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Construction d'un modèle prédictif basé sur le réseau de neurones profond pour la détection de cancer de la peau


par Eddy MUTOMBO SHANGA
Institut supérieur et pédagogique de Mbanza-Ngungu - Licence 2022
  

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Épigraphe

C'est bien de travailler dur mais il faut le faire intelligemment pour ne pas s'épuiser avant d'atteindre l'objectif.

William Sinclair M.

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J

e dédie ce modeste travail à mon cher père SHANGA KAPINGA Denis. Que j'aime plus que tout au monde. A lui je dois toute ma vie et toutes mes réussites, car sans lui je ne serais pas arrivé jusqu'ici. J'espère rester toujours fidèle aux valeurs morales qu'il m'a apprises.

A ma défunte chère mère DIMUKA NGULUBI Mélanie. Aucun mot ne saurait exprimer mon immense amour, mon estime, ma profonde affection et ma reconnaissance pour tous les sacrifices qu'elle a consenti pour mon bonheur et ma réussite.

A toi mon épouse UKOLAMA MUTOMBO Kevine et à mon fils chéri SHANGA MUTOMBO Ethan pour la force, la motivation, la patience et l'amour qu'ils me procurent.

Eddy MUTOMBO SHANGA

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Remerciements

N

ous remercions le Dieu Tout - Puissant de nous avoir donné le courage, la volonté, la force et la patience afin de parvenir à élaborer ce modeste travail.

Nous tenons à remercier sincèrement notre encadreur le Professeur Ruffin-Benoît NGOIE MPOY pour avoir accepté de diriger ce travail et de nous avoir accompagné tout au long de sa réalisation avec beaucoup d'intérêt et de disponibilité ainsi que pour tout le soutien, l'aide, l'orientation, la guidance et ses encouragements qu'il nous a apportés et d'avoir mis son expérience à notre profit dans son encadrement.

Nous souhaitons adresser nos remerciements les plus sincères aux personnes qui nous ont apporté leur aide et qui ont contribué à l'élaboration de ce mémoire ainsi qu'à la réussite de cette formidable année académique.

Nos remerciements s'adressent aussi aux membres du jury qui ont eu la tâche d'évaluer ce modeste travail pour le raffiner.

Finalement, nous adressons aussi nos remerciements sincères à nos familles, nos soeurs et frères et à nos amis.

P a g e | iv

Sigles et abréviations

ABCD : Asymmetry Border Irregulatity Colour and Dermoscopic

structure.

API : Application Programming Interface (Interface de

Programmation d'Application).

BD : Base de Données.

BIG-DATA : Donnes très Volumineux.

CASH : Combined Algorithm Selection and Hyperparameter.

CNN : Réseaux Neuronaux Convolutionnels.

CNTK : Microsoft Cognitive Toolkit.

CPU : Central Processing Unit.

DAO : Diagnostic Assisté par Ordinateur.

DATA-SET : Jeu de Données

DNN : Deep Neural Network (Réseau de Neurones Profond).

ELU : Exponential Linear Unit (Unité Linéaire Exponentielle).

FCRN : Neonatal Fc Receptor.

GAC : Contour Actif Géodesique.

HCA : Analyse de Classification Hiérarchique.

IA : Intelligence Artificielle.

ISIC : International Strandard Industrial Classification.

ML : Machine Learning (Apprentissage Automatique).

MLP (PMC) : Multi Layer Perceptron (Perceptron Multi Couche)

MVS OU SMM : Machine Vector Support (Machines à Vecteurs Supports).

OMS : Organisation Mondiale de la Santé.

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ONEIROS : Open-ended Neuro-Electronic Intelligent Robot Operating

System.

PCA : Analyse des Composants Principaux.

RELU : Rectified Linear Unit (Unité Linéaire Rectifiée).

RGB : Red Green and Blue.

RNN : Réseaux Neuronaux Récurrents.

ROI : Région d'Intérêt.

SVM : Support Vector Machine (Séparateurs à vaste marge).

TDNN : Time Delay Neural NetWork (Réseau de Neurones à Retard

Temporel).

TDS : Total Dermoscopic Score.

UV : Ultra-Violets.

XGBOOST : eXtreme Gradient Boosting.

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Liste des figures

Figure 1. Apprentissage supervisé. 17

Figure 2. Neurone biologique et neurone artificiel. 18

Figure 3. Apprentissage non supervisé. 19

Figure 4. Apprentissage par renforcement. 20

Figure 5. Les approches et les algorithmes de l'apprentissage automatique. 21

Figure 6. Le choix de l'algorithme d'apprentissage selon certains facteurs. 21

Figure 7. Les sous-bronches de l'intelligence artificiel. 27

Figure 8. Un perceptron multicouche. 27

Figure 9. Les différentes aires du cortex visuel. 32

Figure 10. Structure générale d'un CNN. 33

Figure 11. L'architecture des réseaux de neurones convolutifs. 33

Figure 12. Opération convolutive sur une image. 34

Figure 13. Représentation générale des cartes de caractéristiques. 35

Figure 14. Convolution sur une histologie. 35

Figure 15. Dimensions d'une image et des cartes de caractéristiques. 36

Figure 16. Exemple applicatif des différents Pooling. 37

Figure 17. Résultat de différents Pooling sur une histologie. 38

Figure 18. Stride(ligne,colone). 38

Figure 19. Exemple de dépassement d'une image par un filtre. 39

Figure 20. Exemple de filtre passant par un pixel. 39

Figure 21. Exemple applicatif d'un Padding-Same. 40

Figure 22. Opération convolutive sans Relu. 41

Figure 23. Opération convolutive avec Relu. 41

Figure 24. Architecture générale d'un CNN. 42

Figure 25. Reconnaissance d'une image avec CNN. 43

Figure 26. Types des mélanomes (a) superficiel extensif, (b) nodulaire, (c) lentigo

et (d) acral. 45

Figure 27. Dermoscope. 47

Figure 28. Schéma bloc d'un DAO. 47

Figure 29. Segmentation d'une lésion : a) illustration de ROI, b) masque de la

lésion. 48
Figure 30. Échantillon des lésions bénignes et malignes de la base des images

dermoscopiques PH2. 52

Figure 31. Interface de Jupyter Notebook (source Jupyter) 57

Figure 32. Logo de l'IDE Spyder. 58

Figure 33. Logo de Framework FLASK 58

Figure 34. Différents types des graines de beauté de mélanome. 62

Figure 35. Importation bibliothèques. 63

Figure 36. Chargement des données à partir du Dataset. 64

Figure 37. Chargement des données pour cas exemple. 64

P a g e | vii

Figure 38. Mise à l'échelle des données. 64

Figure 39. Augmentation des données. 65

Figure 40. Implémentation CNN. 65

Figure 41. Implémentation de la compilation du modèle. 66

Figure 42. Entraînement de la solution finale. 66

Figure 43. Résultat de l'entrainement du modèle. 67

Figure 44. Perte et précision de données. 67

Figure 45. Enregistrement du modèle (CNN). 68

Figure 46. Résultats d'un cas testé via le modèle. 68

Figure 47. Module de prédiction pour l'API. 69

Figure 48. Le logo de l'API. 69

Figure 49. Démarrage de l'API. 70

Figure 50. Interface graphique de prédiction. 70

Figure 51. Exploration des images. 71

Figure 52. Interface de prédiction à l'état prêt. 71

Figure 53. Résultat du diagnostic via l'API. 72

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Liste des tableaux

Tableau 1 : Comparaison entre l'apprentissage automatique et l'apprentissage en

profondeur. 29

P a g e | ix

Table des matières

Épigraphe i

Remerciements iii

Sigles et abréviations iv

Liste des figures vi

Liste des tableaux viii

Table des matières ix

INTRODUCTION GENERALE 12

1. Contexte et Motivation. 12

2. Méthode et Organisation du travail. 14

Chapitre premier : Apprentissage automatique & Apprentissage profond. 15

1.1. Introduction. 15

1.2. L'apprentissage automatique Machine Learning. 15

1.2.1. Définitions et types d'apprentissage automatique. 15

1.3. Le choix d'un type d'apprentissage automatique. 21

1.4. Champs industriels d'apprentissage automatique. 22

1.4.1. La reconnaissance de forme. 22

1.4.2. La fouille de données ou datamining. 22

1.4.3. Caractéristique d'apprentissage automatique. 23

1.4.4. Tache d'apprentissage. 24

1.4.5. L'espace des données d'apprentissage. 25

1.5. De l'apprentissage automatique à l'apprentissage en profondeur. 25

1.6. L'apprentissage en profondeur « Deep Learning ». 26

1.6.1. Définitions et les architectures d'apprentissage en profondeur. 26

1.7. Comparaison entre l'apprentissage automatique et l'apprentissage en

profondeur. 29

Conclusion partielle. 30

Chapitre deuxième : Réseau des neurones à convolution (CNN). 31

2.1. Introduction. 31

2.2. Motivations des réseaux de neurones convolutifs. 31

2.3. Le cortex visuel. 32

2.4. CNN et structure générale. 32

2.5. CNNs et fonctionnement. 33

P a g e | x

2.5.1. Les filtres (Kernel). 34

2.5.2. Cartes de caractéristiques. 34

2.5.3. Profondeur de l'image et des filtres. 35

2.5.4. Le Pooling. 36

2.5.5. Le Stride. 38

2.5.6. Le zero-Padding. 39

2.5.7. Padding-valid, Padding-Same. 40

2.6. Fonction Relu. 40

2.7. Couche de Correction (RELU). 41

2.8. Couche entièrement connectée (FC). 41

2.9. Couche de perte (LOSS). 42

2.10. Deep Neural Network (DNN) final. 42

2.11. Structure générale d'un CNN. 42

2.12. L'application des réseaux neuronaux convolutifs. 42

2.13. Avantages de CNNs. 43

Conclusion partielle. 44

Chapitre troisième : État de l'art sur les méthodes de segmentation & de

classification d'images. 45

3.1. Introduction. 45

3.2. Le mélanome. 45

3.2.1. Facteurs de risques. 46

3.2.2. Développement du mélanome. 46

3.2.3. Détection et traitement du mélanome. 46

3.2.4. Diagnostic assisté par ordinateur. 47

3.3. Segmentation des lésions cutanées. 48

3.3.1. Segmentation basée clustering. 48

3.3.2. Segmentation basée C-moyennes floues (FCM). 49

3.3.3. Segmentation basée K-means. 49

3.3.4. Segmentation basée sur les réseaux neuronaux convolutifs. 50

3.4. Classification des lésions cutanées. 52

Conclusion partielle. 55

Chapitre quatrième : Implémentation & interprétation des résultats. 56

4.1. Introduction. 56

P a i e | xi

4.2. Les outils et les détails d'implémentation. 56

4.2.1. Environnement de développement. 56

4.2.2. Langage de programmation. 60

4.3. Présentation du problème. 61

4.3.1. Aperçu général sur le cancer de la peau. 62

4.3.2. Information sur les données. 63

4.3.3. Implémentation du cas en Python. 63

4.4. L'exploitation de modèle (Déploiement). 69

4.4.1. Quelques codes sources de déploiement de l'API PrediCancerPeau

avec Flask. 72

Conclusion partielle. 74

CONCLUSION GENERALE 75

Bibliographies : 76

Webographie : 79

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"I don't believe we shall ever have a good money again before we take the thing out of the hand of governments. We can't take it violently, out of the hands of governments, all we can do is by some sly roundabout way introduce something that they can't stop ..."   Friedrich Hayek (1899-1992) en 1984