Memoire Online - Etiologie de la méningite bactérienne et résistance des bactéries aux antibiotiques au Centre Pasteur du Cameroun

Etiologie de la méningite bactérienne et résistance des bactéries aux antibiotiques au Centre Pasteur du Cameroun

DEDICACES

A ma mère MANTSIA Antoinette, mon père MONGO Emmanuel, mes frères, mes soeurs et mon amie DEUMEJE Marie Noel pour votre humanité.

SIGLES ET ABBREVIATIONS

REMERCIEMENTS

Le présent rapport de stage a été effectif grâce à la synergie des efforts et à l'esprit de collaboration du personnel du Centre Pasteur du Cameroun, de l'administration de l'ISSEA et des personnes ressources. A cet effet, nous saisissons cette opportunité pour adresser :

Nos remerciements au Pr Dominique BAUDON, Directeur Général du Centre Pasteur du Cameroun, pour nous avoir acceptés comme stagiaire dans sa structure ;

Notre profonde gratitude aux Dr Antoinette NGANDIO et Suzanne BELINGA qui n'ont ménagé aucun effort pour notre encadrement malgré leurs multiples occupations ;

Notre reconnaissance à Monsieur Jean Cléophas ONDO, Directeur des études et à tout le corps professoral de l'ISSEA pour la formation qu'ils nous ont dispensée.

Nos remerciements à Félix FOTSO, Yannick KAMDEM, Arnaud KEMGMO, Ariane NZOUANKEU et Yvonne DJIEUGOUE pour votre accompagnement persistant.

TABLE DES MATIERE

LISTES DES TABLEAUX

LISTES DES FIGURES

AVANT-PROPOS

La fin de la formation en cycle ingénieur d'application de la statistique au sein de l'ISSEA est sanctionnée par les soutenances d'un mémoire et d'un rapport de stage. Dans cette perspective, en la période allant du 03 mars au 31 mai, le Centre Pasteur du Cameroun nous a accueillis comme stagiaires. Au cours de ce stage, il nous a été proposé de travailler sur l'étiologie de la méningite bactérienne et résistance des bactéries aux antibiotiques au Centre Pasteur du Cameroun. Cette étude vise essentiellement la surveillance épidémiologique de la méningite à Yaoundé. Ce stage nous a permit de mettre d'appliquer les enseignements reçus à l'ISSEA et d'apporter tant soit peu notre contribution à l'épidémiologie des méningites bactériennes isolées au Centre Pasteur du Cameroun.

RESUME

Dans le cadre de notre formation, nous avons effectué un stage de trois mois au Centre Pasteur du Cameroun. L'objectif principal de ce stage était d'étudier la distribution des étiologies de méningites bactériennes et d'analyser les profils de résistance des bactéries responsables de la méningite à partir des examens du LCR adressés au CPC entre 2006 et 2008.

Nous avons exploité la base de données des analyses médicales du CPC et avons extrait tous les dossiers des patients du CPC ayant fait l'examen du LCR pendant la période allant de 2006 à 2008. Nous avons ainsi retenu 1642 dans le cadre de notre analyse.

Il ressort de ce travail que les enfants de 6 à 14 ans semblent être les plus touchés par la méningite bactérienne (12% de cas positifs). L'incidence annuelle de la méningite est presque la même chez les hommes et les femmes et se situe entre 16 et 33.

Le streptococcus pneumonaie et l'Haemophilus pneumonaie représentent environ 67 % des germes responsables de la méningite bactérienne.

Le ceftriaxone reste l'antibiotique à conseiller en première intention pour le traitement des méningites causées par le Streptococcus et l'Haemophilus influenzae

INTRODUCTION

La méningite ou inflammation des méninges est une maladie infectieuse grave qui peut être bactérienne, parasitaire ou virale. Parmi les nombreuses espèces de bactéries responsables de la méningite, le Neisseria meningitidis, le Streptococcus pneumonaie et l'Haemophilus influenzae sont les plus répandues. Selon les estimations^1(*) faites par l'OMS en 2000, excepté des épidémies, au moins 1,2 millions de cas de méningite bactérienne se produisent chaque année dans le monde dont environ 135 000 cas conduisant à la mort (WHO, 2000). L'incidence des méningites bactériennes dans les pays industrialisés est située entre 2,5 et 10 pour 100 000 habitants alors qu'elle est dix fois plus élevée dans les pays en voie de développement. Les enfants âgés de moins de 5 ans sont généralement les plus touchés. Selon l'association médicale canadienne^2(*), dans le monde, même après traitement de l'infection, une personne sur sept risques de souffrir de surdité ou de débilité mentale A Yaoundé, la méningite bactérienne est la cinquième cause d'hospitalisation et la troisième cause de mortalité infantile (MBONDA et al, 1995).

L'OMS recommande l'utilisation des céphalosporines de troisième génération (cefotaxime et la ceftriaxone) et les amino-pénicillines (pénicilline, ampicilline, amoxicilline). Cependant, certaines bactéries qui au préalable étaient sensibles, développent dans le temps et dans l'espace des mécanismes de résistance aux antibiotiques. Ainsi la surveillance de la résistance des bactéries est indispensable pour mettre à jour l'antibiothérapie.

Ce travail a pour objectif d'étudier la distribution des étiologies de méningites bactériennes et d'analyser les profils de résistance des bactéries responsables de méningites à partir des examens du liquide céphalorachidien (LCR) adressés au CPC entre 2006 et 2008.

Il est reparti en trois chapitres. Le premier chapitre présente les généralités sur les méningites et du LCR au laboratoire. Le deuxième chapitre présente la structure d'accueil et le déroulement du stage. Quant au troisième chapitre, il présente une analyse statistique des résultats des examens du LCR au CPC.

Chapitre 1 : GÉNÉRALITÉS SUR LA MÉNINGITE BACTÉRIENNE

1 EPIDEMIOLOGIE

La méningite est un processus inflammatoire, d'origine généralement infectieuse, atteignant les méninges c'est à dire l'ensemble des formations recouvrant l'encéphale et la moelle épinière. On désigne habituellement par le terme de méningite l'infection des méninges molles de l'espace sous-arachnoïdien compris entre l'arachnoïde et la pie-mère et dans lesquels circule le liquide céphalorachidien.

La méningite virale, bien que bénigne représente environ 70 à 80% de cas de méningites dans le monde^3(*). La méningite bactérienne dont l'évolution spontanée est pratiquement mortelle représente entre 20 à 25% de cas de méningites. Dans de cas rares, les méningites infectieuses sont dues par des parasites.

Les principales bactéries responsables de méningite sont : l'Haemophilus influenzae b, la Streptococcus pneumonaie et la Neisseria meningitidis (méningocoque). D'autres bactéries peuvent être rencontrées comme : staphylocoque, colibacille (chez le nourrisson), pseudomonas, listeria. Mais les Neisseria meningitidis (A, B, C et W135) sont plus importantes parce qu'elles peuvent être à l'origine d'épidémies. Ces bactéries peuvent être présentes dans le pharynx et, pour des raisons pas encore complètement élucidées, submergent parfois les défenses de l'organisme, permettant ainsi à l'infection de se propager dans la circulation sanguine et d'atteindre le cerveau.

Les grandes épidémies de méningites en Afrique sont associées aux sérogroupes A et C et en Asie, la méningococcie est habituellement due au sérogroupe A. En 2002, le sérogroupe W135 est apparu au Burkina Faso, frappant 13 000 personnes, dont 1500 sont décédées. La zone^4(*) s'étendant du Sénégal à l'ouest jusqu'à l'Ethiopie, connaissent les plus grandes épidémies dans le monde (taux d'atteinte se situent entre 100 et 800 pour 100 000 habitants).

La transmission de la méningite bactérienne s'opère par les gouttelettes de sécrétions respiratoires ou salivaires. Un contact étroit et prolongé (baiser, éternuement et toux), vie en collectivité (soldats, étudiants), mise en commun des couverts ou des verres favorisent la propagation de la maladie. La période d'incubation se situe entre 2 et 10 jours et est en moyenne de 4 jours.

2 MANIFESTATIONS CLINIQUES, COMPLICATIONS ET SEQUELLES

Une fièvre associée à des céphalées^5(*) et des nausées, des vomissements (syndrome infectieux), une photophobie et des convulsions sont le plus souvent retrouvés à l'interrogatoire du grand enfant atteint de méningite bactérienne. L'examen clinique permet de retrouver une raideur plus ou moins importante à la flexion de la nuque (syndrome méningé).

Ces symptômes sont moins marqués chez les nouveau-nés et le nourrisson.
Normalement, le diagnostic de la méningite est recommandé à cette de personnes. Des manifestations plus inhabituelles de l'infection à méningocoque peuvent être observées : arthrites septiques, péricardites, bronchopneumopathies aiguës.

Les complications les plus fréquentes de la méningite sont des atteintes neurologiques, en particulier la partielle. Même lorsque l'on diagnostique la maladie très tôt et qu'un traitement approprié est institué, 5 à 10 % des malades décèdent, habituellement dans les 24 à 48 heures suivant l'apparition des symptômes^6(*). La méningite bactérienne peut entraîner des lésions cérébrales et des troubles de l'apprentissage chez 10 à 20 % des survivants. La septicémie méningococcique est une forme plus rare mais plus grave (souvent mortelle) de méningococcie caractérisée par un rash hémorragique et un collapsus circulatoire rapide.

3 DIAGNOSTIC

Le diagnostic clinique est facile lorsque le patient un syndrome méningé et devant un patient et devant toute manifestation neurologique associée à de la fièvre. Il est difficile chez le nourrisson car ce dernier ne peut se plaindre de nausées ou de céphalées. Chez ce dernier, on recherche une hypotonie axiale ainsi que le bombement de la fontanelle antérieure.

Le diagnostic se fait essentiellement par ponction lombaire. Cette opération permet de ramener du liquide céphalorachidien dont l'analyse (couleur, le nombre de cellules et le type de cellules retrouvées) déterminera l'origine de la méningite. L'aspect trouble du LCR, accompagné d'une cellularité importante de polynucléaires neutrophiles, une hypoglycorrachie et une hyperproteinorachie sont typique de présence de méningites bactériennes. La coloration Gram permet dans 60 à 90 % des cas d'identifier la bactérie. Si un cocci à Gram positif est mis en évidence, il s'agit d'un pneumocoque. Si un cocci à Gram négatif est mis en évidence, il s'agit d'un méningocoque. Il est parfois difficile de mettre en évidence le méningocoque et la Listeria à l'examen direct. La culture et l'antibiogramme permettront d'isoler, d'identifier le germe et de déterminer sa sensibilité aux antibiotiques. Un scanner peut être réalisé en cas de signes neurologiques focaux pouvant faire évoquer un autre diagnostic ou craindre une complication intracrânienne.

La PCR (polymérase clown réaction) peut avoir une importance pour améliorer la détection des bactéries dans le LCR ou pour accélérer le diagnostic d'une méningite à Entérovirus. En effet, une PCR à Entérovirus peut être obtenue en 24 heures alors qu'il faut au minimum 48 heures pour avoir les résultats d'une culture.

4 TRAITEMENT

Comme dans la plupart des maladies, deux types de traitements existent pour combattre la méningite. Il y'a des traitements préventifs (pour éviter d'attraper la méningite) et des traitements curatifs (pour soigner la maladie, une fois déclarée).

4.1 Traitement préventif

Plusieurs vaccins sont utilisés pour la prévention de la méningite. Ils existent sous forme de diverses associations contre les sérogroupes A, C, Y et W135. Cependant, ils ne confèrent pas une protection suffisante dans les 10 à 14 jours suivant l'injection.

Dans certains pays, à l'instar de l'Arabie saoudite, la vaccination de masse est systématique à l'ensemble de la population par contre dans la plupart des pays, la vaccination préventive est utilisée pour protéger les sujets à risques (voyageurs, militaires, pèlerins etc.).

En cas d'isolement de la Neisseria meningitidis chez un individu, les proches du malade doivent être protégés par un vaccin et une chimiopropylaxie antibiotique afin de couvrir le laps de temps s'écoulant entre la vaccination et la protection. Généralement, les antibiotiques utilisés à titre prophylactique sont la rifampicine, la minocycline, la ciprofloxacine et la ceftriaxone.

4.2 Traitement curatif

La méningite bactérienne se traite à partir des antibiotiques. Ce traitement doit être démarré dès que la ponction lombaire a été pratiquée. En Afrique, l'OMS recommande le chloramphénicol huileux en cas d'épidémies. Car une dose unique de cette formulation à action prolongée est efficace.

De manière générale l'antibiothérapie consiste en l'administration d'une céphalosporine de troisième génération injectable (cefotaxime et ceftriaxone) et des amino-pénicillines (ampicilline, pénicilline et chloramphénicol).

Selon le poids et la nature du germe isolé, on a les posologies^7(*) suivantes :

· Méningite à pneumocoque : Céfotaxime à la dose 300mg/Kg/j en association avec la vancomycine à la posologie de 60mg/Kg/j pendant les deux premiers jours. Quatre injections par jour. Le traitement est ensuite à adapter en fonction des résultats de l'antibiogramme. Si le pneumocoque est de sensibilité normale à la pénicilline, le traitement est poursuivi par Céfotaxime à une posologie plus faible de 200mg/Kg/j, la vancomycine est arrêtée ;

· Méningite à méningocoque : La Céfotaxime (200mg/Kg/j) ou ceftriaxone (100 mg/Kg/j) est efficace. La durée du traitement est de 7 jours ;

· Méningite à Haemophylus influenzae de type b : Céfotaxime ou ceftriaxone

6 STRATEGIE DE L'OMS

L'OMS agit sur deux axes pour lutter contre la méningite : la préparation aux épidémies et la riposte aux épidémies. La préparation va du dépistage des cas jusqu'à la confirmation au laboratoire. Cette étape nécessite un renforcement de moyens de surveillance et des capacités d'analyse des laboratoires afin de déceler précocement les épidémies. Cela permet de mettre en place des stocks nationaux de vaccins et d'élaborer des plans de gestion des épidémies. Dans les districts en phase épidémique, ainsi tous les districts voisins (en phase d'alerte), l'OMS procède à une vaccination de masse.

7. MÉTHODOLOGIE DES EXAMENS CYTO-BACTÉRIOLOGIQUES DU L.C.R

L'examen du LCR doit se faire sans délai à la suite d'une suspicion de méningite. La précocité de ce diagnostic et l'examen cytochimique du LCR permettent de reconnaitre les germes à la cause de la maladie et de faciliter un traitement antibiotique approprié et immédiat.

De manière spécifique, l'examen cytobactériologique du LCR vise à atteindre les objectifs suivants :

· ensemencement^8(*) systématique d'urgence des milieux de culture permettant la croissance des bactéries les plus souvent responsables de la méningite ;

· classement du LCR en fonction de la cytochimie pour faciliter la reconnaissance des catégories suivantes : LCR normal, purulent, lymphocytaire, panaché, hémorragique ;

· proposition d'une orientation étiologique^9(*) rapide (méningite virale ou bactérienne) ;

7.1 Méthodes microbiologiques utilisées

L'aboutissement de l'examen du LCR passe par la réalisation des opérations telles que le prélèvement, la réalisation des cultures, l'examen cytologique et enfin l'identification et l'étude de la sensibilité aux antibiotiques.

7.1.1 Le prélèvement

Le prélèvement du liquide céphalorachidien se fait par ponction lombaire. La quantité moyenne du LCR suffisante pour réaliser des examens est de 3 ml, recueillie dans 3 tubes stériles numérotés 1, 2, 3 servant respectivement à l'examen biochimique, microbiologique et cytologique.

7.1.2 La réalisation des cultures

La première opération systématique pour la réalisation de l'examen du LCR est l'ensemencement des milieux permettant la croissance des bactéries responsables de méningites purulentes.

· la gélose au sang cuit, incubée à 37° sous une atmosphère de 5 à 10 % de CO₂;

· bouillon à l'extrait globulaire permettant de diluer les antibiotiques éventuellement présents dans le LCR.

7.1.3 L'examen cytologique

Au cours de cette opération, le LCR est directement utilisé pour l'analyse biochimique et la numération^10(*) des éléments. La coloration par Gram permet d'augmenter les performances de l'examen. Ces performances dépendent de la densité bactérienne, de la durée de l'évolution de la méningite, l'existence d'une antibiothérapie préalable.

7.1.4 L'identification et l'étude de la sensibilité aux antibiotiques

Dans cette dernière partie de l'examen, le clinicien identifie le germe responsable de la méningite et choisit les techniques d'étude de la sensibilité aux antibiotiques. Ainsi, à chaque germe correspond une recherche spécifique. On doit rechercher une bétalactamase pour s'assurer de la présence de l'Haemophylus influenzae, rechercher une sensibilité diminuée à la pénicilline pour identifier la Neisseria meningitidis (méningocoque) ou détecter une résistance aux betalactamines pour juger de la présence du streptococcus pneumonaie.

8. BACTERIES ET ANTIBIOTIQUES

8.1 LES BACTERIES

On distingue les bactéries par leurs formes (notamment les coques et les bacilles), d'autres par la coloration gram (rouge pour gram négatif et bleu pour gram positif) et leurs caractéristiques biochimiques : fermentation du lactose. On peut identifier :

· les bacilles gram négatif non fermentant (qui ne fermentent pas le lactose). Les plus fréquents sont le Pseudomonas, l'Acinetobacter et le Chryseomonas ;

· les coques gram positif notamment les familles des Staphylocoques et des Streptocoques ;

· les coques gram négatif à l'instar des Neisseria meningitidis responsable de la méningite ;

· les entérobactéries : ce sont des bactéries gram négatif qui fermentent le lactose. Parmi elles, on reconnait les familles suivantes : Klebsiella, Proteus, Salmonella, Citrobacter et l'Escherichia coli.

8.2 LES ANTIBIOTIQUES

Les antibiotiques (anti = contre, biotique = organisme vivant) appartiennent à une classe de médicaments très prescrits pour lutter contre les infections bactériennes (tuberculose, pneumonie, méningite, angine, bronchite etc.). La particularité de cette classe de médicaments réside dans le fait que sa cible est localisée, non pas dans un tissu particulier de l'organisme humain, mais dans une bactérie hébergée accidentellement ou en permanence par cet organisme.

L'antibiotique doit satisfaire à la double exigence d'être plus toxique pour la bactérie et visée et la moins toxique possible pour l'organisme hébergeant cette bactérie. La classification des antibiotiques en familles est fonction de leurs principes actifs (mode d'action sur la bactérie et des effets secondaires. Ainsi, distingue-t-on sommairement :

· les antibiotiques actifs sur des processus localisés dans le cytoplasme bactérien : synthèse protéique, réplication de l'ADN ou des deux.

· les pénicillines (Amoxicilline, Ampicilline, Pénicilline G, Pénicilline V, Piperacilline) : ils sont utilisés dans le traitement de la bronchite, de la pneumonie et de des méningites. Ils inhibent la synthèse de la paroi bactérienne ;

· les céphalosporines (Cefalor, Cefamandole, Cefixime, Cefotaxime, Ceftriaxone) : Ils inhibent également la synthèse de la paroi bactérienne, interviennent dans le traitement de la bronchite, la pneumonie et les méningites mais diffèrent des pénicillines par leurs effets secondaires ;

· les aminosides (Streptomycine, Tebramycine, Amikacine, Gentamicine) : ils inhibent la synthèse protéique et interviennent dans le traitement de la tuberculose, les maladies infectieuses des yeux, les maladies intestinales et plaies infectées ;

· les macrolides (Azitromycine, Érythromycine) : ils inhibent la synthèse protéique et sont utilisés dans le traitement des infections génitales ;

· les tétracyclines (Doxycline, Tétracycline) : ils interviennent dans le traitement des acnés, des infections génitales et pulmonaires. Ils inhibent la synthèse protéique ;

· les quinolones (Ciprofloxacine, Levofloxacine, Norfloxacine) : ils sont utilisés dans le traitement des infections urinaires et génitales. Ils inhibent la gyrase bactérienne ;

· les sulfamides (Sulfazalazine, Sulfaméthoxazole) : ils sont utilisés dans le traitement des maladies urinaires et génitales. Ils inhibent la synthèse de l'acide tetrahydrofolique.

8.3 LA RESISTANCE DES BACTERIES AUX ANTIBIOTIQUES

La résistance des bactéries aux antibiotiques est soit naturelle, soit acquise. La résistance naturelle d'une espèce ou d'un genre est une caractéristique propre, appartenant à l'ensemble des souches de cette espèce ou de ce genre, quelles qu'en soient les conditions d'isolement. Elle est toujours transmissible à la descendance (transmission verticale). La résistance naturelle détermine les phénotypes « sauvages » des espèces bactériennes vis-à-vis des antibiotiques.

Pour des raisons diverses, certaines bactéries qui auparavant étaient sensibles aux antibiotiques, cessent de l'être (on parle de résistance acquise). Ce qui veut dire que le médicament devient moins efficace au traitement de l'infection. Cette forme de résistance ne concerne qu'une proportion plus ou moins importante de souches d'une espèce On peut expliquer l'augmentation de la résistance par une utilisation abusive (par exemple lors de maladies virales), en excès ou de façon mal-appropriée (interruption de traitements). On doit aussi prendre en considération l'intelligence du micro-organisme pour expliquer l'augmentation de la résistance.

De manière spécifique, les trois catégories de mécanismes qui rendent compte de la résistance acquise des bactéries aux antibiotiques sont :

· la diminution de la quantité d'antibiotique atteignant la cible par diminution de la perméabilité : la baisse de la perméabilité concerne surtout les bactéries à Gram (membrane externe) dont les porines s'obturent partiellement ou totalement ou alors disparaissent ;

· la modification de la cible de l'antibiotique : ce type de mécanisme peut aller jusqu'à l'absence de cible. Ces modifications se font soit par mutations dans les gènes pour la cible de l'antibiotique ;

· l'inactivation de l'antibiotique : c'est le mécanisme le plus fréquent en pathologie infectieuse Il peut s'agir d'une destruction de l'antibiotique.

9. EPIDEMIOLOGIE DE LA MENINGITE BACTERIENNE AU CAMEROUN

Nous relatons ici quelques études réalisés sur les méningites bactériennes au Cameroun.

FONKOUA M. C et al (2001) analysent tous les liquides céphalo-rachidiens, adressés au Centre Pasteur du Cameroun à Yaoundé entre le 1^er juillet 1999 et le 30 juin 2000. Ils indiquent une proportion de méningite bactérienne de 10,4%. Les principales bactéries à la cause sont le Streptococcus pneumonaie (56,2%), l'Haemophylus influenzae (18,5 %) et le Neisseria meningitidis (13,4%). Ils constatent que ces méningites touchent essentiellement les enfants (86,7%). L'étude de la sensibilité montre une bonne activité des beta-lactamines sur les streptocoques et les méningocoques, mais pas sur les bacilles gram négatif.

Apres une étude réalisée chez les enfants âgés de 2 mois ½ à 15 ans, en zone septentrionale du Cameroun, SIME M. et al (1999) indiquent que la méningite bactérienne représente 5% des consultations et 9 % des hospitalisations. Ils constatent que la sensibilité in vitro du Neisseria meningitidis A était de 97% pour la pénicilline G, 93% pour l'ampicilline et 97%.

A la suite du suivi de l'hospitalisation de 144 enfants âgés de 1 mois à 14 ans pour méningite bactérienne du 1 septembre 1992 au 31 septembre 1993, MBONDAE et al (1995) constatent 29, 86% de décès (les survivants ont été surveillé pendant une période de 18 mois). Ils ont remarqué que 23,61% des survivants présentaient des séquelles neurologiques, 25% des définitifs auditif, 10,71% des troubles de comportement et 1,78% des troubles d'apprentissage scolaire.

Chapitre 2 : CONTEXTE D'ETUDE ET CADRE MÉTHODOLOGIQUE

1 CONTEXTE D'ETUDE

De la période allant du 1^er mars au 29 mai, le Centre Pasteur du Cameroun nous a accueillis en qualité de stagiaire. Sans être exhaustive, voici une brève présentation du Centre Pasteur du Cameroun.

1.1 PRESENTATION DU CENTRE PASTEUR DU CAMEROUN

Le Centre Pasteur du Cameroun (CPC) a été crée en 1959 sous la dénomination de l'Institut Pasteur et nationalisé en 1975. Le CPC est un laboratoire d'analyse médicale et s'occupe également de la recherche. Il est sous la tutelle du ministère de la santé publique du Cameroun et est membre du Réseau International des Instituts Pasteurs (RIIP) depuis 1990. Le C.P.C est géré par un Directeur Général et emploie environ 130 personnes. Près de 500 demandes d'examens sont reçues par jour au sein du CPC.

Les principales missions du C.P.C sont en nombre de quatre et reparties comme suit :

Les analyses médicales sont réalisées dans 5 laboratoires (bactériologie, sérologie, parasitologie, hématologie et biochimie). Notre stage s'est déroulé au Laboratoire de Bactériologie.

Les demandes et les résultats des examens effectués au sein de ces laboratoires sont saisis dans le logiciel HEXAFLUX.

1.2 DEROULEMENT ET OBJECTIFS DU STAGE

Le stage a porté sur l'étude des données obtenues du diagnostic des méningites bactériennes. Notre principale activité était d'analyser les résultats obtenus du traitement des liquides céphalorachidiens (LCR) au Laboratoire de Bactériologie et de noter la distribution des germes isolés et d'étudier leur résistance aux antibiotiques.

. Le stage a effectivement commencé le 10 mars 2009 et a pris fin le 30 mai 2009. Des le premier jour du stage, nous sommes rentrés en contact avec le laboratoire de Bactériologie du CPC. Au cours de nos entretiens, il nous a été demandé de produire des statistiques sur des examens du LCR adressés au CPC pendant les trois dernières années. De la documentation sur les méningites à l'écriture du rapport, nous sommes passés par l'exploration du logiciel HEXAFLUX et le traitement des données.

2 METHODOLOGIE

Pour disposer des données nécessaires à la réalisation de l'étude, une sérié d'étapes sont obligatoires. Il s'agit notamment de l'extraction, du formatage et de la codification des données relatives aux examens du LCR et enregistrées dans le logiciel HEXAFLUX.

L'HEXAFLUX est un logiciel de gestion de laboratoire qui permet d'enregistrer toutes les demandes d'analyses ainsi que leurs résultats. Pratiquement, voici le circuit d'une demande d'analyse est le suivant :

· enregistrement de la demande et des données démographiques (sexe et âge) dans HEXAFLUX par une secrétaire ;

· prélèvements des échantillons et transfert au laboratoire : le LCR est prélevé par les cliniciens et acheminé rapidement au Laboratoire de Bactériologie ;

· les cahiers sont édités au laboratoire en fonction de la nature de l'échantillon. A la fin de l'analyse, le résultat est reporté sur la feuille de paillasse ;

· les résultats de l'analyse sont saisis dans HEXAFLUX par le biologiste et rendus au clinicien.

HEXAFLUX est un logiciel d'enregistrement des données et d'étude épidémiologique. La partie épidémiologique permet de programmer des fonctions, de constituer une bibliothèque de requêtes, d'extraire les données, de les formater et les imprimer.

2.1 EXTRACTION DES DONNEES

Plusieurs étapes sont nécessaires pour extraire des données à l'aide d'HEXAFLUX. Il faut commencer par écrire une requête correspondant à la demande recherchée. L'accès à la fenêtre d'édition des requêtes se fait à l'aide de la commande REQ, ensuite s'en suit la rédaction de la requête et l'enregistrement sous un nom. Dans le cas des examens du LCR, la requête est présente dans la bibliothèque des requêtes sous la dénomination'' LCR `'.

La commande EXTRACT permet l'accès à la fenêtre d'extraction des requêtes. Apres le choix de la requête à utiliser, du fichier d'entrée et de la saisie des paramètres de lancement (code de l'analyse, valeur limite du résultat), le fichier de sortie doit être nommé. Dans le cas précis des examens du LCR, le code de l'analyse est ANAL1 (répertorié dans les données archivées). La valeur limite du résultat consistait justement à fixer la période le long de laquelle l'on veut extraire les données. Le fichier de sortie a été nommé `'données du LCR 0608'. Tous les dossiers des examens des patients du C.P.C entre 2006 et 2008 ont constitué le champ de la recherche.

2.2 FORMATAGE DES DONNEES

Le formatage des données permet de préciser le nombre de variables à extraire et le format du fichier de sortie. Ce fichier peut être imprimé ou stocké dans un fichier exportable vers la station épidémiologique.

Au cours du formatage, les lignes ont été définies comme des observations et les colonnes comme des variables. Les variables extraites sont le numéro de la demande, le nom du patient, le prénom du patient, l'âge et le sexe du patient, la numération des germes et les résultats de la culture des germes. Ces données ont été imprimées. Une première analyse a permis de sélectionner les numéros des examens du LCR dans lesquels avaient été isolés des germes responsables de la méningite diagnostiquée. Les duplicata de ces résultats positifs ont été imprimés et enregistrés en alphanumérique.

Pour faciliter l'exploitation de ces données, nous avons codifié ces dernières en format numérique à l'aide du logiciel SPSS.

Chapitre 3 : ANALYSE DES RESULTATS DES EXAMENS DU L.C.R AU CENTRE PASTEUR DU CAMEROUN

1. CARACTERISTIQUES DES PATIENTS

De 2006 à 2008, 1923 demandes de diagnostic de méningite à partir du LCR sont parvenus au laboratoire de Bactériologie du CPC dont 778 en 2006, 674 en 2007 et 471 en 2008. Le tableau 1 présente le nombre de demandes reçues par mois et la proportion de cas de méningite bactérienne correspondant. Au total 98 sur les 1923 analyses avaient un résultat positif (présence de méningite bactérienne). La proportion de cas positif est passée de 5,53 % en 2006 à 6,37% en 2008.

Tableau 1: Répartition mensuelle du nombre de demandes d'analyses du LCR et proportion de résultats positifs.

année	2006		2007		2008		Total
mois	demande d'examen	méningite bactérienne (%)	demande d'examen	méningite bactérienne (%)	demande d'examen	méningite bactérienne (%)	demande d'examen	méningite bactérienne (%)
janvier	110	6,36	99	4,04	42	7,14	251	5,58
février	42	7,14	123	1,63	36	8,33	201	3,98
mars	66	6,06	97	5,15	48	10,42	211	6,64
avril	54	7,41	7	14,29	40	2,50	101	5,94
mai	61	3,28	22	0,00	38	5,26	121	3,31
juin	67	1,49	87	0,00	29	0,00	183	0,55
juillet	55	1,82	35	8,57	42	2,38	132	3,79
août	49	6,12	34	5,88	39	2,56	122	4,92
septembre	61	4,92	43	2,33	34	2,94	138	3,62
octobre	71	4,23	36	0,00	30	6,67	137	3,65
novembre	73	8,22	47	12,77	40	12,50	160	10,63
décembre	69	8,70	44	2,27	53	11,32	166	7,83
Total	778	5,53	674	3,71	471	6,37	1923	5,10

1.1 EVOLUTION DE CAS DE MENINGITES OBSERVES AU CPC ENTRE 2006 ET 2008

De manière spécifique, il est question de décrire la structure de l'évolution de cas de méningites bactériennes isolés au CPC au cours de la dite période et d'essayer d'en dégager d'éventuelles composantes.

Figure 1: Cas de méningites bactériennes isolés au CPC entre janvier 2006 et décembre 2008

On constate que les cas de méningites bactériennes isolés au CPC ne suivent pas de tendance particulière. Cette série évolue de façon accidentée entre les valeurs 0 et 7. En effet, de 7 cas en janvier 2006, elle était de 6 observations en décembre 2008. Pendant trois années consécutives, les cas de méningites isolés ont atteint des valeurs minimales autour du mois de juin. A première vue, la chronique semble ne pas présenter de mouvement saisonnier.

1.2 CARACTERISTIQUES DEMOGRAPHIQUES DE CAS POSITIFS DU LCR

Le suivi du traitement des personnes souffrant de la méningite exige dans certains cas graves de reprendre l'examen du LCR après deux semaines de traitements ; cette situation fait que l'on enregistre les mêmes personnes deux fois dans la base de données. Apres suppression de ces doublons et des observations (âge et sexe) non remplies, le nombre d'examens est passé de 1923 à 1642. C'est donc ce dernier fichier qui va faire l'objet des analyses selon l'âge et le sexe des patients. La répartition des germes isolés selon les caractéristiques démographiques des malades peut nous renseigner sur les risques associés à la méningite.

Sur les 1642 demandes d'examens patients ayant fourni des renseignements sur leurs âge et sexe, environ 8,4 % souffraient de méningite. Le nombre de cas de méningite a été légèrement plus important chez les femmes que chez les hommes (respectivement 71 et 67). Pour ce qui est de l'âge, le plus grand de méningite a été observé chez les patients de 0 à 2 ans (58 cas sur 138). Le groupe de patients âgés a connu le plus bas nombre de cas de méningite.

Tableau 2: Répartition du nombre de cas de méningites selon le sexe et la tranche d'âge

		de 0 à 2 ans	3 à 5 ans	6 à 14 ans	15 à 24 ans	25 à 44 ans	45 à 64 ans	65 et plus	Total
2006	homme	11	1	2	1	10	7	1	33
	femme	13	3	1	1	8	4	0	30

2007	homme	8	1	3	0	3	3	0	18
	femme	5	1	5	0	5	0	0	16

2008	homme	10	0	2	1	2	1	0	16
	femme	11	1	2	2	9	0	0	25

Total	homme	29	2	7	2	15	11	1	67
	femme	29	5	8	3	22	4	0	71

Le tableau suivant donne la répartition de proportion de cas positifs par catégorie d'âge. A travers lui, on peut constater que ce sont les patients âgés de 25 à 44 ans qui avaient la plus grande proportion de méningite (environ 16,22 % dont 15,35% de méningites à cryptocoque). A propos de la méningite bactérienne, la plus grande proportion de cas positifs avait été observé chez les individus de la classe 6 à 14 ans (environ 12,9 %).

Classe d'âge	méningite bactérienne (%)	méningite à cryptocoque(%)	Méningite (%)
0 à 2 ans	6,80	0,11	6,92

3 à 5 ans	3,03	0	3,03

6 à 14 ans	12,09	0	12,09

15 à 24 ans	3,12	4,68	7,81

25 à 44 ans	0,87	15,35	16,22

45 à 64 ans	0,77	10,85	11,62

65 et plus	3,57	0	3,57

Total	5,17	3,22	8,40

En prenant en compte le sexe du patients, il semble que les femmes sont plus touchées par la méningite que les hommes et cela quelque soit le type de méningite (bactérienne ou à cryptocoque).

Tableau 4: Proportion de cas positifs d'analyse du LCR selon le sexe du patient

2. ETIOLOGIE DES MENINGITES

A propos des 153 cas de méningites (bactériennes ou à cryptocoque) observés entre 2006 et 2008 au CPC, environ 28 % sont causées par le Streptococcus pneumonaie contre environ 35 % par le cryptococcus néoformans. L'Haemophilus influenzae et le Streptococcus pneumonaie sont responsables d'environ 67 % de cas de méningites bactériennes observées au CPC (voir tableau suivant). Ce pourcentage est presque le même au cours des 3 années.

Tableau 5: Répartition des germes isolés dans le LCR au CPC entre 2006 et 2008

Type de méningite	nature du germe isolé	2006	2007	2008	Total
méningite bactérienne	Streptococcus pneumonaie	17	15	12	44
	Haemophilus influenzae	9	2	11	22
	Neisseria meningitidis	2	0	2	4
	Salmonella species	1	1	0	2
	Klebsiella pneumonaie	3	0	0	3
	Salmonella tryphimurium	3	2	0	5
	Streptococcus agalactiae	8	4	3	15
	Escherichia coli	0	0	2	2
	Enterobacter aerogenes	0	1	0	1
	Total	43	25	30	98
méningite à cryptocoque	Cryptococcus neoformans	28	11	15	54
	Candida species	1	0	0	1
	Total	29	11	15	55

Environ 11 espèces responsables de la méningite (bactérienne ou à champignons) ont été isolés au CPC entre 2006 et 2008. Il est question de repartir ces germes selon le sexe et l'âge des personnes souffrant de méningites.

Les germes les plus isolés sont : Cryptococcus néoformans (35,29 % chez les hommes et 40,84 % chez les femmes), les Streptococcus pneumonaie (22,05 % chez les hommes et 33,8 % chez les femmes), les Haemophilus influenzae (13,23 % chez les hommes et 14,08 % chez les femmes), les Streptococcus agalactiae (11,76 % chez les hommes et 5,63 % chez les femmes). Chez les hommes, les méningocoques (Neisseria meningitidis) généralement responsables d'épidémies n'ont été isolé que 4,41 % des cas (voir figure suivante).

Figure 2: Répartition des isolements de germes responsables de méningites selon le sexe du patient

En tenant compte de l'âge des malades, on constate que les germes (responsables de la méningite) les plus isolés chez les nouveau-nés sont : les Streptococcus agalactiae (63,6 %), les Escherichia coli (18,2 %), les Streptococcus pneumonaie (9 %) et les Klebsiella pneumonaie (9 %). Chez les petits enfants (1 à 24 mois), les germes les plus isolés sont : les Streptococcus pneumonaie (41,4 %), les Haemophylus influenzae (27,6 %) et les Streptococcus agalactiae (13,8 %). Pour ce qui est patients souffrant de la méningite et âgés de 2 ans et plus, les germes les plus isolés sont les Cryptococcus néoformans (63,4 %) et les Streptococcus pneumonaie (22 %).

Figure 3: Répartition des isolements de germes responsables de la méningite selon l'âge des patients

3 RESISTANCE DES PRINCIPAUX GERMES AUX ANTIBIOTIQUES

Les streptococcus pneumonaie, les Haemophilus influenzae et les Cryptococcus néoformans sont les principaux germes isolés au CPC entre 2006 et 2008. Les Streptococcus pneumonaie et l'influenzae sont des bactéries et sont testés avec des antibiotiques alors que le Cryptococcus neoformans est un champignon et sera soumis à l'action des antifongiques.

Resistance de la Streptococcus pneumonaie : Il ressort de l'analyse des antibiogrammes que ces germes sont toutes sensibles à la Cefotaxime (100 %) et à la ceftriaxone (100 %). La sensibilité à l'amoxicilline est également très élevée.

Résistance de l'Haemophylus influenzae : L'Haemophylus influenzae est complément sensible à la Cefotaxime et la Ceftriaxone (100 % respectivement), très sensible à la Gentamicine (86,4 %) et l'Amoxicilline + ac clavu (81,8 %). Cette bactérie est très résistante à la Cotrimoxazole (94,7 %), l'Amoxicilline (86,4 %), la Chloramphénicol (61,9 %) et la Cefalotine (61,5 %).

Résistance de la Cryptococcus neoformans : Le Cryptococcus néoformans est sensible à la Miconazole (100 %), la Ketoconazole (100 %) et la Nystatine.

DISCUSSION

Les demandes d'examens du LCR sont en nette baisse depuis 2006. Elles sont passées de 778 en 2006 à 471 en 2008. Le nombre de cas observés de méningite bactérienne est également en baisse (elle est passée de 43 en 2006 à 30 en 2008). On pourrait donc penser que l'incidence de la maladie est décroissance à Yaoundé. Cependant, il faudrait centraliser tous les cas observés partout ailleurs pour avoir la confirmation.

Les cas de méningites bactériennes observées au CPC entre 2006 et 2008 connaissent des pics pendant la période allant de décembre à février. Cette période correspond habituellement à la saison sèche à Yaoundé. Aussi, on pourrait penser que le climat chaud est un facteur de risque de méningites bactériennes. D'ailleurs la plupart des pays faisant partie de la `'ceinture africaine de la méningite'' ont un climat sec le long de l'année.

La proportion de cas observés de méningite bactérienne par année est passée de 5,53% en 2006 à 6,37% en 2007 en passant par un creux en 2007.

Le Streptococcus pneumonaie et l'Haemophilus influenzae ont été plus isolés. Cette situation réconforte toute la littérature sur l'étiologie de la méningite bactérienne.

Le Streptococcus agalactiae qui est une bactérie commensale des voies génitales féminines a été majoritairement à hauteur de 63% chez les nouveau-nés (moins d'un moins) souffrant de la méningite. En effet, lorsqu'il y'a déséquilibre de la flore vaginale féminine, il peut y'avoir une multiplication abondantes des bactéries qui deviennent des pathogènes opportunistes. Chez la femme, à partir du troisième de grossesse, la recherche du Streptococcus agalactiae est obligatoire. Si la bactérie n'est pas détectée et l'infection traitée, le nouveau-né s'infectera au moment de l'accouchement et, il fera dans les 3 premiers jours de la vie une méningite à Streptococcus agalactiae.

L'Haemophilus influenzae représente environ 23% des germes isolés chez les enfants de 1 à 24 mois. Ce taux est tout de même élevé compte tenue du fait qu'un vaccin contre ce germe figure ans le programme de vaccination au Cameroun.

Le Cryptococcus neoformans représente respectivement 40 et 35% de germes observés chez les hommes et les femmes. D'après la littérature, ce champignon est généralement isolé chez les immunodéprimés notamment les personnes infectées par le VIH. En plus du fait que le Cryptococcus neoformans représente 60% des germes isolés chez les patients de plus de 2 ans.

Le méningocoque généralement ciblé pendant les épidémies de méningite n'est apparu que 4 fois en 3 années d'observations. Il n'ya donc pas d'alerte d'épidémie de méningocoque à Yaoundé et ses environs.

Les résultats des antibiogrammes montrent une faible activité (sensibilité située à 60%) de la pénicilline G face aux Streptococcus pneumonaie alors que cet antibiotique est généralement recommandé dans le traitement de méningite à Streptococcus pneumonaie. Pour ce qui est de l'Haemophilus influenzae, l'activité du cefotaxime est relativement faible (environ 30 %).

CONCLUSION

L'objectif principal de notre étude était d'analyser la distribution des étiologies de méningites bactériennes et les profils de résistance des bactéries responsables de méningites.

Les germes étudiés ont été isolés chez des hommes et des femmes qui se sont présentés au CPC entre 2006 et 2008 pour un examen du liquide céphalorachidien.

Il ressort de l'analyse de ces données qu'en moyenne 33 cas de méningites bactériennes sont observés par année au CPC. La répartition de ces cas est sensiblement la même dans les hommes et les femmes. Les nourrissons (0 à 2 ans) représentent environ 42% de cas de méningites observés. En termes de proportion, les enfants de 6 à 14 ans semblent être les plus touchés par la méningite bactérienne (environ 12 %), suivis de ceux de 0 à 2 ans.

Le Streptococcus pneumonaie représente 44 % des germes responsables de la méningite bactérienne, suivis de l'Haemophilus influenzae (22 %).

Parmi les antibiotiques testés sur les streptococcus pneumonaie et le Streptococcus pneumonaie et l'Haemophilus influenzae, la ceftriaxone a montré une excellente activité sur ces souches.

Ainsi, pour l'application des recommandations suivantes pourra améliorer l'efficacité de l'antibiothérapie :

· le ceftriaxone est l'antibiotique à conseiller en première intention pour le traitement empirique des méningites bactériennes causées par le Streptococcus pneumonaie ou l'Haemophilus influenzae ;

· le chloramphénicol, la gentamicine et la pénicilline G sont à déconseiller au traitement empirique des méningites à Streptococcus pneumonaie ;

· l'amoxicilline, la cotrimoxazole et la cefotaxime sont à déconseiller pour le traitement empirique des méningites à Haemophilus influenzae.

REFERENCE BIBLIOGRAPHIQUE

Alonso JM. Rapport d'activité de l'unité Neisseria pour l'année 2004. http://www.pasteur.fr/recherche/RAR/RAR2004/Neisseria

Association médicale canadienne (Ed) ,2004. Grand public, Maladies-Méningite, Amc. Ca. www.cma.ca

Durand ML, Calderwood SB, Weber DJ et al, 1993. Acute bacterial meningitis in adults. A review of 493 episodes. N. Eng J Med

FONKOUA et al, 2001. Les méningites d'étiologie bactérienne à Yaoundé (Cameroun) en 1999-2000

Mayo Foundation for Medical Education and Research (Ed), 2004. Disease and Conditions Meningitis, Mayo clinic.com. www.mayo.clinc.com.

SIME et al, 1996. Les méningites purulentes de l'enfant au nord Cameroun: aspects cliniques, bactériologiques et thérapeutiques. Médecine d'Afrique noire

* ³ L'essentiel des statistiques contenues dans ce chapitre sont tirés du site de l'OMS que voici : http://www.who.int/mediacentre/factsheets/fs141/fr/

* ⁵ On doit porter attention aux signes d'irritabilité chez les enfants trop jeunes

* ⁷ Recommandations de l'OMS ; voir http://www.who.int/mediacentre/factsheets/fs141/fr/

* ⁸ Action d'introduire des micro-organismes dans un milieu de culture pour les faire proliférer.

* ⁹ Elle est fonction de la morphologie des micro-organismes mis en évidence par l'examen microscopique après coloration du Gram et éventuellement d'antigènes solubles.

* ¹⁰ Procédure qui consiste à compter le nombre de leucocytes par mm³contenus dans le LCR.