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Développement d'un portail web pour le criblage virtuel sur la grille de calcul

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par Farida LOUACHENI
Institut de la Francophonie pour l'Informatique - Master 2 Informatique 2013
  

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2.6.4 Conclusion

GVSS est développépour prédire comment les petites molécules interagissent avec le récepteur. Il réduit considérablement le coût en utilisant la demande dynamique des ressources de la grille de calcul. Le portail GVSS facilite la découverte de médicaments en permettant aux utilisateurs un accès simultanéet instantanéaux ressources de la grille, tout en masquant la complexitéde l'environnement de la grille aux utilisateurs finaux.

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2.7 Plate-formes utilisés

2.7.1 WISDOM

WISDOM (Wide In Silico Docking On Malaria) est une initiative qui a étélancéen 2005 pour utiliser les nouvelles technologies de l'information et dépolyer des applications de docking de grande échelle, afin de chercher et de découvrir des médicaments contre le plaudisme et d'autres maladies dites négligées. Le but de WISDOM est de prouver la pertinence de l'utilisation de la grille de calcul dans la recherche de médicaments et de traitement pour les maladies dangereuses [8]. Il travaille en étroite collaboration avec EGEE, et il fait usage de l'infrastructure EGEE pour exécuter un grand nombre de données. WISDOM est considérécomme une première étape pour mettre en place une recherche de médicaments in-silico sur une infrastructure de grille. La plate-forme WPE (WISDOM Production Environment), développépar LPC (Laboratoire Clermont Ferrand-France), a étéutiliséavec succès pour le projet WISDOM dans la découverte de nouveaux inhibiteurs contre le Malaria. Cette plate-forme fournit une couche entre les utilisateurs et l'environ-nement de la grille de calcul afin de dissimuler sa complexité. Avec cette plate-forme les utilisateurs peuvent facilement utiliser les ressources de la grille pour effectuer leur calcul.

2.7.1.a Définition WISDOM

WISDOM est un intergiciel conçue comme un environnement de gestion de l'expérience. Il gère les données, les jobs, et partage la charge de travail sur toutes les ressources intégrées, même si elles adaptent différentes normes technologiques. Il est tout a fait possible de

construire des services web qui interagissent avec le système. WISDOM est considérécomme un ensemble de services génériques agissant comme un niveau d'abstraction pour

les ressources et offrant une gestion générique des données et des jobs de sorte que les services d'applications peuvent utiliser l'un des services sous-jacents d'une manière très transparente [11]. L'initiative WISDOM comprend trois objectifs, l'objectif biologique, qui consiste à proposer de nouveaux inhibiteurs pour une famille de protéine produite par plasmodium, l'objectif biomédical, qui repose sur le déployement d'une application de docking in-silico sur une infrastructure de grille de calcul, et l'objectif de grille, qui s'ap-puie sur le déploiement d'une application très demandeuse en temps de calcul et générant une grande quantitéde données pour tester l'infrastructure de grille et ses services. Les utilisateurs ne sont pas en interaction directe avec les ressources de la grille, et ils ne sont pas censés de savoir comment cela fonctionne, car ils sont juste en interaction avec les services de haut niveau, tout comme avec un autre service web.

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2.7.1.b Architecture WPE

L'environnement de production WISDOM (WPE) est considérécomme un intergiciel installésur des ressources de calcul pour gérer des données et des jobs et pour partager la charge sur l'ensemble des ressources intégrées [24]. Il est possible de construire des services web qui interagissent avec le système. Les quatre composants principaux de WPE (WISDOM Production Environment) sont [9] :

· Le gestionnaire des tâches »Task Manager» interagit avec le client et accueille les tâches créées par le client.

· Le gestionnaire de jobs »Job Manager» soumet des jobs aux éléments de calcul (CE), du sorte que les tâches gérées par le gestionnaire des tâches seront executées.

· Le système d'information WIS »WISDOM Information System» utilise AMGA »ARDA Metadata Grid Application», pour stocker toutes les métadonnées requises pour le gestionnaire de job.

· Le gestionnaire de données »Data Manager», gère les fichiers sur la grille de calcul.

FIGURE 13 - Architecture WPE [9]

Tout d'abord, le module de gestionnaire de job »Job Manager» reçoit les demandes et soumet les jobs pilotes »pilot agents» sur la grille de calcul, afin de réaliser des tâches dans le gestionnaire des tâches »Task Manager». L'exécution de gestionnaire de job nécessite un certificat qui correspond à l'organisation virtuelle oùles jobs seront soumis. Ensuite, les tàaches sont enregistrées et gérées par les gestionnaire des tàaches. Un agent interagit avec le gestionnaire de tàache pour récupérer une tàache et l'exécute sur la grille de calcul. Après, le module WIS »WISDOM Information System» enregistre les états des agents et contrôle l'information des agents de pilotes sur la grille. Et le gestionnaire de données gère les fichiers sur la grille en mode batch.

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"Il y a des temps ou l'on doit dispenser son mépris qu'avec économie à cause du grand nombre de nécessiteux"   Chateaubriand