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La nécropole mérovingienne "la chapelle" de Jau-Dignac et Loirac (Garonne): Détermination de liens de parenté par approche paléogénétique


par Diane Thibon
Université de Bordeaux 1 - Master 2 2009
  

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Université Bordeaux 1

UMR PACEA 5199

Laboratoire d'Anthropologie des Populations du Passé

Mémoire de Master 2 Sciences et Technologies
Mention Anthropologie Biologique, Paléoanthropologie et Préhistoire
Spécialité : Anthropologie Biologique

LA NECROPOLE MEROVINGIENNE « LA CHAPELLE » DE JAU-
DIGNAC ET LOIRAC (GIRONDE) : DETERMINATION DE LIENS
DE PARENTE PAR APPROCHE PALEOGENETIQUE
ETUDE DE FAISABILITE

Diane THIBON

Sous la direction de Dominique CASTEX et de Marie-France DEGUILLOUX.

Année 2008-2009

Remerciements

Je tiens à remercier toutes les personnes sans lesquelles cette étude n'aurait pu être menée à bien ;

Messieurs les Professeurs J. JAUBERT et P.MURAIL pour m'avoir permis de suivre les enseignements du Master Anthropologie biologique, Paléoanthropologie et Préhistoire.

Marie-France DEGUILLOUX et Dominique CASTEX pour m'avoir dirigée et conseillée dans ce travail ;

Marie-Hélène PEMONGE pour sa gentillesse et sa très grande participation, sans laquelle ce mémoire n'aurait pu être réalisé.

Yannick pour sa patiente et son soutien ;

Et enfin, ma famille pour leurs encouragements et leur réconfort.

Table des matières

Introduction 6

I Présentation du site archéologique de « La chapelle » 9

1. Environnement du site 9

2. Les quatre phases d'occupation du site 11

2.1. Le temple antique 12

2.2. La nécropole mérovingienne 12

2.3. Habitats de la fin du Haut Moyen-âge 14

2.4. Chapelle et cimetière médiéval à moderne 15

3. La nécropole mérovingienne 16

3.1. Pratiques funéraires 16

Les tombes à l'intérieur du bâtiment 16

Les tombes de l'extérieur 17

3.2. Le recrutement par âge et par sexe 18

3.3. Le cas particulier des sarcophages du secteur occidental 18

II Matériel et Méthode 22

1. Généralités techniques sur l'étude de l'ADN ancien 22

2. Matériel 23

2.1. Présentation du matériel 23

2.2. Choix des régions étudiées 24

3. Méthodes 24

3.1. Précautions 25

3.2. Préparations des échantillons 25

3.3. Extraction de l'ADN 26

3.4. Amplification de l'ADN 26

3.5. Vérification de PCR 28

3.6. Clonage 28

3.7. Analyse des séquences 29

3.8. Typage des fouilleurs 29

III Synthèse bibliographique 31

IV Résultats 33

1. Résultats de la synthèse bibliographique 33

2. Résultats des analyses génétiques 39

2.1. Les fouilleurs 39

2.2. Les séquences des individus 39

Sep 169 40

- 1er inhumé : 40

- 2ème inhumé : 41

- 3ème inhumé : 41

Sep 170 42

- 1er inhumé. 42

- 2ème inhumé : 43

- 3ème inhumé : 43

Sep 171 44

- 1er inhumé : 44

- 2ème inhumé : 44

- 3ème inhumé : 45

2.3. Synthèse des résultats 48

V Discussion 49

1. Authenticité des séquences : conservation de l'ADN et contaminations 49

2. Haplogroupes retrouvés 51

3. Liens de parentés 54

VI Conclusion et perceptives 57

Annexe A : protocoles d'analyses d'ADN ancien 59

Bibliographie 62

Liste des figures :

Figure 1 : Localisation de Jau-Dignac en Gironde (in Cartron et Castex 2009) 9

Figure 2 : Localisation de Jau-Dignac en Gironde (in Cartron et Castex 2009) 9

Figure 3 : Vue aérienne de la zone 1 du site archéologique (in Cartron et Castex2009). 10

Figure 4 : Plan général du site archéologique (in Cartron et Castex2008). 11

Figure 5 : Plan de la nécropole mérovingienne (Phase 2) (in Cartron et Castex 2009). 12

Figure 6 : Plan des structures d'habitats (phase 3) (in Cartron et Castex 2009). 14

Figure 7 : Plan de la chapelle et du cimetière médiévaux et modernes (phases 4 et 5) (in Cartron et

Castex 2006). 15

Figure 8 : Sépulture 169, 170 et 171 (in Cartron et Castex 2006). 19

Figure 9 : Schéma d'une amplification d'ADN par PCR (Vierstraete 1999). 27

Figure 10 : Fréquence actuelle de l'haplogroupe J en Europe d'après Logan (2009). 52

Figure 11 : Fréquence de l'haplogroupe X en Europe d'après Logan (2009). 53

Figure 12 : Arbre généalogique montrant quels individus sont issus d'une même lignée

mitochondriale. 55

Figure 13 : Informations acquises en termes de relations de parenté maternelles. 56

Liste des tableaux :

Tableau 1 : Détail des individus inhumés dans les sarcophages. 20

Tableau 2 : Détail des dents utilisées lors de l'extraction 24

Tableau 3 : Amorces utilisées pour chaque fragment (Jehaes et al. 2001). 28

Tableau 4 : Synthèse bibliographique. Critères techniques et résultats. 36

Tableau 5 : Synthèse bibliographique des résultats d'études paléogénétique de liens de parenté. 38

Tableau 6 : Mutations présentes sur la région HVS 1 des fouilleurs. 39

Tableau 7 : Clones obtenus pour chaque fragment et individu. 39

Tableau 8 : Détail des mutations présentes sur tous les clones obtenus. 47

Tableau 9 : Mutations authentiques présentes sur chaque fragment des individus. 48

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