1.3.3 L'objectif: ajustement des paramètres
génotype-dépendants
Pour que le modèle simule correctement
l'évolution au cours du temps des deux variables MF et MS, il est
nécessaire d'ajuster huit paramètres ayant un fort impact sur ces
variables. On considère que ces paramètres sont génotype
dépendants, mais ne dépendent pas de l'environnement. Pour un
même génotype, les plants en condition témoin et
stressé partagent les mêmes valeurs de paramètres (voir la
Figure1.3). Le travail du stage va donc consister dans un
premier temps à ajuster ces paramètres pour un génotype
quelconque dans chacune des conditions (témoin ou stress hydrique) pour
simuler le mieux possible l'évolution mesurée au cours du temps
de la matière fraîche et de la matière sèche. La
Figure1.4 montre un exemple où la valeur des
paramètres ne permet pas une simulation correcte de la dynamique de
croissance du fruit. Cette question sera appelée "ajustement
indépendant", dans le sens où pour un même
génotype, les paramètres peuvent être différents
dans les 2 conditions de culture. Dans un deuxième temps, on cherchera
à ajuster les paramètres d'un génotype dans les deux
conditions simultanément,
c'est-à-dire que la valeur des paramètres sera
identique dans les 2 conditions de culture. On parlera dans cette étape
"d'ajustement parallèle".
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FIGURE 1.3 L'évolution de MFpred et de MSpred pour le
génotype SSD45.
Si on résume, les objectifs du stage sont les trois points
suivants :
i) Recalibrer le modèle de croissance du fruit existant
(Liu et al. 2007) sur la population de lignées recombinantes et
éventuellement le modifier pour qu'il soit capable de prédire les
effets du stress hydrique :
- Faire l'ajustement indépendant sur huit
génotypes de la population.
- Faire l'ajustement parallèle sur huit génotypes
de la population.
ii) Analyser la variabilité génétique des
paramètres du modèle.
iii) Proposer au final la meilleur combinaison de
paramètres permettant d'avoir le meilleur ajustement parallèle
par génotype pour toute la population.
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FIGURE 1.4 Illustration du problème sur un
génotype dans une condition donnée.
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