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Modélisation spatiale hiérarchique bayésienne de l'apparentement génétique et de l'héritabilité en milieu naturel à  l'aide de marqueurs moléculaires

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par Ciré Elimane SALL
Université Montpellier II - Doctorat 2009
  

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Université Montpellier II
Sciences et Techniques du Languedoc

THÈSE

pour obtenir le grade de

DOCTEUR DE L'UNIVERSITÉ MONTPELLIER II

Discipline : Biostatistique
Ecole doctorale : Information, Structures, Systèmes

présentée et soutenue publiquement
le 22 Octobre 2009
par

Ciré Elimane SALL

Modélisation spatiale hiérarchique

bayésienne de l'apparentement

génétique et de l'héritabilité en milieu

naturel à l'aide de marqueurs

moléculaires

Composition du jury:

M.

Jean-Noël Bacro

Université Montpellier II

Président du jury

Mme

Sophie Gerber

INRA

Rapporteur

Mme

Brigitte Mangin

INRA

Rapporteur

M.

Olivier Hardy

Université Libre de Bruxelles

Examinateur

M.

Ali Gannoun

CNAM

Directeur de thèse

M.

Frédéric Mortier

CIRAD

Co-directeur de thèse

Remerciements

Ce travail de thèse s'est inscrit dans le cadre d'une collaboration scientifique entre l'ISRA, Institut Sénégalais de Recherches Agricoles, et le CIRAD, Centre de coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement. Il a été principalement réalisé au sein de l'Unité de Recherche 39 "Diversité génétique et amélioration des espèces forestières" du CIRAD. Pour mener ce travail à terme, j'ai bénéficié de l'appui d'un certain nombre de personnes à qui je souhaiterai témoigner toute ma gratitude.

Je voudrai, tout d'abord, remercier les membres de mon jury de thèse qui ont bien voulu juger ce travail. Je remercie vivement Frédéric Mortier qui a encadré avec enthousiasme et générosité ce travail. Je tiens à lui témoigner toute ma reconnaissance et toute ma gratitude pour son investissement personnel dans l'aboutissement de cette thèse. Merci Fred. Ces années de thèse ont été très enrichissantes pour moi et j'espère que j'aurai l'opportunité de collaborer avec toi sur d'autres projets. Je remercie Ali Gannoun pour avoir bien voulu accepter d'être mon directeur de thèse. Sophie Gerber et Brigitte Mangin ont accepté d'être les rapporteurs de mon jury de thèse. Je les remercie pour leurs remarques et suggestions constructives qui ont permis d'améliorer sensiblement une version antérieure de ce manuscrit. Je remercie Olivier Hardy pour avoir bien voulu examiner ce travail et Jean-Noël Bacro pour avoir accepté de présider mon jury de thèse.

Je remercie également les membres de mon comité de thèse. Philippe Letourmy a suivi mon travail de thèse avec beaucoup d'intérêt. Il est, en outre, à l'origine du projet de thèse. Je lui témoigne içi toute ma reconnaissance. Catherine Trottier a, à chaque fois, épluché avec beaucoup de rigueur le document de travail remis lors de la réunion de mon comité de thèse. Ses observations et remarques ont permis d'améliorer considérablement ces documents. Merci pour les remarques avisées et l'intérêt manifesté à l'égard de ce travail. Je remercie Avner Bar-Hen, Marie-Pierre Etienne et Frédéric Hospital pour leurs critiques constructives et leurs encouragements. J'ai bien apprécié l'humilité dont ils ont fait montre.

J'ai partagé, durant ces années de préparation de ma thèse, le bureau avec

Pierrette Chagneau. Nous nous sommes, je l'espère, soutenus mutuellement. A mes moments de doute ou de déprime, je savais que je pouvais toujours compter sur une oreille attentive. Merci Pierrette pour les multiples coups de main. Merci aussi pour avoir souvent accepté, dans la joie et la bonne humeur, d'être mon chauffeur. Bonne chance pour la suite et attention à tes rotules.

Je remercie Philippe Vigneron qui s'est beaucoup intéressé à l'avancée de mon travail de thèse. Je n'oublierai pas les moments de pause studieuse durant lesquels Philippe me faisait souvent bénéficier, avec une générosité manifeste, de son savoir et de son expérience dans le domaine de la génétique des populations. Vivien Rossi m'a apporté son appui pour la définition du modèle spatial hiérarchique bayésien pour l'apparentement. Il a aussi relu de manière approfondie une version antérieure de ce manuscrit. Je lui en suis très reconnaissant. Jean-Marc Bouvet m'a accueilli au sein de l'Unité de Recherche 39 "Diversité génétique et amélioration des espèces forestières". Je le remercie d'avoir bien voulu m'accueillir dans cette unité de recherche et de m'avoir fourni les données utilisées pour l'application pratique de ce travail. Roselyne Lannes s'est occupée, avec gentillesse, de la gestion administrative de mes séjours au CIRAD. Je tiens à lui exprimer ma profonde gratitude.

Mes parents m'ont élevé dans un environnement propice aux études et m'ont encouragé à poursuivre mes études. Merci papa. Maman, "ô ma mère, toi qui me portas sur le dos, toi qui m'allaitas, toi qui gouvernas mes premiers pas, toi qui la première m'ouvris les yeux aux prodiges de la terre", merci. Je remercie mes frères et soeurs qui m'ont fortement soutenu avant et durant la préparation de cette thèse.

Je remercie enfin Papa Abdoulaye Seck, ancien Directeur Général de l'ISRA, et Taïb Diouf, actuel Directeur Général de l'ISRA, pour m'avoir encouragé à préparer une thèse et avoir facilité, de manière pratique, cette préparation.

Ce travail de thèse a été financé grâce à une bourse d'étude accordée par le Ministère français des Affaires Etrangères et un appui complémentaire conséquent du CIRAD (DESI et UR 39).

A mes parents

A mes frères et soeurs

A mon défunt tonton, Lassana SYLLA

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Rassembler les contraires c est creer l harmonie