Evaluation du statut oxydant chez les patients atteints de covid-19

CHAPITRE 1 : COVIDE-19

5 Structure

Le coronavirus est enveloppé par un virus à ARN simple brin. Ils ont la particularité d'avoir l'ARN le plus long de tous les virus à ARN, constitué de 27 000 à 32 000 bases. Ce génome est limité en 5' et polyadénylé en 3'.Les coronavirus sont des virus globulaires, d'une taille d'environ 100 nm, avec une bicouche lipidique dans laquelle diverses protéines sont attachées. Tout comme l'ADN génomique présent dans le noyau de nos cellules, l'ARN génomique du coronavirus porte les informations nécessaires à la production de nouveaux virions. Plus de dix trames de lecture composent la propagation. Deux ORF, appelés ORF1a et ORF1b (figure2), forment un tiers de ce génome, codent deux polyprotéines, pp1a et pp1b. Ces deux ORF ont un codon de début et de fin unique. Par conséquent, ils ne forment qu'une seule et unique lecture. La biosynthèse des deux polyprotéines est rendue possible par une modification du cadre de lecture induite par un secondaire spécifique de l'ARN génomique, un pseudo-noeud, qui induit la fracturation inverse d'une base sur le ribosome. Pp1a et pp1ab sont des précurseurs de 15 à 16 protéines structurales, dites non structurales protéines(nsp), qui seront produites par auto-clivage des deux précurseurs(Redha, 2020).

Figure 2: structure du génome des coronavirus(Segondy, 2020)

Les autres glycoprotéines d'enveloppe sont les protéines M, E et pour les coronavirus du groupe 2, l'hémagglutinine estérase HE. La capside virale est de symétrie hélicoïdale, elle est constituée de la protéine N, qui est étroitement liée à l'ARN génomique. La protéine S est une glycoprotéine membranaire de ce type organisée en triplets et constituée de sous-unités appelées S1 et S2. La protéine S joue un rôle primordial dans les phases du cycle viral : elle est responsable des virions atteignant les cellules cibles par sa sous-unité et détermine en grande partie la nutrition des tissus de l'hôte et des fantômes.il est également responsable de la fusion membranaire par la sous-unité S2. De plus, c'est une cible majeure des systèmes immunitaires cellulaires et humoraux, et induit la formation d'anticorps (Vabret et al., 2009).

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