Introduction générale.
Figure 0.1 : Complexe Tuberculosis. 2
Figure 0.2 : Morceau de séquence génomique
rapatriée de NCBI. 4
Figure 0.3 : Fichier des séquences ayant subi une
transformation. 4
Chapitre I. L'ECD Biologique.
Figure 1.1 : Exemple du format FASTA d'une séquence
protéique. 9
Figure 1.2 : Exemple du format STADEN d'une séquence
protéique. 9
Figure 1.3 : Exemple du format PIR d'une séquence
protéique. 10
Figure 1.4 : Exemple de fichier à l'état brut de la
séquence génomique de la
souche MT CDC1551 au format texte brut. 10
Figure 1.5 : Morceau de la séquence génomique
nettoyée du Mt CDC1551. 11
Figure 1.6 : Morceau de la séquence génomique mise
en forme du
Mt CDC1551. 11
Figure 1.7 : Morceau de la séquence génomique
structurée du Mt CDC1551. 11
Figure 1.8 : Processus d'ECD Biologiques. 12
Chapitre III. Modélisation booléenne des
règles d'association.
Figure 3.1 : Le système BRI (Boolean Rule Induction).
44
Figure 3.2 : Les partitions S, S1 et S2. 45
Figure 3.3 : Illustration du principe d'induction des
règles booléennes
inductives par BRI. 48
Chapitre IV. Conception et expérimentation du
système BIODM.
Figure 4.1 : Architecture du système BIODM. 55
Figure 4.2 : Morceaux de la séquence génomique du
Mt CDC1551. 58
Figure 4.3 : Morceaux de séquence protéique du Mt
CDC1551. 58
Figure 4.4 : Architecture fonctionnelle du système BIODM.
64
Figure 4.5 : Interface du système BIODM. 66
Figure 4.6 : Echantillon de gènes servant à la
fouille de données. 67
Liste des tableaux
Introduction générale.
Tableau 0.1: Tableau des différentes souches du
Mycobacterium Tuberculosis 77
Tableau 0.2: Tableaux informatif sur les
caractéristiques des souches du
Mycobacterium Tuberculosis complètement annotées.
78
Tableau 1.3 : Les souches du Mycobacterium Tuberculosis en cours
d'annotation. 78
Chapitre I. L'ECD Biologique.
Tableau 1.1: Description du fichier FASTA de l'exemple de la
figure 1.1. 9
Tableau 1.2: Description du fichier PIR de l'exemple de la figure
1.3. 10
Tableau 1.3: Les souches du Mycobacterium Tuberculosis en cours
d'annotation. 77
Tableau 1.4: Les méthodes de FDD utilisées en ECD
biologiques. 28
Tableau 1.5: Les tâches et méthodes utilisées
en ECD. 29
Tableau 1.6: Tableau comparatif des tâches de l'ECD. 29
Chapitre III. Modélisation booléenne des
règles d'association
Tableau 3.1 : Représentation cellulaire de la Base des
connaissances de la
figure 3.2. 46
Tableau 3.2 : Les matrices d'incidences
d'entrée RE et de sortie Rs pour la
figure 3.2. 46
Chapitre IV. Conception et expérimentation du
système BIODM.
Tableau 4.1 : Base de test servant à
l'expérimentation. 66
Tableau 4.2 : Exemple de règles
générées par Apriori pour un support de 60% 68
et une confiance de 80%.
Tableau 4.3 : Exemple de règles cellulaires
générées par BRI. 68
Tableau 4.4 : Nombre de
règles et temps d'exécution d'Apriori sur l'échantillon
de la figure 4.6. 69
Tableau 4.5 : Evolution de l'espace de stockage. 69
Annexe A
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