Annexe 3 : Scripts des analyses des analyses de survie
sur R 3.0.3
######################## STATISTIQUES DESCRIPTIVES
#########################
surv<-read.table("survie.boureima.txt",header=T,dec=",")
summary(surv)
attach(surv)
table(jour.post.traitement)
surv2<-subset(surv,mort==1)
summary(surv2)
attach(surv2)
tapply(jour,traitement,mean)
######################## COURBES DE SURVIE
#################################
library(survival)
attach(surv)
model<-survfit(Surv(jour,mort)--traitement)
plot(model,ylab="indice de
survie",xlab="jour",col=c("blue","red"),axes=F)
box()
axis(1,at=c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15),label=c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15))
axis(2,las=1)
legend("topright",c("Témoins",
"Traitées"),col=c("blue","red"),bty="n",lty=c(1,1))
library(ggplot2)
none <- element_blank()
ggplot(surv,aes(x=jour.post.traitement,y=jour,fill=traitement,colour=traitement))+coord_cartesian()+stat_smoot
h()+theme(panel.grid.major = none,panel.grid.minor = none)+
theme(panel.background = none) + theme(panel.border = none) + theme(axis.line =
element_line(colour = "grey50"))
####################### ANALYSE STATISTIQUES ####
mod1<-coxph(Surv(jour,mort)--traitement*jour.post.traitement)
summary(mod1)
mod2<-coxph(Surv(jour,mort)--traitement)
summary(mod2)
####################### TEST DE WILCOXSON ######
library(survival)
attach(surv)
survdiff(Surv(jour.post.emergence,mort==1)--traitement,rho=1)
E
Annexe 4 : Résumé du test t de Student
sur les variables de fécondité
|
Tests t
Effets significatifs marqués à p <
0,05
Groupe 1: Témoins Groupe 2: Traitées
|
|
Moyenne
Témoins
|
Moyenne
Traitées
|
Valeur t
|
p
|
Ecart-type
Témoins
|
Ecart-type
Traitées
|
|
Taux de ponte (%)
|
91,679
|
91,486
|
0,066
|
0,948
|
6,364
|
6,085
|
|
Taux de pupes mal
formées (%)
|
00
|
00
|
-
|
|
00
|
00
|
|
Taux d'avortons (%)
|
00
|
0,132
|
-1
|
0,332
|
00
|
0,397
|
|
Poids oyen d'une
pupe (mg)
|
24,625
|
24,717
|
-0,824
|
0,422
|
0,493
|
0,682
|
|
Taux de pupes au
poids < 25 mg
|
46,647
|
44,940
|
0,421
|
0,680
|
5,851
|
10,669
|
|
Taux de pupes au
poids = 25 mg
|
14,652
|
13,954
|
0,418
|
0,682
|
3,940
|
3,109
|
|
Taux de pupes au
poids > 25 mg
|
38,701
|
41,238
|
-0,565
|
0,580
|
7,571
|
11,133
|
|
Taux d'éclosions (%)
|
98,545
|
98,773
|
-0,334
|
0,743
|
1,508
|
1,380
|
F
Annexe 5 : Fiches de collecte des données Fiche 1
: suivi de la survie (1er test)
|
ANIMAL N°..... LACHER N°
CAPTURE : GORGEES = .... NON GORGEES = ...
|
|
Traitement
|
Date de suivi
|
Jour post traitement
|
Nombre de morts
|
Nombre de vivants
|
Nombre de gorgées mortes
|
Nombre de non gorgées mortes
|
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|
Fiche 2 : suivi de la survie
(2ème test)
Date d?émergence : Effectif initial des
émergences : ...
|
Date de suivi
|
Jour post émergence
|
Traitement
|
Nombre de morts
|
Nombre de vivants
|
G
Fiche 3 : suivi des pontes Pontes de la colonie
.....
Date d'accouplement : ....
Identités des boeufs : Témoins = ... ;
Traités = ...
|
Date de suivi
|
Effectif
|
Traitement
|
Ordre de pontes
|
Nombre de pupes pondues
|
Nombre de pupes mal formées
|
Nombre d'avortons
|
|
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|
|
Fiche 4 : suivi des émergences Emergences
de la colonie ....
Date d'accouplement : ....
Identités des boeufs : Témoins = ... ;
Traitées = ... Ordre de ponte : ...
Nombre initial de pupes : témoins = ... ; traitées
= ...
|
Date
émergence
|
Effectif des
pupes
|
Traitement
|
Nombre de pupes
écloses/émergences
|
Nombre de pupes
non écloses
|
|
|
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|
H
Fiche 5 : suivi des pesées
Date de pesée :
Colonie : .
Traitement :
Ordre de pontes : .
|
N°
|
Poids individuel (mg)
|
Nombre de pupes par classe de poids
|
Poids moyen
d?une pupe
|
|
? 25 mg
|
= 25 mg
|
> 25 mg
|
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