3.1 Architecture du système proposée
Nous avons proposéune architecture simple afin
d'offrir aux utilisateurs finaux qui ne sont pas des experts ni en
informatique, ni en technologie de la grille, une interface conviviale est
facile à utiliser sans qu'ils se préoccupent de la
complexitédu portail. Outre les solutions basées sur le Web.
Notre solution repose sur l'utilisation de Taverna [6], qui est un outil
développépar le consortium myGrid, permettant la
réalisation de traitements in-silico sous la forme de
workflows, tout particulièrement dans le domaine de bio-informatique.
Cet outil permet l'exécution des expériences scientifiques dans
la forme de workflow. Chaque workflow est constituépar une série
de services reliés l'un à l'autre. Taverna est conçu pour
combiner des services web distribués et/ou des outils locaux dans des
pipelines d'analyse complexes, afin de réaliser la conception et
l'exécution des workflows scientifiques. Nous avons
utilisél'intergiciel DIRAC, qui va servir comme intermédiaire
entre le portail et les ressources de la grille pour la soumission des jobs de
docking sur la grille de calcul, et la récupération des
résultats à partir de l'espace de stockage de la grille. Et nous
avons eu recours à l'outil AutoDock, pour effectuer le docking
moléculaire protéine-ligand. Cependant, cela nécessite
l'installation de ces outils afin de pouvoir profiter des avantages de Taverna,
DIRAC et AutoDock.
Le schéma ci-dessous illustre l'architecture que nous
avons utilisépour implémenter le portail web pour le criblage
virtuel. L'utilisateur accéde au portail web en s'authentifiant avec ses
credentials valides, il envoie sa requête pour effectuer l'amarrage,
après les paramètres d'entrées au Client Taverna. Ce
dernier récupère le worflow Taverna, qui contient les services
web nécessaire pour le docking (génération et
soumission des jobs sur la grille, suivre l'état du job soumis et
récupération de résultat). Après avoir
récupérer le workflow, le client Taverna exécute les
services pour le docking. L'un des services web, est de générer
les fichiers »JDL», et à soumettre les job sur la
grille de calcul en utilisant l'intergiciel DIRAC. Le serveur DIRAC
soumet les jobs de docking générés par Taverna service sur
l'élément de calcul de la grille. Les données
stockées sur les éléments de stockage sont alors
transférés sur le noeud de calcul, puis les résultats sont
stockés sur un élément de stockage de la grille, et
répliqués sur d'autres éléments pour
réaliser une copie de sauvegarde. À la fin, l'utilisateur peut
télécharger les résultats du docking
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FIGURE 16 - Architecture du système
proposée
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