : 24 Chapitre II : Les antibiotiques 26
II.1 La nature chimique : 26 II.2 Le spectre antibactérien : 26 II.3 Les modalités d'action : 26 II.4 Le site d'action : Il est spécifique à chacun 27 II.4.1 Les antibiotiques agissent sur la paroi : 27 II.4.1.1 Les bétalactamines: 27 II.4.1.1.1 Les pénicillines : 27 II.4.1.1.2 Les céphalosporines 27 II.4.1.1.3 Les monobactames : 28 II.4.1.1.4 Les carbapénèmes : 28 II.4.1.2 Glycopeptides : 30
V.2 Classification des bêta lactamase : 39 V.3 Les bêta-lactamases à spectre étendu (ESBL ou BLSE) : 39 V.4 Carbapénèmases: 39 V.4.1 Carbapénèmes : 39 V.4.2 Mécanisme de la résistance aux carbapénèmes : 40 VI. La résistance aux glycopeptides : 42 VI.1 Généralités sur les entérocoques résistants aux glycopeptides : 42 VI.2 Mécanismes de résistance aux glycopeptides : 43 ? Partie pratique : Chapitre I : Matériel et méthodes 47
II.1 Matériel : 47 II.2 Méthodes : 47 II.2.1 Modalités de collecte des données : 47 II.2.2 Méthodologie microbiologique : 47 II.2.2.1 Prélèvements : 47 II.2.2.2 Diagnostic microbiologique : 49
Chapitre II : Résultats 61
II.1 Répartition des BHRe selon le sexe : 62 II.1.1 Les entérocoques résistants à la vancomycine : 62 II.1.2 Les entérobactéries résistantes aux carbapénèmes : 63 II.2 Répartition des BHRe selon le service d'hospitalisation : 64 II.2.1 Répartition des ERV selon le service d'hospitalisation : 64 II.2.2 Répartition des EPC selon les services d'hospitalisation : 66 II.3 Répartition des BHRe selon la nature du prélèvement : 68 II.3.1 Répartition des ERV selon la nature du prélèvement : 68 II.3.2 Répartition des EPC selon la nature du prélèvement : 70 II.4 Répartition des BHRe selon la fréquence d'isolement par mois : 72 II.4.1 Répartition des ERV selon la fréquence d'isolement par mois : 72 II.4.1 Répartition des EPC selon la fréquence d'isolement par mois : 74
III.1 Répartition des BHRe selon l'espèce : 76 III.1.1 Répartition des ERV selon l'espèce : 76 III.1.2 Répartition des EPC selon l'espèce : 77 III.2 La co-résistance aux antibiotiques : 79 III.2.1 La co-résistance des ERV aux antibiotiques : 76 III.2.2 La co-résistance des EPC aux antibiotiques : 81 III.2.3 Le niveau de résistance des EPC aux carbapénèmes : 83 Chapitre III : Discussion
Liste des figures
Liste des tableaux :
Liste des abréviations :
E. coli : Escherichia coli.
introduction
Introduction :
Partiebibliographique | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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AMX |
AMC |
PIP/TZB |
CTX |
CAZ |
IMP |
ERT |
AZ T |
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|
KPC |
R |
I |
R |
R |
R |
S/I/ R |
I/R |
R |
|
IMI/VIM/ NDM |
R |
R |
S/I |
R |
I/R |
S/I/ R |
I/R |
S |
|
OXA-48 |
R |
R |
R |
S |
I/R |
I/S |
I/R |
S |
|
AMX : Amoxicilline ; AMC : Amoxicilline Acide clavulanique ; PIP/TZB : Pipéracilline-tazobactam ; CTX : Céfotaxime, CAZ : Ceftazidime ; IMP : Imipénème ; ERT : Ertapénème, AZT : Aztréonam ; I : intermédiaire ; R : résistante, S : sensible |
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glycopeptides :
Les entérocoques sont responsables d'infections humaines, principalement dues à
Enterococcus faecalis (80 % à 90 % des cas) et à Enterococcus faecium (5 à 10 % des cas) tandis que les autres espèces occasionnellement retrouvées sont Enterococcus
Chapitre III : la résistance aux antibiotiques Page 43
Les bactéries hautement résistantes émergentes
gallinarum, Enterococcus casseliflavus, Enterococcus durans, Enterococcus avium et Enterococcus hirae [109].
Les entérocoques sont des bactéries considérées comme peu virulentes, leur multi-résistance aux antibiotiques représente le principal problème en pratique clinique ; c'est particulièrement vrai lors des infections dues à E. faecium, souvent résistant à toutes les bêta-lactamines [110]. La famille des glycopeptides (vancomycine, teicoplanine) constitue une option thérapeutique de choix pour le traitement des infections dues à ces germes [111].
Les entérocoques sont naturellement sensibles à la vancomycine (CMI1 modale de 1 mg/l) et à la teicoplanine (CMI modale de 0,5 mg/l), si on excepte les deux espèces naturellement
résistantes à la vancomycine, E. gallinarum et E. casseliflavus [111]. Les premières souches d'entérocoques résistantes aux glycopeptides (ERG) ont été décrites à la fin des années 1980 en France et en Angleterre. Depuis, ces souches ont largement diffusé, notamment aux États-Unis où elles représentent un important problème de santé publique [112].
La résistance aux glycopeptides est due à la production de précurseurs de la paroi modifiés (terminés par D-alanyl-D-lactate ou D-alanyl-D-sérine) et à l'élimination des précurseurs naturels de haute affinité (terminés par D-Ala-D-Ala) [113]. Cette modification de cible résulte de la coopération de plusieurs gènes organisés en opéron codant pour l'ensemble des enzymes nécessaires à la reprogrammation du peptidoglycane [113,114]. Le changement porte sur l'extrémité du précurseur et fait disparaître une liaison hydrogène essentielle. Ainsi l'affinité de la vancomycine pour les précurseurs terminés par D-Ala-D-Lac devient elle mille fois moins élevée que celle pour les précurseurs sauvages (terminés en D-Ala-D-Ala) [115].
Neuf types de résistance aux glycopeptides ont été décrits à ce jour, sur des critères phénotypiques et génotypiques [116, 117, 118]. Huit correspondent à un mécanisme de résistance acquise (VanA, VanB, VanD, VanE, VanG, VanL, VanM et VanN) tandis qu'un seul est une caractéristique intrinsèque d'espèce (VanC chez E. gallinarum et E. casseliflavus)[110, 113] Les types VanA et VanB sont les phénotypes les plus fréquemment retrouvés chez les entérocoques (surtout E. faecium) alors que seul VanA a diffusé chez une dizaine de souches de S. aureus rapportées aux États-Unis [113]. Les souches VanA sont
Les bactéries hautement résistantes émergentes
hautement résistantes à la vancomycine et à la teicoplanine de façon inductible alors que les souches VanB présentent des niveaux variables de résistance uniquement à la vancomycine, seule inductrice [113].
L'opéron VanA est classiquement porté par un transposon (élément génétique mobile) de type Tn3 (Tn1546) et comprend cinq gènes impliqués dans la résistance aux glycopeptides (vanHAXYZ) et deux gènes de régulation (vanRS) [114]. Le gène vanH code pour une déshydrogénase qui réduit le pyruvate en D-Lac et fournit un substrat pour la ligase codée par le gène vanA qui catalyse la formation d'un depsipeptide2 D-Ala-D-Lac. Après diverses étapes, ce depsipeptide est finalement incorporé au peptidoglycane en cours d'élongation. Cependant, la résistance ne peut s'exprimer puisque la synthèse bactérienne de précurseurs sauvages persiste et qu'il suffit qu'un petit nombre gagne la surface de la bactérie pour que la vancomycine s'y fixe et interrompe la synthèse de la paroi. L'élimination de ces précurseurs « sensibles » est la tâche du gène vanX qui code pour une D,D-dipeptidase, qui hydrolyse le dipeptide D-Ala-D-Ala formé par la ligase naturelle Ddl, et du gène vanY qui code pour une D,D-carboxypeptidase qui élimine le D-Ala terminal des précurseurs en cas d'élimination incomplète du D-Ala-D-Ala par vanX. Enfin, l'expression de l'opéron vanA est contrôlée par un système de régulation à deux composants, un activateur transcriptionnel et un capteur histidine-kinase, codés respectivement par les gènes vanR et vanS [114].
Notons qu'il existe des souches résistantes (VanA ou VanB) qui sont dites dépendantes à la vancomycine ou à la teicoplanine (« toxicomanes ») car elles requièrent la présence de l'antibiotique pour leur croissance. Ceci est lié à la présence de mutations dans le gène ddl rendant la ligase naturelle non fonctionnelle. Ces souches dépendent donc entièrement de l'opéron de résistance exprimé après induction pour la synthèse de peptidoglycane [116, 114].
Chapitre III : la résistance aux antibiotiques Page 44
Partie
Pratique
Matériel et
méthodes
Matériel et méthodes Page 47
Les bactéries hautement résistantes émergentes
L'étude a été réalisée au niveau du service de Microbiologie du CHU Benbadis
Constantine, il s'agit d'une étude rétro et prospective étalée sur une période de 16 mois allant du 01 janvier 2018 jusqu'au mois d'avril 2019.
Pour notre étude, on a utilisé le gros matériel comme les étuves ,le microscope optique
,ainsi que les pipettes pasteurs ,les lames et les lamelles ,les becs benzène ,les colorants comme le bleu de méthylène, les milieux de culture et d'isolement (Hektoen ,Chapman ,gélose chocolat ,le milieu d'enrichissement BCC), les milieux d'identification de la galerie
classique (TSI ,citrate de Simmons, milieu urée- indole )
et de l'antibiogramme (Mueller
Hinton, Mueller Hinton chocolat ), l'automate
d'identification et d'antibiogramme le Walkaway 96 plus.
Le recueil des données a été fait à partir des fiches d'antibiogramme dans différentes unités de bactériologie générale, d'hémoculture, les urgences médicales, la réanimation, ECBU et coproculture du service du microbiologie et logiciel WHONET et les registres.
II.2.2.1 Prélèvements :
Les prélèvements sont reçus et vérifiés par rapport à leur conformité, ils doivent être
accompagnés d'une fiche de renseignements correctement remplie, ils sont ensuite numérotés et enregistrés. Les prélèvements étudiés et inclus dans notre travail sont :
? Hémoculture :
Correspond à l'ensemencement du sang de malade prélevé par ponction veineuse dans un bouillon spécifique, il peut s'agir d'un milieu simple citraté ou la plus part du temps des milieux des flacons d'hémoculture des automates : BACT/ALERT et VERSA TREK.
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Les bactéries hautement résistantes émergentes
+ ECBU :
Le prélèvement se fait à partir des urines matinales par la technique du milieu de jet (les
urines doivent séjourner au moins 3 à 4 heures dans la vessie).
+ Dispositifs de soins :
L'utilisation des matériels de soins chez les patients expose ces dispositifs à un risque
de colonisation par les microorganismes, pouvant déboucher sur une infection.
L'examen bactériologique de ces dispositifs a pour but de rapporter l'existence d'un état
septique à leur colonisation par un ou plusieurs microorganismes.
On note : les sondes, les drains et les cathéters.
+ Les suppurations:
Le liquide ou la sérosité des lésions sont aspirés par une aiguille fines ou frottés par écouvillon.
+ Les liquides de ponctions :
· Ponction lombaire : c'est un prélèvement du liquide céphalorachidien effectué entre deux vertèbres avec une aiguille fine.
· Ponction d'ascite : consiste à introduire un trocart dans la cavité péritonéale entre les deux feuillets pariétaux et viscéraux, pour prélever ou évacuer un liquide pathologique «l'ascite», dans un but diagnostique ou thérapeutique.
· Ponction pleurale: consiste à l'insertion d'une aiguille dans l'espace pleural, afin de soustraire et d'analyser le liquide pleural.
· Ponction articulaire : consiste à mettre en place une aiguille dans l'articulation afin de prélever le liquide articulaire.
+ Coproculture :
Le prélèvement des selles est réalisé par le patient dans un récipient stérile ou par écouvillonnage rectal.
+ Les prélèvements respiratoires :
· Prélèvement trachéal : l'aspiration endotrachéal est réalisée au moyen d'un système d'aspiration relié à une sonde d'aspiration stérile introduite dans la trachée.
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Les bactéries hautement résistantes émergentes
II.2.2.2 Diagnostic microbiologique :
a. Examen macroscopique :
Toute infection bactérienne s'accompagne, outre la présence de bactéries, de signes
biologiques liés à l'inflammation avec l'éventuelle présence de leucocytes. Ces éléments
peuvent entrainer au-delà d'un seuil, une modification visuelle, clairement perceptible à l'oeil
nu, qui signe une anomalie patente. On doit noter :
- l'aspect du liquide : trouble, purulent, clair...
- la couleur : hématurique, jaunâtre, blanchâtre...
- la consistance : fluide, épais, visqueux.
- l'odeur : une odeur fétide peut orienter vers un germe anaérobie.
b. Examen microscopique :
L'examen microscopique permet la caractérisation de différents types d'éléments cellulaires surtout inflammatoires ainsi qu'une éventuelle présence bactérienne.
? État frais (Grossissement X40) :
Une préparation est obtenue par le dépôt d'une goutte du prélèvement entre lame et lamelle pour être observer au microscope optique, ou par l'utilisation des cellules hématimétrique type cellule de Nageotte, durant cet examen il y aura une caractérisation quantitative ou semi quantitative des cellules inflammatoires présentes dans le prélèvement pathologique, ainsi qu'une éventuelle présence bactérienne tout en notant la mobilité et la forme.
? Examen après coloration (Grossissement X100) :
Un frottis fin est obtenu à partir du produit pathologique, puis coloré permettant une meilleure visualisation des bactéries et/ou des éléments cellulaires.
y' Coloration simple : Le frottis fin est traité par un seul colorant basique (bleu de méthylène). Cette technique est simple et rapide, utilisé pour l'appréciation de la réaction inflammatoire dans un produit pathologique ainsi que la présence éventuelle des bactéries.
y' Coloration différentielle : Compte tenu des différences structurales de la paroi des bactéries, la coloration de Gram découverte par Hans GRAM en 1884 permet de distinguer les bactéries colorées en violet (Gram positif) de celles en rose (Gram négatif).Il est alors possible de suspecter en tenant compte de la
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Les bactéries hautement résistantes émergentes
réponse Gram+ ou - et des morphologies observées d'évoquer un probable diagnostic
V' Examen après coloration spéciale (MGG) : La coloration de May-Grunewald-Giemsa (MGG) est principalement utilisée dans un but cytologique pour une meilleure individualisation des éléments cellulaires tels que les polynucléaires, macrophages, lymphocytes.
c. La mise en culture et isolement :
On procède à l'ensemencement du prélèvement afin d'isoler les germes pathogènes responsables de l'infection. Pour ce faire, on ensemence des milieux solides représentés par la gélose Hektoen ; milieu sélectif pour l'isolement des entérobactéries, milieu Chapman sélectif pour l'isolement des staphylocoques, ainsi qu'une gélose chocolat pour les germes exigeants, dans le service de Microbiologie la gélose ordinaire est utilisé pour l'ensemencement des prélèvements d'urines. Le bouillon coeur cervelle est également utilisé comme un milieu d'enrichissement. Les entérocoques peuvent pousser sur des géloses ordinaires, leur culture est plus aisée et plus abondante que celles des streptocoques.
d. L'identification :
L'identification des bactéries isolées à partir des différents prélèvements est basée sur l'étude de plusieurs caractères : morphologiques, biochimiques, enzymatiques et antigénique. Dans notre études des galeries biochimiques classiques ainsi que l'automate Walkaway 96 plus sont utilisés pour ce but.
> Tests biochimiques et enzymatiques :
V' Milieu TSI : la pente du milieu TSI est ensemencée par stries et le culot par piqure centrale, puis incubation à 37C° pendant 18 heures, il permet l'étude de 5 caractères : fermentation du glucose, lactose, saccharose, production de gaz et d'H2S.
V' Utilisation du citrate : la pente du milieu est ensemencée avec une strie sur toute la surface. Incubation à37°C, pendant 18 heures.
V' Milieu urée indole : ce milieu est ensemencé par quelques gouttes de la suspension bactérienne puis incubé dans l'étuve pendant 18h, il permet la recherche de la production d'uréase, tryptophanase et tryptophane déshydrogénase.
V' Mannitol-mobilité : l'ensemencement du milieu s'est fait par piqûre centrale jusqu'au fond du tube avec la souche à tester, incubation à 37C°durant 18 heures.
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Les bactéries hautement résistantes émergentes
y' Test de l'oxydase : ce test est réalisé à l'aide des disques prêts à l'emploi, imprégnés du réactif : N-diméthyl paraphénylène diamine, sur lesquels sont déposés des colonies. La lecture du résultat est immédiate et sans incubation.
y' Production de la catalase : une colonie est prélevée à partir de la boite de Pétri et déposée sur une lame. Une goutte de H2O2 (10 volumes) est déversée sur cette colonie.
y' Production de B-galactosidase (Disque d'ONPG) : le test est pratiqué en réalisant une suspension épaisse de la bactérie testée dans de l'eau distillée puis à l'aide d'une pince flambée et refroidie nous avons ajouté un disque imprégné d'ONPG et nous avons mis le tube dans l'étuve.
y' Test VP/RM : pour réaliser ce test, nous avons utilisé le milieu Clarck et Lubs et nous l'avons ensemencé par quelques gouttes de la suspension bactérienne. Après avoir incubé à 37C° pendant 18 heures nous avons partagé le milieu en deux tubes pour pratiquer les deux tests : Réaction de Voges-Proskauer en ajoutant quelques gouttes du réactif VP1 et le même volume du réactif VP2, la lecture s'effectue après quelques minutes. L'autre test est effectué par l'ajout du rouge de méthyle et la lecture est immédiate.
? Identification par automate Walkaway 96 plus :
C'est un indicateur Red/Ox pour détecter le métabolisme bactérien dans le milieu contenant un agent antimicrobien. Pour déterminer la croissance bactérienne, ils utilisent des mesures en continu des changements de l'indicateur, et la turbidité du milieu.
Microplaques 96 cupules
- ID : Identification (Base de donnée >450 germes)
- CMI : Antibiogramme (18 à 36 Antibiotiques testés par plaques)
- COMBO : Identification + Antibiogramme
2 technologies utilisées :
- conventionnelle (Turbidité-colorimétrie) - 18/24 h
- rapide (fluorescence) - 2 h ou 2 h 30
- mixte (fluorescence/Turbidité) - 2 à 18 h
18 profils de plaques différents en France.
Les bactéries hautement résistantes émergentes
Plaques Combo : Concept permettant l'association de l'identification et l'antibiogramme sur la même plaque. Une seule et même suspension, standardisée à partir d'une colonie pour inoculer la plaque. Inoculation / Réhydratation de la plaque Combo en une seule et même étape grâce au Rénok. Une plaque = un test complet.
L'automate Walkaway fait l'identification et l'antibiogramme sous forme de CMI
Différentes plaques sont utilisées dans notre étude : NM 52 et NM 53 : identification et antibiogramme des entérobactéries, PC1A : identification et antibiogramme des streptocoques et entérocoques, NM37 : antibiogramme des bacilles à Gram négatif
Figure 11 : Automate Walkaway 96 plus.
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Les bactéries hautement résistantes émergentes
Figure 12 : Les plaques pour l'automate Walkaway.
? Identification des entérobactéries :
Toutes les souches d'entérobactéries sont : des bacilles à Gram (-), oxydase (-), catalase (+). Non exigeantes, immobiles ou mobiles par ciliature peritriche, fermentent le glucose avec ou sans production de gaz, aéro-anaéro facultatifs : elles sont capable de pousser en présence ou en absence de l'oxygène, nitrate réductase positive. Les principaux caractères différentiels entre les différentes espèces et les genres sont détaillés dans le tableau suivant.
Les bactéries hautement résistantes émergentes
Tableau II : Les caractères différentiels entres les espèces et genre bactériens des entérobactéries.
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Escheri chia coli |
Citrobacter |
Enterobacter |
Klebsiella |
Serratia |
Salmonella |
Shigella |
Proteus |
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|
Glucose |
+ |
+ |
+ |
+ |
+ |
+ |
+ |
+ |
|
Lactose |
+ |
+ |
+ |
+ |
+ |
- |
- |
- |
|
ONPG |
+ |
+ |
+ |
+ |
+ |
- |
- |
- |
|
Indole |
+ |
+/- |
- |
+/- |
- |
- |
+/- |
+/- |
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VP |
- |
- |
+ |
+ |
+ |
- |
- |
- |
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Citrate |
- |
+ |
+ |
+ |
+ |
+/- |
- |
+/- |
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Mobilité |
+ |
+ |
+ |
- |
+ |
+ |
- |
+ |
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Urée |
- |
- |
- |
+ |
- |
- |
- |
+ |
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TDA |
- |
- |
- |
- |
- |
- |
- |
+ |
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H2S |
- |
+/- |
- |
- |
- |
+ |
- |
+ |
? Identification des entérocoques :
Les entérocoques sont des cocci à Gram positif, immobiles, oxydase et catalase négatif, non exigeantes poussent sur des géloses ordinaires (sur gélose au sang, les colonies peuvent être non hémolytiques ou alpha hémolytiques), l'identification est également biochimique qui nous permet aussi la caractérisation des espèces : E.faecalis et E.faecium.
e. L'antibiogramme :
Il est réalisé pour toute souche isolée, différentes méthodes sont employées :
? La technique de diffusion sur milieu solide :
C'est l'étude de la sensibilité des germes aux antibiotiques par la technique de diffusion
en milieu gélosé Mueller-Hinton qui consiste à tester les antibiotiques actifs selon les recommandations du Clinical and Laboratory standard Institute (CLSI).
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Les bactéries hautement résistantes émergentes
· Le milieu :
La gélose Mueller Hinton (MH) coulée en boite de Pétri sur une épaisseur de 4 millimètre, elle peut être additionnée de 5 % de sang de cheval ou de mouton pour les bactéries plus exigeantes. Les géloses sont séchées avant l'utilisation.
· L'inoculum :
Á partir d'une culture pure de 18 à 24h sur milieu d'isolement, on prélève à l'aide d'une anse ou une pipette Pasteur quelques colonies bien isolées qu'on dissocie dans 10 ml d'eau physiologique stérile, bien homogénéiser la suspension bactérienne, sa charge doit être équivalente à 0,5 Mac Ferland (correspond à environ 108bactéries/ml).
· L'ensemencement :
L'ensemencement est fait par la méthode d'écouvillonnage :
- On fait tremper l'écouvillon dans la suspension bactérienne.
- On frotte l'écouvillon sur la totalité de la surface, de haut en bas, en stries serrées.
- L'opération est répétée deux fois, en tournant la boîte de 60 ° à chaque fois sans
oublier de Faire pivoter l'écouvillon sur lui-même.
- On finit l'ensemencement en passant l'écouvillon sur la périphérie de la gélose.
· Incubation :
Incuber pendant 18 -24 heures, à 35 - 37°C dans les 30 minutes suivant la préparation.
· Lecture et interprétation :
Faire la lecture le lendemain, en mesurant avec précision le diamètre de chaque zone d'inhibition de la croissance bactérienne, à l'aide d'un pied à coulisse métallique en mm et le noter (boite de pétri fermée).
Les résultats seront comparés aux valeurs critiques relatives à chaque antibiotique, selon les normes CLSI 2014.
Dans notre étude, les antibiotiques ont été testés :
? Les entérobactéries : Amoxicilline(AMX), Ticarcilline (TIC), Pipéracilline (PIP) Amoxicilline+ Acide clavulanique (AMC), Céfazoline (CZ), Céfoxitine (FOX), Céfotaxime (CTX), Aztréonam (AZT), Céfépime (CEF), Ertapénème (ERT) Imipenème (IMP), Fosfomycine(FOT), Amikacine (AK), Gentamycine (GM) Sulfaméthoxazol+ Triméthoprime (SXT), Ciprofloxacine (CIPRO), Chloramphénicol (C), colistine (COL).
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Les bactéries hautement résistantes émergentes
? Les entérocoques : Pénicillines P, Céfazoline (CZ), Ampicilline (AM), Céfotaxime (CTX), Fosfomycine(FOT), Erythromycine (ERY), Lincomycine (L), Spiramycine (SP), Pristinamycine (PR) , Sulfaméthoxazol+ Triméthoprime (SXT), Tétracycline ( TE) , Ciprofloxacine (CIPRO) , Chloramphénicol (C), Vancomycine (VAN) .
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Tableau III : Les CMI critiques des carbapénèmes.
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Tableau IV : Les CMI critiques des glycopeptides .
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? détermination des CMI par bandelette E-test :
C'est une technique de détermination de la CMI, validée pour les bactéries non exigeantes et pour un certain nombre de bactéries exigeantes.
· Milieu :
Il doit couler en boite de pétrie sur une épaisseur de 4 mm. La gélose doit être séché avant l'emploie
· Préparation de l'inoculum :
A partie d'une culture pure de 18 à 24 heures sur milieu d'isolement approprié, raclé à l'aide d'une anse de platine quelque colonies bien isolées et parfaitement identiques. Bien décharger l'anse et l'écouvillon dans 5 à 10 ml d'eau physiologique stérile à 0.9 %.
Bien homogénéiser la suspension bactérienne, son opacité doit être équivalente à 0.5 MF ou à une DO de 0.08 à 0.10 lue à 625 nm. Ajuster le plus précisément possible. L'utilisation d'un densitomètre est fortement situable.
· Ensemencement :
-Tromper un écouvillon stérile dans l'inoculum.
- l'essorer en le pressant fermement (en le tournant) contre la paroi interne du tube afin de décharger au maximum.
- frotter l'écouvillon sur la totalité de la surface gélosée, séchée, de haut en bas, en strie serrés.
- répéter l'opération deux fois en tournant la boite de 60 O à chaque fois sans oublier de faire pivoter l'écouvillon sur lui-même. Finir l'ensemencement en passant l'écouvillon sur la périphérie de la gélose.
Dans le cas où l'on ensemence plusieurs boite de pétrie il faut recharger l'écouvillon à chaque fois.
- Ensemencer dans les mêmes conditions la ou les souches de références.
· Dépôt de la bandelette E-test :
- Prélever la bandelette à l'aide d'une pince microbiologique préalablement flambé à bec bunsen.
- Déposer la bandelette délicatement sur la surface gélosée, en commençant par l'extrémité correspondant aux concentrations les plus faibles de l'antibiotique testé puis en progressant jusqu'aux concentrations les plus élevées. Eviter la formation
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Les bactéries hautement résistantes émergentes
des bulles d'air entre la gélose et la bandelette, une fois appliquée la bandelette ne peut être déplacé.
- A noter que l'on ne peut déposer qu'une ou deux bandelettes E-test au maximum par boite de 90 mm (risque de chevauchement des ellipses avec plus d'une bandelette).
- Laisser la boite couvercle en haut pendant 15 min au plus.
- Incuber la boite dans les conditions requises selon la bactérie testée.
· Lecture et interprétation :
- La CMI de l'antibiotique est lue à l' oeil nu, boite ouverte est bien éclairer.
- Elle correspond à la graduation, située à la jonction entre l'éclipse (dessiné par
l'inhibition de la culture bactérienne) et la bandelette E-test .
- Contrôler la qualité du test par la CMI de souche de référence. Se référer au
tableau de lecture fourni au niveau du prospectus E-test.
- Lire ensuite la CMI de la souche bactérienne testée.
- Se référer recommandation du fournisseur pour l'interprétation de cas ambigus
(double zone).
- Comparer les résultats obtenus, aux valeurs critiques figurant dans les tables de
lecture correspondantes.
- Classer la bactérie dans l'une des catégories S, R ou I.
Les bandelettes E-test utilisées dans notre étude : imipénème pour les entérobactéries, vancomycine pour les entérocoques.
Mesure des CMI par automate Walkaway : qui nous permet de faire l'identification et l'antibiogramme tout en mesurant les CMI.
? Test de Hodge modifié (test complémentaire pour la recherche de carbapénèmases) :
La production de carbapénèmases doit être suspectée devant un diamètre d'inhibition autour de l'Ertapénème < 28mm ou une CMI> 0.5mg/l. En cas de suspicion, la production de carbapénèmases doit être confirmée par des méthodes phénotypiques (Test de Hodge) et/ou génotypiques [119].Ce test consiste à ensemencer en culture confluente (à l'aide d'un
Matériel et méthodes Page 59
Les bactéries hautement résistantes émergentes
écouvillon) une dilution au 1/10ème d'une suspension de Densité Optique (DO) = 0.5 Mc Farland de la souche E. coli ATCC 25922 sur une gélose Muller Hinton.
Ensuite, un disque d'ertapénème chargé à 10 ug est déposé au centre de la boîte et chaque souche testée est ensemencée de manière radiale à partir du disque jusqu'au bord de la boîte de Pétri. [120,121].
La présence d'une distorsion de la zone d'inhibition autour du disque d'ertapénème au contact de la souche testée est interprétée comme un résultat positif après incubation pendant 18 h à 37°C.
Figure 13 : Test de Hodge modifié d'une souche résistante.
Résultats Page 61
Les bactéries hautement résistantes émergentes
Résultats :
Pourcentage d'isolement/ totalité des souches
Pourcentage d'isolement des ERV/EPC par rapport aux BHRe
Total de souche
Nombre de souche
|
BHRe |
138 |
4599 |
3 % |
100 % |
|
ERV |
54 |
315 |
17,14 % |
61 % |
|
EPC |
84 |
4284 |
1,96 % |
39 % |
BHRe
3%
EPC
61%
ERV
39%
Souches
d'entérobacteries
et
d'entérocoques
non résistantes
97%
Taux d'isolement des BHRe
Figure 14 : Le taux d'isolement des BHRe.
Les bactéries hautement résistantes émergentes
138 des souches de BHRe ont été isolées dans notre étude dont 54 souches d'ERV avec un pourcentage 17,14% et 84 souches d'EPC avec un pourcentage de 1,96 %.
Sexe Homme Femme Nombre total des
ERV
Homme
52%
Répartition des ERV selon le sexe
Femme
48%
Effectif 28 26 54
Pourcentage 51.85 % 48.14 % 100 %
Figure 15 : Répartition des ERV selon le sexe.
Résultats Page 62
Les bactéries hautement résistantes émergentes
Les ERVsont plus isolés chez les patients de sexe masculin avec un pourcentage de 52 % soit un sexe ratio (H/F) de 1,07.
Sexe Femme Homme Nombre totale de
EPC
Effectif 37 47 84
|
Pourcentage 44.04% 55.95 % 100% |
Répartition des EPC selon le sexe
Femme
44%
Homme
56%
Figure16 : Répartition des EPC selon le sexe.
Résultats Page 63
Résultats Page 64
Les bactéries hautement résistantes émergentes
On constate que les EPC sont plus isolées chez les hommes avec un pourcentage de 56%, soit un sexe ratio H/F de 1,27.
|
Service |
Nombre des ERV |
Pourcentage des ERV |
|
Centre des brulés |
24 |
44.44 % |
|
Nurserie |
11 |
20.37 % |
|
Pédiatrie |
10 |
18.51 % |
|
Médecine interne |
2 |
3.70 % |
|
Chirurgie (chirurgie A et B et urgences chirurgicales) |
2 |
3.70 % |
|
Réanimation |
1 |
1.85 % |
|
Urgences médicales |
1 |
1.85 % |
|
Traitement ambulatoire |
1 |
1.85 % |
|
Rhumatologie |
1 |
1.85 % |
|
Hématologie |
1 |
1.85 % |
|
Total |
54 |
100 % |
Les bactéries hautement résistantes émergentes
Répartition des ERV selon le service d'hospitalisation
Hématologie
Rhumatologie
Traitement ambulatoire
Urgences médicales
Réanimation
Chirurgie
Médecine interne
1.85%
1.85%
1.85%
1.85%
1.85%
3.70%
3.70%
18.51%
20.37%
44.44%
Pédiatrie
Nurserie
Centre des brulés
Résultats Page 65
Figure17 : Répartition des ERV selon le service d'hospitalisation.
Les bactéries hautement résistantes émergentes
La majorité des souches d'ERV isolées proviennent des services de centre des brulés, nurserie, pédiatrie avec des pourcentages respectifs de 44.44 %, 20.37 %, 18.51 ; puis viennent les services de médecine interne et chirurgie avec 3.70 % chacun. Les services de réanimation, urgences médicales, traitement ambulatoire, rhumatologie, hématologie ne présentent que 1.85 % chacun.
II.2.2 Répartition des EPC selon les services d'hospitalisation Tableau IX : Répartition des EPC selon les services d'hospitalisation. |
: (84) |
||
|
Service |
Effectif |
Pourcentage |
|
|
Nurserie |
41 |
48.80 % |
|
|
Réanimation |
10 |
11.90 % |
|
|
Pédiatrie |
9 |
10.71 % |
|
|
Centre des brulés |
6 |
7.14% |
|
|
Chirurgie (chirurgie A et B et urgences chirurgicales) |
5 |
5.95% |
|
|
Médecine interne |
3 |
3.57 % |
|
|
Hématologie |
2 |
2.38 % |
|
|
Infectiologie |
2 |
2.38 % |
|
|
Endocrinologie |
1 |
1.19 % |
|
|
Médecine légale |
1 |
1.19 % |
|
|
Neurologie |
1 |
1.19 % |
|
|
Chirurgie maxillo-faciale |
1 |
1.19 % |
|
|
Traitement ambulatoire |
1 |
1.19 % |
|
|
Non mentionné |
1 |
1.19 % |
|
|
Total |
84 |
100 % |
|
Résultats Page 66
Résultats Page 67
Les bactéries hautement résistantes émergentes
Répartition des EPC selon le service d'hospitalisation
48.80%
Non mentionné
Traitement ambulatoire
Chirurgie maxillo-faciale
Neurologie
Médecine légale
Endocrinologie
Infectiologie
Hématologie
Médecine interne
Chirurgie
Centre des brulés
1.19%
1.19%
1.19%
1.19%
1.19%
1.19%
2.38%
2.38%
3.57%
5.95%
7.14%
10.71%
11.90%
Pédiatrie
Réanimation
Nurserie
Figure18 : Répartition des EPC selon le service d'hospitalisation.
Résultats Page 68
Les bactéries hautement résistantes émergentes
La majorité des souches d'EPC isolées proviennent du service de nurserie avec un pourcentage de 48.80 % ; puis viennent les services de réanimation, pédiatrie, centre des brulés, chirurgie, médecine interne avec des pourcentages respectifs de 11,90 %, 10,71 %, 7,14 %, 5,95 % et 3,57 %. D'autres services sont moins impliqués : hématologie, maladies infectieuses avec2,38 % chacun .Les services : endocrinologie, médecine légale, neurologie, chirurgie maxillo-faciale, traitement ambulatoire, ne représentent que 1,19 % chacun. 1,19 % des prélèvements provenaient de services non précisés.
NB : On note qu'il y a 3 malades qui ont deux types de prélèvements différents pour le
même ERV isolé.
Tableau X: Répartition des ERV selon la nature du prélèvement.
|
Nature des prélèvements |
Effectif |
Pourcentage |
|
Urine |
25 |
42.37 % |
|
Hémoculture |
21 |
35.59 % |
|
Pus |
6 |
10.17 % |
|
Sonde urinaire |
4 |
6.77 % |
|
Liquide péritonéal |
1 |
1.69 % |
|
Perlèche |
1 |
1.69 % |
|
Cathéter |
1 |
1.69 % |
|
Total |
59 |
100 % |
Résultats Page 69
Les bactéries hautement résistantes émergentes
Répartition des ERV selon la nature du prélèvement
42.37%
35.59%
10.17%
6.77%
1.69% 1.69% 1.69%
Figure 19 : Répartition des ERV selon la nature du prélèvement.
La plupart des souches d'ERV sont isolées à partir des prélèvements d'urines et
d'hémocultures avec des pourcentages de 42,37 % et 35,59 % respectivement. Suivi par les prélèvements de pus, des sondes urinaires avec des pourcentages de 10,17 % et 6,77 %. Les liquides péritonéaux, les perlèches, les cathéters et le prélèvement anal ne représentent que 1,69 %.
Résultats Page 70
Les bactéries hautement résistantes émergentes
II.3.2 Répartition des EPC selon la nature du prélèvement :(84) Tableau XI : Répartition des EPC selon la nature du prélèvement. |
||
|
Nature du prélèvement |
Effectif |
Pourcentage |
|
Selles |
34 |
40.47 % |
|
Urines |
17 |
20.23 % |
|
Hémoculture |
11 |
13.09 % |
|
Pus |
8 |
9 .52 % |
|
Sonde urinaire |
3 |
3.57 % |
|
Cathéter |
3 |
3.57 % |
|
Trachéal |
3 |
3.57 % |
|
Drain |
2 |
2.38 % |
|
Liquide pleural |
2 |
2.38 % |
|
Liquide péritonéal |
1 |
1.19 % |
|
Total |
84 |
100 % |
Les bactéries hautement résistantes émergentes
Répartition des EPC selon la nature du prélèvement
40.47%
20.23%
13.09%
9.52%
3.57%
3.57% 3.57% 2.38% 2.38% 1.19%
Figure 20: Répartition des EPC selon la nature du prélèvement.
La majorité des souches d'EPC sont isolées à partir des prélèvements des selles, d'urines, d'hémocultures et de pus avec des pourcentages de 40,47 %, 20,23 %, 13,09 %, 9,52 % respectivement. Suivi par les prélèvements de sondes urinaires, des cathéters et trachéal avec un pourcentage de 3,57 % chacun, les drains, le liquide pleural et le liquide péritonéal avec des pourcentages 2,38 %, 2,38 % et 1,19 % respectivement.
Résultats Page 71
Résultats Page 72
Les bactéries hautement résistantes émergentes
Tableau XII : Répartition des ERV selon la fréquence d'isolement par mois.
2018 janvier 2 0.85 %
Février 3 1.27 %
Mars 18 7.65 %
Avril 9 3.82 %
Mai 3 1.27 %
juin 4 1.7 %
Juillet 5 2.12 %
Aout 3 1.27 %
Septembre 0 0 %
Octobre 3 1.27 %
Novembre 4 1.7 %
Décembre 3 1.27 %
2019 Janvier 0 0 %
Février 0 0 %
Mars 2 2.5 %
Avril 0 0 %
Total 16 mois 54 17,14 %
Mois Nombre Pourcentage
Résultats Page 73
Les bactéries hautement résistantes émergentes
Répartition des ERV selon la fréquence d'isolement par mois
1.7%
1.7%
2.12%
1.27%
1.27%
1.27%
1.27%
2.5%
7.65%
3.82%
1.27%
0.85%
0%
0%
0%
0%
Figure 21 : Répartition des ERV selon la fréquence d'isolement par mois.
Les ERV étaient plus isolés en mois de mars 2018avec un pic de 7,65%, la fréquence d'isolement au cours des autres mois d'étude était nettement moins importante avec des chiffres allant de 0,85% jusqu'au 3,82%.
Résultats Page 74
Les bactéries hautement résistantes émergentes
II.4.2. Répartition des EPC selon la fréquence d'isolement par mois : Tableau XIII : Répartition des EPC selon la fréquence d'isolement par mois.
2018 Janvier 26 0.74 %
Février 20 0.57 %
Mars 8 0.22 %
Avril 12 0.34 %
Mai 7 0.20 %
Juin 1 0.02 %
Juillet 0 0 %
Aout 0 0 %
Septembre 0 0%
Octobre 2 0.057 %
Novembre 0 0 %
Décembre 2 0.057 %
2019 Janvier 2 0.25
Février 0 0 %
Mars 0 0 %
Avril 4 0.5 %
Total 16 mois 84 1,96 %
Mois nombre Pourcentage
Les bactéries hautement résistantes émergentes
Répartition des EPC selon la fréquence d'isolement par mois
0.74%
0.57%
0.34%
0.22%
0.20%
0.5%
0.25% 0.25%
0.05%
0.02% 0% 0% 0%
0%
0%
0%
Figure 22: Répartition des EPC selon la fréquence d'isolement par mois.
La fréquence d'isolement des EPC est très importante en mois de janvier et février 2018, on observe une diminution de cette fréquence au cours du mois de mars 2018, pour augmenter encore en mois d'avril de la même année et finalement se stabilise à des niveaux faibles très proches au cours des mois qui s'ensuivent.
Résultats Page 75
Les bactéries hautement résistantes émergentes
NB : On signale qu'il y a 3 malades qui ont deux types de prélèvement différents pour le même ERV.
Tableau XIV: Répartition des ERV selon l'espèce.
ERV Effectif Pourcentage
Enterococcus faecium 53 89.83 %
Enterococcus faecalis 6 10.16 %
Les
entérocoques
non résistant
à
la vancomycine
81 %
Répartition des ERV selon l'espèce
Les ERV
19%
Enterococcus faecium
90%
Enterococcus faecalis
10%
Figure 23:Répartition des ERV selon l'espèce.
Enterococcus faecium est l'espèce majoritairement isolée dans l'ensemble des ERV avec un pourcentage de 90 %.
Résultats Page 76
Résultats Page 77
Les bactéries hautement résistantes émergentes
|
EPC |
Nombre |
Pourcentage |
|
Salmonella Heidelberg |
34 |
40.47 % |
|
Klebsiella pneumoniae |
21 |
25% |
|
Enterobacter cloacae |
17 |
20.23 % |
|
Providencia stuartii |
3 |
3.57 % |
|
Serratia marcescens |
2 |
2 .38 % |
|
Klebsiella oxytoca |
2 |
2.38 % |
|
Escherichia coli |
1 |
1.19 % |
|
Morganella morganii |
1 |
1.19 % |
|
Proteus mirabilis |
1 |
1.19 % |
|
Enterobacter aérogènes |
1 |
1.19 % |
|
Providencia rustigianii |
1 |
1.19 % |
|
Total |
84 |
100 % |
Les bactéries hautement résistantes émergentes
20%
salmonella heidelberg Klebsiella pneumoniae Enterobacter cloacae
Providencia stuartii Serratia marcescens Klebsiella oxytoca
Escherichia coli Morganella morganii Proteus mirabilis
Enterobacter aerogenes Providencia rustigianii
Répartition des EPC selon l'espèce
4%
3% 2% 1% 1% 1%
25%
1%
1%
41%
Figure 24 : Répartition des EPC selon l'espèce.
Résultats Page 78
Les bactéries hautement résistantes émergentes
Salmonella Heidelberg occupe le premier rang des espèces d'EPC isolées avec un pourcentage de 41%, suivi par Klebsiella pneumoniae avec 25%, puis Enterobacter cloacae 20,23%, Providencia stuartii avec 4% , Serratia marcescens 3 %, puis Klebsiella oxytoca avec 2% et en dernier on trouve Escherichia coli ,Morganella morganii ,Proteus mirabilis Enterobacter aérogènes ,Providencia rustigianii avec 1% chacun.
|
L'antibiotique |
Nombre de souches testées |
Nombre de souches résistantes |
Pourcentage de résistance |
|
Pénicilline |
56 |
54 |
96.42% |
|
Ampicilline |
17 |
16 |
94.11% |
|
Tétracycline |
20 |
17 |
85% |
|
Erythromycine |
58 |
54 |
93.10% |
|
Rifampicine |
20 |
15 |
75% |
|
Sulfométhoxazole+ Triméthoprime |
57 |
35 |
61.40% |
Résultats Page 79
Les bactéries hautement résistantes émergentes
96.42%
La co-résistance des ERV aux antibiotiques
94.11%
85%
93.10%
75%
61.40%
Figure 25 : La co-résistance des ERV aux antibiotiques.
Les souches d'ERV isolées au cours de la période d'étude se caractérisent par un fort taux de résistances aux antibiotiques notamment les bêta-lactamines avec un pourcentage de 96,42% à la pénicilline et 94,11% à l'ampicilline, elles sont également résistantes à l'érythromycine, tétracycline, rifampicine et bactrim avec des pourcentages de : 93,10%, 85%, 75%, 61,40% respectivement.
Résultats Page 80
Les bactéries hautement résistantes émergentes
|
L'antibiotique |
Nombre de souches testées |
Nombre de souches résistantes |
Pourcentage de résistance |
|
Céfoxitine |
82 |
71 |
86.58 % |
|
Céfotaxime |
83 |
37 |
44.57% |
|
Aztréonam |
76 |
25 |
32.89% |
|
Fosfomycine |
82 |
16 |
19.51% |
|
Amikacine |
78 |
47 |
60.25% |
|
Tétracycline |
71 |
17 |
23.94% |
|
Ciprofloxacine |
67 |
20 |
29.85% |
|
Sulfométhoxazole+ |
84 |
34 |
40.47% |
Résultats Page 81
Les bactéries hautement résistantes émergentes
86.58%
La co-résistance des EPC aux antibiotiques
44.57%
32.89%
19.51%
60.25%
23.94% 29.85%
40.47%
Figure 26: La co-résistance des EPC aux antibiotiques.
L'amikacine a une forte résistance avec 60.25% puis viennent la Céfoxitine et la céfotaxime avec un taux 86.58% et 44.57% suivi par l'association Sulfométhoxazole +triméthoprime avec un taux 40.47%.
L'aztréonam a un taux 32.89% et ciprofloxacine 29.85% puis viennent tétracycline et fosfomycine avec un taux de 23.94% et 19.51 % respectivement.
Résultats Page 82
Résultats Page 83
Les bactéries hautement résistantes émergentes
|
Ertapénème |
Imipénème |
|||||
|
Nombre de souches testées |
Nombre de souches résistantes |
Nombre de souches intermédiaires |
Nombre de souches testées |
Nombre de souches résistantes |
Nombre de souches intermédiaires |
Nombre de souches sensibles |
|
83 |
73 (87.95%) |
10 (12.04%) |
84 |
35 (41.6%) |
44 (52.38%) |
5 (5.92%) |
Le niveau de résistance aux carbapénèmes
87.95%
41.6%
52.38%
5.92%
R I S
12.04%
Ertapénème imipénème
Figure 27 : Le niveau de résistance des EPC aux carbapénèmes.
Résultats Page 84
Les bactéries hautement résistantes émergentes
Les EPC résistent aux carbapénèmes à des niveaux différents, concernant nos souches isolées : pour les 83 souches testées pour l'ertapénème on a 87.95% de résistance et 12,04% d'intermédiaire.
Et pour les 84 souches testées pour l'imipenème on a 41,6% de résistance et 52,38 % d'intermédiaire contre 5,92% seulement de sensibilité.
Discussion
Discussion Page 86
Les bactéries hautement résistantes émergentes
Discussion :
Dans cette étude faite au niveau du service de Microbiologie CHU Benbadis Constantine, à partir de 4599 souches d'entérobactéries et d'entérocoques colligées durant la période d'étude qui s'étale du mois de janvier 2018 et jusqu'au mois d'avril 2019, un taux de 3% de BHRe a été conclu.
L'émergence des entérobactéries productrices de carbapénèmases (EPC) représente un véritable risque de santé publique. Ces bactéries présentent fréquemment de multiples mécanismes de résistances qui peuvent conduire à une impasse thérapeutique. Plusieurs études ont signalé l'émergence des EPC surtout au niveau du pourtour méditerranéen (Liban, Tunisie, Israël, Égypte, France). En Turquie, plusieurs épidémies d'infections nosocomiales sont associées à ce type de souches [122.123.124].
Durant notre période d'étude, 84 souches d'entérobactéries résistantes aux carbapénèmes probablement sécrétrices de carbapénèmases ont été isolées à partir de 4284 souches d'entérobactéries colligées durant la période d'étude, ce qui correspond à un taux de 1,96%. Ce chiffre est très proche à celui trouvé au niveau du CHU Batna, ou le taux d'isolement des entérobactéries résistantes aux carbapénèmes est de 2,88 % (50/1737) [41].
En Maroc ce taux est plus élevé, il est de 6.48% pour l'année 2013 [125], mais c'est largement loin de celui rapporté en Chine où il est de 74,50% en 2016 par Rui et al [126], et aux USA par Thaden et al. En 2014, avec un taux de 64% [127].
Dans notre étude il y'a une légère prédominance masculine pour les souches d'EPC isolées, avec un taux de 55.95%. Cette prédominance masculine reste controversée, alors que des études l'ont confirmée en France, comme l'étude faite par Anne Marie Holman en 2017 avec un taux de 74,28%[128], celle de Maroc a montré presque une égalité à disposition entre les deux sexes, les hommes (49.60%) et les femmes (50.40%) [125].
48.80% des souches d'EPC isolées au cours de notre étude sont issues du service de nurserie ,et 11,90% du service de réanimation médicale, le service de pédiatrie est concerné par un taux de 10.71 % de ces souches, alors que le service des brulés par 7.14 %, la chirurgie et la médecine interne avec des taux de 5.95% et 3.57% respectivement , service
Discussion Page 87
Les bactéries hautement résistantes émergentes
d'infectiologie par 2.38% , et en dernier lieu les services d'endocrinologie ,de médecine légale ,neurologie et chirurgie maxillo-faciale avec un taux de 1.19% chacun.
En effet, les patients hospitalisés au sein des unités de soins intensifs et service des brulés présentent plus de risques, vu la durée d'hospitalisation (qui est généralement longue), la sévérité de la maladie, l'usage d'un certain nombre de dispositifs invasifs (sondes urinaires, cathéters, ventilation, intubation...), et les traitements antibiotiques multiples à large spectre notamment les carbapénèmes et les glycopeptides. L'exception faite dans ce contexte pour le service de nurserie est liée à la souche de Salmonella Heidelberg résistante aux carbapénèmes qui se dissémine d'une manière épidémique.
Cependant il ne faut pas négliger l'augmentation du taux d'isolement des EPC dans le service de chirurgie (5.95%) suite à l'emploi de l'antibioprophylaxie chirurgicale à large spectre [131 ,129], et l'émergence récente de ces souches dans le service de pédiatrie où il occupe la troisième place en terme de fréquence d'isolement.
Une étude de B. Jans et Y. Glupczynski, sur la surveillance épidémiologique en Belgique des EPC, montre que la gériatrie a un fort taux d'isolement des EPC (33,7%), plus souvent, ces EPC, sont détectées à partir d'échantillons cliniques chez des patients hospitalisés dans des services à haut risque : l'USI et l'hématologie-oncologie (27,2%) et la chirurgie (11%) ce qui n'est pas similaire avec nos résultats [130].
Et aussi Anne Marie Holman a fait une étude épidémiologique au niveau des quatre hôpitaux de la Réunion en France : la prévalence des EPC est de 55,5% en réanimation et 13,8% dans un service de chirurgie. Pareil aussi pour le Maroc où le taux d'isolement est de 46,43% dans le service de la réanimation pédiatrique [125, 128].
Selon la nature du prélèvement, notre étude a démontré que 40.47% des EPC sont isolées à partir des prélèvements de coproculture, suivis par les urines et les hémocultures avec des taux de 20.23% et 13.09% respectivement, les suppurations occupent aussi une place importante avec un taux de 9.52% ,viennent ensuite les prélèvements de sondes urinaires et les cathéter et aussi les aspirations trachéal avec 3.57% chacun, en moindre dégrée le drain et liquide pleural avec 2.38%, le liquide péritonéale n'a que 1.19% .
Les prélèvements de coproculture occupent la 1ère place à cause de l'épidémie de Salmonella du service de nurserie précédemment décrite. Une étude menée en Belgique,
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démontre un fort taux d'isolement des EPC de 88% à partir des prélèvements de frottis rectal dans le cadre d'une enquête de dépistage des porteurs des EPC, suivi par les urines avec un pourcentage de 3,36% [132].
Selon notre étude, les prélèvements des urines occupent la 2ème place, par contre l'étude qui était faite en Maroc le taux est de 34,92% pour les urines, suivis par les hémocultures (24,21%) puis les sonde d'intubations (14,68%) [125].
Sur la période étudiée de seize mois qui s'étale du 1ér janvier 2018 au 30 avril 2019, la fréquence d'isolement des EPC a connu une émergence durant le mois de janvier et février 2018 avec des taux de 0.74% et 0.57 % respectivement. On remarque une nette différence entre le mois de janvier 2018 et janvier 2019 avec un taux qui passe de 0.74% à 0.25 % et aussi pour le mois de février entre les deux années avec un pourcentage qui passe de 0.57% à 0%. Ce pic d'émergence est dû à l'épidémie du service de nurserie causé par Salmonelle Heidelberg résistante aux carbapénèmes, la compagne de décontamination qu'a connue le service explique cette nette diminution de la fréquence d'isolement au cours des mois qui succèdent cette période.
Après cette période la fréquence d'isolement des EPC a diminué jusqu'au mois de mai (0,2%) pour disparaitre complètement dans les mois qui s'en suivent, puis réapparaitre avec des fréquences faibles.
En France, selon les statistiques de l'institut national de veille sanitaire le pic de fréquence d'isolement était en mois d'octobre 2012 et octobre 2015, chose qui n'est pas similaire à nos résultats [50].
En Belgique, selon une surveillance épidémiologique des EPC, du mois janvier 2012 au mois d'avril 2013, le pic d'isolement était au mois d'octobre toute comme l'Institut national de veille sanitaire en France. Les entérobactéries constituent les microorganismes les plus fréquemment isolés en service de microbiologie, en milieu communautaire comme hospitalier.
Les entérobactéries productrices de carbapénèmases constituent actuellement un problème majeur de santé publique.
Notre étude montre bien que Salmonella Heidelberg est l'espèce la plus fréquemment isolée parmi les EPC, avec un taux de 40.47%.
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Klebsiella pneumonie et Enterobacter cloacae occupent la 2ème et la 3ème place avec des taux de 25% et 20.23% respectivement, ces résultats sont similaires à ceux de l'étude de CHU Batna, qui a montré cette nette prédominance de ces deux espèces.
En France, la majorité des épisodes infectieux à EPC signalés à l'INVS entre janvier 2004 et septembre 2015, montrent que les espèces les plus fréquemment isolées sont : k.pneumonie (58%), E. coli (39%), Enterobacter cloacae (12%) [50], par contre dans notre étude l'E.coli est isolé à un taux de 1,19% seulement tout en dernière position en terme de fréquence avec d'autres espèces.
La même constatation pour l'étude menée en Belgique dans le cadre de la surveillance épidémiologique des EPC, où k.pneumonie est le producteur par exclusivité des carbapénèmases, pareil pour l'étude faite en Maroc en 2013 avec un taux de 85.31% [125].
Par manque des moyens, nos souches isolées n'ont pas subi une étude de biologie moléculaire pour caractériser les gènes de résistances aux carbapénèmes, mais les quelques souches qui ont été traitées, sont à 90% sécrétrices d'OXA 48, c'est le seul type de carbapénèmases isolé jusqu'à maintenant au niveau du CHU Constantine.
Toutes les souches de salmonelles qui ont été résistantes aux carbapénèmes sont sécrétrices de carbapénèmase type OXA48. C'est une première mondiale du fait d'isoler une souche de salmonelle résistante aux carbapénèmes.
Au Maroc le premier cas de K.pneumonie productrice de carbapénèmase de type oxacillinase (OXA) a été rapporté en 2010[131].
En Europe, des épidémies hospitalières impliquant des entérobactéries productrices d'OXA48 ont été rapportées en France, en Allemagne, en Suisse en Espagne, au Pays-Bas ainsi qu'au Royaume-Uni [50].
Les enzymes de type KPC sont actuellement préoccupantes aux États-Unis, notamment dans l'État de New-York, à Porto Ricco, en Colombie, en Israël, en Italie et en Grèce [42].
En 2008 en Suède Ils ont isolé chez un patient d'origine indienne, la métallo- â-lactamase NDM-1.
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La résistance bactérienne aux antibiotiques est la résultante d'interactions complexes entre les bactéries et son environnement. Elle est liée essentiellement à l'usage excessif des Antibiotiques contribuant ainsi à l'émergence et à la diffusion des gènes de résistances.
L'émergence des souches d'entérobactéries résistantes aux carbapénèmes dans les hôpitaux algériens et dans la communauté pose un sérieux problème thérapeutique aggravé par la multi résistance de ces souches aux antibiotiques.
Dans notre travail, on a trouvé des niveaux de co-résistance qui diffèrent selon l'antibiotique. Pour les béta-lactamines, 86,58% des souches sont résistantes au céfoxitine et 32.86% à l'aztréonam. Un taux très élevé de résistance a été noté pour l'amikacine avec 60,25 %, par contre des niveaux plus bas ont caractérisés la ciprofloxacine (29.85%), alors que le bactrim, tétracycline et fosfomycine ont enregistrés des taux de résistance de l'ordre de : 40.47%, 23.94% et 19.51% respectivement.
Des niveaux de résistance plus élevés ont été enregistrés dans l'étude de Batna : avec 100 % de résistance à la gentamicine (50/50), 79% pour la ciprofloxacine (33/42) et 90% au bactrim (39/43) [41]. Alors que l'étude au Maroc rapporte un taux de résistance de 100% à la famille des béta lactamines [125].
Notre étude a montré une résistance de 87.95% à l'ertapénème, qui est l'indicateur le plus fiable pour la détection de cette résistance, quant à l'imipénème, il est résistant dans seulement 41.6% des cas.
Les ERV ont émergé récemment au CHU Constantine, et ils sont considérés comme un grand problème en matière d'infections nosocomiales en raison de leur multi résistance aux antibiotiques, qui peut conduire vers une situation d'impasse thérapeutique.
Dans notre étude, le taux des ERV signalé est de 17,14 % (54 isolats/315prélèvements), ce chiffre est très proche de celui rapporté par le réseau algérien de surveillance de la résistance aux antibiotiques pour l'année 2016 pour l'Enterococcus faecium résistant à la vancomycine qui est de 21,42 % (33/154) [33]. Et aussi celui décrit dans le rapport national « Antibiotic Resistance Threats in the United States » du Center for Disease Control and Prevention (CDC) qui montre une prévalence des ERV de 30% [133]. Par contre à Annaba, d'après une étude faite en 2012, des chiffres plus bas ont été annoncé, de l'ordre de 3,2% [36].
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Selon nos résultats, Les ERV sont plus isolés chez les patients de sexe masculin (51.85%) que féminin. Cette prédominance a été rapportée également au canada en 2004 avec un taux de 51.26% [134].
Dans notre étude les services les plus touchés par les ERV sont ceux du centre des brulés, nurserie, pédiatrie avec des taux d'isolement respectifs de 44.44 %, 20.37 %, 18.51% , puis viennent les services de chirurgie et la médecine interne avec un faible taux de 3.70%, suivies par la réanimation ,urgences médicales, rhumatologie et hématologie avec 1.85% . Les patients hospitalisés au service du centre des brulés présentent le plus grand risque d'isolement des ERV, vu la durée d'hospitalisation (qui est généralement longue), la sévérité de la maladie, l'usage d'un certain nombre de dispositifs invasifs (sondes urinaires, cathéters, ventilation, intubation...), et les traitements antibiotiques utilisés à large spectre.
Nos ERV sont plus isolés à partir des prélèvements d'urines avec un taux de 42.37%, en rapport avec la colonisation fécale, et d'hémoculture (35.59 %), les suppurations et les sondes urinaires ne représentent que 10.17% et 6.77% respectivement, et en dernière position vient le liquide péritonéal, la perlèche et cathéter avec 1.69 % chacun. Nos résultats sont similaires à ceux trouvés dans une étude en Turquie en 2008, sur 100 souches d'entérocoques isolés d'ECBU 18.2% étaient résistantes aux glycopeptides [30].
On note que la première alerte d'isolement d'ERV en Algérie était en Mars 2011, la souche a été isolée à partir d'un prélèvement de plaie, au CHU Mustapha Bacha[34].
Notre étude s'étale sur une durée de seize mois allant du 1er janvier 2018 au 30 avril 2019, le taux d'isolement des ERV était en nette augmentation durant cette période, avec un pic au mois de mars 2018 (7.65 %), suivi par une diminution jusqu'au mois de juin (1.7%), et une ré-augmentation au mois de juillet ( 2.12%), pour disparaitre complètement au mois de septembre, puis une légère augmentation au mois de mars (2.5%). Dans une étude faite en France au niveau du CHU Nancy en 2016, le pic d'isolement a été constaté également en mois de mars.
Enterococcus faecium est l'espèce la plus isolée dans les ERV par rapport à Enterococcus faecalis, avec un taux de 89,83 %.
Concernant le profil de résistance de nos isolats d'ERV, on a noté des fort taux de résistance aux antibiotiques actifs sur ces souches, notamment les béta-lactamines : avec
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96,42% pour la pénicilline et 94.11% pour l'ampicilline, tétracycline (85%), érythromycine (93.10%), rifampicine (75%) et bactrim (61.40%). Ces résultats sont approximativement proches de ceux retrouvés au Canada en 2004 [134].
L'identification et la caractérisation du gène de résistance ont été confirmées pour quelques souches par PCR, qui ont révélés la présence du gène VanA.
Malgré leur faible pouvoir pathogène, les ERV sont considérés comme un grand danger pour nos hôpitaux, du fait de leur haut niveau de résistance aux antibiotiques avec risque de transmission des gènes de résistance notamment le gène Van A au Staphylococcus aureus [135].
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Les BHRe représentent une menace mondiale émergente pour les maladies infectieuses, occupent une place importante en bactériologie médicale
Ces BHRe sont d'actualité récente en Algérie, et leur taux d'isolement ne cesse d'augmenter, que ce soit pour les EPC ou les ERV. Notre étude vient de confirmer ces constatations avec l'absence des études faites auparavant au niveau du CHU Constantine. Le taux des BHRe signalé dans cette investigation est de 3% durant la période d'étude (du 1er janvier 2018 au 30 avril 2019) : les EPC ont un taux de 1,96 % et les ERV : 17,14 %.
Les EPC ont émergé récemment dans notre CHU, et Salmonelle Heidelberg est l'espèce majoritairement isolée avec un taux 40.47% et qui a fait des ravages au niveau du service de nurserie où elle diffuse d'une manière épidémique. D'autres espèces bactériennes sont également isolées comme Klebsiella pneumoniae et Enterobacter cloacae.
Le taux d'isolement des ERV ne cesse d'augmenter et la maitrise de la diffusion est incontrôlable.
Les services de réanimation et du centre de brulés chapotent toujours les autres services concernant le taux d'isolement des BMR et maintenant les BHRe, mais les données ont basculés selon notre étude vers le service de nurserie qui occupe la première place avec l'émergence alarmante non explicable du service de pédiatrie en terme de BHRe qui laisse beaucoup de points d'interrogations.
Ces BHRe représentent un grand danger en termes de diffusion incontrôlable et d'impasse thérapeutique due au phénomène de multi résistance aux antibiotiques ; constaté surtout envers les fluoroquinolones et les aminosides ; et confirmé par nos résultats.
Limiter l'émergence de ces types de résistance se base sur plusieurs volets épidémiologiques, bactériologiques et cliniques. Le rôle de laboratoire se focalise sur la détection de ces types de résistance par l'utilisation de plusieurs méthodes notamment de biologie moléculaire qui sont pour le moment absents dans notre hôpital CHU de Constantine.
L'émergence de souches hautement résistantes nous mène à réfléchir sur les moyens de prévention. Des mesures d'hygiène strictes, lavage des mains, la limitation de l'usage des antibiotiques (réduction de la durée de traitement, diminution de l'antibiothérapie prophylactique) et l'apport d'informations régulières sur l'épidémiologie des souches et des résistances dans les services sont à appliquer rigoureusement afin d'optimiser les chances de réussite, Il faut dépister les nouveaux malades et isoler les patients porteurs.
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Les bactéries hautement résistantes émergentes
Tableau 1 Activité in vitro des carbapénèmes sur les bactéries à Gramnégatif.
Bactéries Imipénème Méropénème Doripénème Ertapénème
E. coli 0,12/0,25 0,016/0,03 0,03/0,06 = 0,015/= 0,015
E. coli BLSE 0,25/0,5 0,03/0,06 0,03/0,06 0,03/0,25
K. pneumoniae < 0,06/1 0,03/0,12 0,06/0,12 = 0,015/0,12
K. pneumoniae BLSE 0,25/1 0,03/0,12 0,06/0,12 0,06/0,25
Proteus mirabilis 0,5/2 0,06/0,06 0,12/0,25 = 0,06/= 0,06
Morganella morganii 2/8 0,12/0,25 0,25/0,5 = 0,015/0,03
E. cloacae 0,5/2 0,03/0,06 0,03/0,06 = 0,015/0,06
Citrobacter freundii 1/1 0,03/0,06 0,03/0,03 = 0,015/0,06
Serratia marcescens 1/2 0,06/0,12 0,12/0,25 0,03/0,12
H. influenzae 0,5/1 0,12/1 0,12/1 0,06/0,25
Moraxella catarrhalis 0,06/0,12 = 0,015/= 0,015 0,12/0,25 0,06/0,25
Salmonella sp = 0,5/= 0,5 0,03/0,03 0,06/0,06 = 0,06/= 0,06
P. aeruginosa 1/32 0,5/32 0,5/8 > 8/> 8
Acinetobacter baumannii 0,25/0,25 0,25/1 0,25/1 4/> 8
Stenotrophomas > 8/> 8 > 16/> 16 >16/>16 > 8/> 8
maltophilia
Bacteroides fragilis 0,25/1 0,12/1 0,25/1 0,25/1
Prevotella spp 0,03/0,5 0,12/0,25 0,12/0,25 0,25-1
Fusobacterium spp 0,12/1 0,12/0,25 0,12/0,25 0,25/4
Les données sont les CMI50 et CMI90 exprimées en mg/l.
Annexes II :activité in vitro des carbapénèmes sur les bactéries gram positif
Tableau 2 Activité in vitro des carbapénèmes sur les bactéries à Grampositif.
Bactéries Imipénème Méropénème Doripénème Ertapénème
Staphylococcus aureus (MS) 0,06/0,06 0,12/0,12 0,06/0,06 0,12/0,25
S.aureus (MR) R R R R
Streptococus pyogenes = 0,008/= 0,008 = 0,008/= 0,008 = 0,008/= 0,008 = 0,008/= 0,008
S. agalactiae 0,016/0,016 0,03/0,06 0,016/0,016 0,03/0,06
S. pneumoniae (PéniS) = 0,06/= 0,06 = 0,015/= 0,015 = 0,015/= 0,015 = 0,015/= 0,015
S. pneumoniae(PéniR) 0,5/1 0,5/1 0,5/1 1/2
Enterococcus faecalis 1/4 4/8 4/8 8/32
E. faecium > 8/> 8 > 16/> 16 > 16/> 16 > 16/> 16
Listeria monocytogenes 0,03/0,12 0,12/0,12 Pas de données 0,25/0,5
Peptostreptococcus spp 0,03/0,06 0,12/0,25 0,12/0,25 0,25/4
Les données sont les CMI50 et CMI90 exprimées en mg/l. D'après [1-3]
Annexes Page 109
Les bactéries hautement résistantes émergentes
Annexe III : Classification des bêta-lactamases selon Ambler .
Annexes Page 110
Les Bactéries Hautement Résistantes aux antibiotiques émergentes (BHRe) sont des bactéries commensales du tube digestif et résistantes à de nombreux antibiotiques avec des mécanismes de résistance transférables entre bactéries. Les BHRe correspondent aux Entérobactéries Productrices de Carbapénèmases (EPC) et à Enterococcus faecium Résistant aux Glycopeptides (ERG).
La maitrise de la diffusion des BHRe est un véritable enjeu de santé publique, à l'heure ou ces résistances ne cessent de s'étendre dans le monde.
Au cours de notre étude rétrospective et prospective qui s'étale du 1er janvier 2018 au 30 avril 2019, le taux d'isolement des BHRe était de 3%, avec un pourcentage de 1,96% pour les EPC et 17,14% pour les ERV. Pour cette étude, on a utilisé le gros et le petit matériel de service de microbiologie comme les étuves, le microscope optique, ainsi que les pipettes Pasteur, les lames et les lamelles, les becs Bunsen , les milieux de culture et d'isolement, l'automate Walkaway... etc. L'isolement, l'identification de ces germes ont été réalisés selon les méthodes conventionnelles de bactériologie; par des techniques classiques et par automates Walkaway, et l'antibiogramme selon les recommandations de CLSI.
Salmonella Heidelberg était l'espèce la plus isolée (40,47%) due à l'épidémie qui sévisse au niveau de service de nurserie, suivie par Klebsiella pneumoniae, Enterobacter cloacae, et Providencia stuartii pour les EPC. Dans l'ensemble des ERV l'Enterococcus faecium était l'espèce majoritairement isolée.
Ces BHRe ont été isolées à partir de différents types de prélèvements, essentiellement des selles (40,47 %), des urines pour les EPC et des urines (42,37 %), des hémocultures pour les ERV. Concernant les services d'hospitalisation, ces BHRe ont été retrouvés principalement dans les services de nurserie (48,80 %), de réanimation médicale et pédiatrie pour les EPC, et dans le centre des brulés (44,44 %), nurserie , pédiatrie pour les ERV.
Une attention importante accordée à l'hygiène et une rationalisation de l'emploi des antibiotiques sont des facteurs favorisant une meilleure maitrise des infections par ces germes.
Nos recommandations : L'application des mesures de prévention et la mise en place d'un programme pour la maitrise de diffusion des BHRe peuvent diminuer le taux de transmission de ces germes.
Mots clés : CHUC, BHRe (EPC, ERV), résistance bactrienne aux antibiotiques, épidémiologie des BHRe, prévention.
Highly Resistant Bacteria Emerging to Antibiotics (HRBEA) are commensal bacteria of the digestive tract and they resist to many antibiotics with transferable mechanisms between bacteria. The HRBEA are the Carbapenem-resistant Enterobacteriaceae (CRE) and Enterococcus faecium Resistant to glycopeptids (ERG).
The control of the HRBEA's diffusion is a serious public health issue, actually these resistances are spreading continuously all over the world.
In our retrospective and prospective study, which starts from January 1, 2018 to April 30, 2019, the HRBEA isolation rate was 3%, with a percentage of 1,96 % for CRE and 17,14% for VRE. For this study, we have used large and small scale microbiology service equipment such as ovens, optical microscope, as well as pastors pipettes, blades and strips, benzene beaks, culture and isolation media, the Walkaway automation,...etc. The isolation, the identification of these germs were carried out according to the conventional methods of bacteriology, by classical techniques and by Walkaway automation, and the antibiogram according to the CLSI recommendations.
Salmonella Heidelberg was the most isolated species (40.47%) caused by the epidemic that cracks down in the nursery service, followed by Klebsiella pneumoniae, Enterobacter cloacae, and Providencia stuartii for the CRE. In all VRE, the Enterococcus faecium was the major isolated sort.
These HRBEA were isolated from different types of samples, mainly stool (40.47%), urine for CRE and urine (42.37%), blood cultures for VRE. Regarding hospitalization services, these HRBEA were found mainly in nursery services (48.80%), medical resuscitation and pediatrics for CRE, and in the center of burns (44.44%), nursery, and pediatrics for VRE.
An important attention given to the hygiene and a rationalization of the antibiotics utilization are factors that promote a better control of the infections due to these germs.
Our recommendations: the application of preventive measures and the establishment of a special program to control the HRBEA's diffusion can reduce the rate of these germs transmission.
Keywords: CHUC, HRBEA, (CRE, VRE), Antibiotics bacteria resistance, prevention, HRBEA epidemiology.
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