Conception d'idéotypes de tomate adaptés au stress hydrique.

Université Montpellier 2 Faculté des Sciences et Techniques Département Informatique Bât 16, RC Place Eugène Bataillon 34095 Montpellier cedex 05

MASTER 2 INFORMATIQUE

Spécialité-MOCA : Modélisation, Optimisation, Combinatoire, Algorithme Année universitaire 2013-2014

RAPPORT DE STAGE

Effectué à :

INRA UR 1115 Plantes et systèmes de culture Horticoles Domaine St Paul, 84914 Montfavet cedex 9

Du 10 Mars 2014 au 31 août 2014
Sous le thème :

Conception d'idéotypes de tomate

adaptés au stress hydrique

Par:

Ould Mohamed Abdellahi Cheikh Mehdi

Devant le jury : Maître de stage : Mme. Bertin NADIA Tuteur universitaire : M. Rodolphe GIROUDEAU Rapporteur: M. Philippe JANSSEN

Soutenu à Montpellier le 05/09/2014

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Table des matières

1	Introduction 1.1 Problématique ................................. 1.2 Présentation de l'entreprise .......................... 1.3 Contexte général du stage .......................... 1.3.1 Les données observées ........................ 1.3.2 Présentation du modèle ....................... 1.3.3 L'objectif: ajustement des paramètres génotype-dépendants . . .			10 10 11 12 12 12 14
2	Méthodologie			17
	2.1		L'optimisation mono-objectif .........................	17
			2.1.1 Construction de la fonction objectif .................	17
	2.2		L'optimisation multi-objectif .........................	18
			2.2.1 Construction des fonctions multi-objectif à minimiser .......	19
	2.3		NSGA-II ....................................	19
			2.3.1 Notion de domination et le front de Pareto ............	19
			2.3.2 Historique ...............................	20
			2.3.3 Le principe de la distance de Crowding ...............	20
			2.3.4 Les différentes étapes de NSGA-II ..................	21
	2.4		La somme pondérée ..............................	23
			2.4.1 Utilisation de la somme pondérée ..................	25
	2.5		Utilisation de NSGA-II ............................	25
			2.5.1 La recherche du meilleur compromis sur le front de Pareto . . .	26
			2.5.1.1 Tracer le front de Pareto pour les meilleurs compromis .	26
			2.5.1.2 Critère de sélection par la distance minimale .......	27
			2.5.1.3 Critère de sélection par la distance maximale ......	27
			2.5.1.4 Critère de sélection par seuil ................	29
3	Les résultats sur les génotypes			30
	3.1		Les résultats d'ajustement indépendant ...................	31
	3.2		Les résultats d'ajustement parallèle .....................	41
	3.3		Analyse de la variabilité des paramètres ...................	46
			3.3.1 L'analyse avec la fonction pairs ...................	46
			3.3.2 L'analyse avec ACP ..........................	46
			3.3.3 Le critère de décision sur une corrélation forte ...........	47
			3.3.4 Analyser sur six paramètres .....................	47
	3.4		Les résultats finaux ..............................	48

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5	Synthèse de la solution apportée Conclusions		62 65
	5.1	Résultats obtenus ...............................	65
	5.2	Difficultés rencontrées ............................	65
	5.3	Apports ....................................	65
		5.3.1 Pour l'entreprise ...........................	65
		5.3.2 Apport personnel ...........................	66
6	Bibliographie		67
	6.1	Références bibliographiques .........................	67
	6.2	Webographies .................................	68

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