Memoire Online - Le niveau de contamination microbienne du couvoir et son influence sur la qualité du poussin dans la filière chair

gallinarum ») et à l'émergence des cas en santé publique « Salmonella enterica enteritidis » (Korsan et al., 2004 ; Chalghoumi et al., 2008 et Pieskus et al., 2008). Il s'agit de la première cause de toxi-infection d'origine alimentaire avec l'apparition de salmonelles multi résistantes aux antibiotiques comme Salmonella enterica thyphimurium DT104 (Picoux, 2004 ; Clavijo et al., 2006 ; Musgrove et al., 2006 ; Musgrove et al., 2008). Ceci place les salmonelles en tête du tableau des microorganismes pathogènes dans la filière avicole d'autant plus que ces bactéries ont un large pouvoir de diffusion dans l'environnement. Une évaluation des risques, effectuée par la F.A.O et par l'O.M.S (2002 et 2007), a fait ressortir qu'il existe une relation linéaire entre l'incidence des salmonelles transmises par les volailles et la prévalence de Salmonella observée chez cette espèce, et que la réduction de moitié de la prévalence de Salmonella chez la volaille devrait faire chuter de 50% l'incidence des salmonelloses humaines.

Les salmonelles sont des entérobactéries appartenant à la famille des Enterobacteriaceae : ce sont des bacilles droits, gram négatif, qui mesurent 2.0 à 5 micromètres de long pour 0.7 à 1.5 micromètres de large, oxydase négative, anaérobies facultatives, douées de mobilité grâce aux flagelles sauf pour Salmonella pullorum gallinarum (immobile), produisant des acides et des gaz à partir du glucose, n'utilisent pas les citrates comme source de carbone et se multiplient aux températures ambiantes (8-45°C) avec un optimum à 35-37°C .

Selon la dernière classification de l'O.I.E (2005), le genre Salmonella comprend deux espèces (Salmonella enterica avec 06 sous espèces, dont enterica est la plus fréquemment impliquée dans les infections mixtes humaines et animales, et Salmonella bongori) (annexe 3) et quelque deux mille cinq cent serovars. Un classement en nette coordination avec le schéma de KAUFFMAN-WHITE ; diversification basée sur les modifications des antigènes somatiques « O » (de nature lipoplysaccharidique), capsulaires « K » « Vi » (glycolipides) et flagellaires protéiques « H ».

Cette classification récente a aussi conduit à une nomenclature plus courte : à titre d'exemple Salmonella thyphimurium au lieu de Salmonella enterica subsp enterica serovar thyphimurium.

Les colibacilles considérés comme bactéries pathogènes secondaires « agents de
surinfection » (Nakamura et al, 1992) restent la principale cause d'énormes pertes

économiques en élevage aviaire (Edens et al., 1997 ; Stordeur et Mainil, 2002 ; Manil, 2003b et 2004). La fréquence des infections bactériennes à Escherichia coli place cette pathologie en tête de liste des pathologies dominantes en élevage avicole, essentiellement celui du poulet de chair (Zahraei-Salehi et al., 2006) surtout avec l'émergence de nouveaux sérotypes « non typables »( Edens et al., 1997 ) à coté des sérotypes déjà identifiés comme hautement pathogènes pour l'espèce (O1K1 ,O2K1 , O78K80) ainsi que d'autres sérotypes représentés de manière significative (O8 , O5 , O18 , O35 , O88 , O1O9 , O115 et O116) (Dho-Moulin et al., 1990 ; Dho-Moulin, 1993; Dho-Moulin et Fairbrother, 1999 ; Joerger et Ross, 2005) .

Les souches d'Escherichia coli pathogènes aviaires (APEC) font partie du groupe pathogène extra-intestinal (ExPEC), qui est associé aux infections respiratoires et à la septicémie chez la volaille (Caza et al., 2008). Ces souches présentent de plus en plus de problèmes d'antibiorésistance (Miranda et al., 2008).

Si la transmission se fait , surtout, par voie respiratoire (10⁶ colibaciles par gramme de poussière présente dans l'environnement des volailles), y compris les sérotypes identiques à ceux trouvés dans les lésions (Gross, 1994), le véhicule des APEC via l'oeuf est aussi fréquent et se fait essentiellement à la faveur d'une contamination fécale de la surface de l'oeuf lors de l'oviposition avec une dissémination rapide à l'ensemble du lot lors de l'éclosion ( Jordan et Pattison, 1996 ; Dho-Moulin et Fairbrother, 1999). L'expression de la maladie due aux différents sérotypes d'APEC est variable en fonction de l'âge des poulets.

Signant une infection du sac vitellin et une omphalite. La mort survient juste avant l'éclosion lorsqu'il s'agit d'une mortalité embryonnaire et sur les poussins âgés de moins d'une semaine. Si les animaux échappent à la mort, la réduction du GMQ reste la seule manifestation (Jordan et Pattison, 1996).

Observés chez des oiseaux âgés de plus de deux semaines avec des pertes importantes vers 4-9 semaines (Edens et al., 1997 ; Dho-Moulin et Fairbrother, 1999) C'est l'expression principale de la pathologie colibacillaire avec un taux de mortalité pouvant atteindre 30-50 % mais les pertes économiques les plus significatives sont dues aux saisies d'abattoir et la forte réduction de la croissance (Yogaratnam, 1995).

La cellulite périorbitaire est une infection à Escherichia coli qui est le plus souvent une infection secondaire causée par des agents prédisposant généralement viraux ou suite à des agressions chimiques « taux d'ammoniac élevé » (White et al, 1990) et si la morbidité est faible la mortalité le plus souvent l'ultime évolution (Parriera et al., 1998).

L'ovarite salpingite est d'évolution le plus souvent chronique, faisant suite à une atteinte du sac aérien abdominal gauche « propagation par contigüité » (Gross, 1994).

C'est une cellulite de la région abdominale ventrale et sous les cuisses motivant

Granulome à Escherichia coli « HJARRE'S disease » C'est une coligranulomatose de faible fréquence.

Ces APEC sont des bacilles à extrémité arrondie, asporulés, gram négatif, mobiles, aérobies appartenant à la famille des Enterobacteriaceae, genre Escherichia qui pendant très longtemps ne renfermait qu'une seule espèce E. coli à laquelle sont venues s'ajouter d'autres espèces selon Euzebi (2004): E. blattae (1973), E. ermanii(1982), E. vulneris (1982), E. fergusonii (1985). De plus, et selon les critères modernes de taxonomie bactérienne, les genres Shigella et Escherichia sont identiques et les quatre espèces du genre Shigella devraient être inclues dans le genre Escherichia.

Les maladies aviaires causées par les mycoplasmes entrainent des mortalités embryonnaires et engendrent de lourdes pertes économiques dues essentiellement à des retards de croissance avec un indice de consommation élevé et à des saisies multiples au niveau des abattoirs, même si les différents programmes de prophylaxies ont contribué à une diminution de l'intensité de la maladie notamment les programmes d'éradication dans les cheptels reproducteurs (Kempf, 2006 ; Gautier et al., 2008 ).

La dissémination des mycoplasmes se fait verticalement par l'oeuf suite à la contamination de l'oviducte « M. meleagridis et M. iowae » ou par contigüité de l'oviducte aux sacs aériens contaminés « M. gallisepticum et M. synoviae » (Mac Owan et al., 1984 et Kempf, 1997) et horizontalement par voie respiratoire et/ou conjonctivale lors du contact direct entre les animaux ou indirectement par le biais des différents supports contaminés.

Après adhésion des mycoplasmes aux cellules épithéliales par l'intermédiaire de cellules spécialisées (Lee et al., 2008) et une période d'incubation en général de 1-3 semaines, l'expression clinique est très variable, et est fonction de l'espèce, de la virulence de la souche, de l'environnement « stress-surinfections » (Kempf, 1997). Les colibacilles semblent jouer un rôle important dans l'aggravation du taux de mortalité.

La maladie respiratoire chronique chez le poulet et la sinusite infectieuse chez la dinde sont provoquées par M. gallisepticum avec des lésions inflammatoires catarrhales des voies respiratoires supérieures, des bronches et des sacs aériens (Kempf, 1997 ; Gautier et al., 2008) avec une sensibilité plus marquée chez les jeunes.

La synovite infectieuse « articulations des ailes et des pates » est l'oeuvre de M. synoviae avec boiterie (Kempf, 2006) et une diminution des performances zootechniques de la pondeuse. La morbidité est extrêmement élevée « 90-100% » mais la mortalité reste faible bien que les pertes économiques dues aux saisies d'abattoir restent importantes (Kempf, 2006). Le poulet âgé de 4-12 semaines et le dindon de 10-20 semaines sont les plus vulnérables.

L'ostéomyélite déformante des vertèbres cervicales, due à M. meleagridis chez la dinde sont à l'origine du torticolis (Kempf ,2006) et les infections des voies respiratoires supérieures restent le plus souvent d'évolution subclinique et on constate la chute de l'éclosabilité et un retard de croissance des petits « turkey syndrom 65 ».

La mortalité embryonnaire tardive comme seule manifestation clinique (Kleven, 2003) est la réponse à une infection à M. iowae. Les mycoplasmes sont des bactéries de petite taille, génome très réduit, ne possédant pas de paroi d'où leur résistance aux betas lactamines mais sensibles à une large gamme d'antibiotique essentiellement les fluoroquinolones. Les

désinfectants usuels sont très efficaces sur les différentes espèces de mycoplasmes qui sont très nombreuses et de pathogènecité variables (Kleven, 2003_a) dont les plus importantes de l'espèce aviaire sont M. gallisepticum, M. synoviae, M. meleagridis (spécifique à la dinde) et M. iowae.

Bien que considérés comme fragiles dans le milieu extérieur ils peuvent survivre pendant plusieurs jours à température ambiante.

1.2.2 GERMES OPPORTUNISTES

A coté de la gamme des microorganismes hautement pathogènes et spécifiques ou non à l'espèce aviaire on dénombre une multitude de bactéries dites opportunistes et invasives. Ces microorganismes peuvent avoir des conséquences fâcheuses en élevage et sur la santé publique.

Campylobacter jejuni est une espèce bactérienne zoonotique (WHO, 2000) qui prend une importance de plus en plus croissante chez l'homme en matière de T.I.A.C « gastro-entérites sporadique les plus sévères » après les salmonelles (Wilson et al., 2008 ; Colles et al., 2008 et Picoux, 2004). C'est un hôte naturel du tube digestif des oiseaux, en particulier du poulet, du bétail et du mouton. 97% des cas de maladies humaines sont attribuées aux animaux « viandes et volailles » ou la fréquence de la campylobactériose humaine coïncide avec l'augmentation de la contamination des carcasses de volaille avec Campylobacter jejuni, impliquant la chaine alimentaire surtout avec les nouvelles méthodes de cuisson « microonde » où le poulet prend une place très significative (Picoux , 2004 ; Wilson et al., 2008 ) (figure 3). L'environnement et les animaux sauvages sont impliqués à 3%, seulement (Wilson et al., 2008).

Campylobacter est une bactérie définie comme un genre appartenant à la famille des Campylobacteriaceae englobant 16 espèces dont l'espèce jejuni est la plus redoutée, à-côté d'autres espèces dites thermo tolérantes « C. coli et C. lari » (Afssa, 2006), bactérie spiralée, incurvée, Gram^-, micro aérobie, mobile grâce à leurs flagelles (1-2) polaires, mésophile adaptée à la vie dans le mucus du tube digestif de l'homme et des animaux y compris les oiseaux et n'utilisant pas le sucre.

Figure 3 : Les proportions estim ées d		e campylobactériose humaine attribuée a ux a	nimaux et

à l'en viro	nnement (WILSON et al, 2008)

Ce sont des germes opportuni stes communs à l'homme et aux animaux p ouv ant causer d'énormes pertes économiqu es dans l'industrie des volailles (Zhou e t a l., 2007), particulièrement dans la filière pou let de chair entre 6-12 semaines d'âge. Prof itant de la rupture de l'intégrité tégumen taire pour envahir différentes parties de l'o rga nisme du poulet, les Staphylocoques se man ifestent surtout à la faveur d'une hygiène dé fectueuse sous forme d'omphalite, de der mit e, d'abcès, d'arthrite septique et même d e la septicémie (Villate, 2001 et Zhou et al., 2007).

En dépit d'une antibiothérap ie efficace, les mortalités liées aux com plic ations de Staphylococcus aureus peuvent être considérables (Nawaz et al., 1999) et at teind re 3-20 % (Zhou, 2007). En élevage avicole , les arthrites de ces Coccis, peuvent servir d e mo dèle pour l'étude de maladies humaines, v ues leur similitude (Alderson et al., 1986).

Les staphylocoques appartienn ent à la famille des Micrococcaceae, Gram⁺ , a naérobies aérobies facultatifs, 0.5-1 um de dia mètre (Devriese et al., 2005), fermentent le gl ucose sans produire de gaz, transforment le nit rate en nitrite, asporulés et on en dénom bre 3 5 espèces (Afssa, 2006). Le critère de leu r cla ssification est la production de coagulas e qu e seuls S. aureus, S. hyicus et S. intermedius Produisent.

L'importance de la présence des entérocoques et surtout liée à leur pou voir émergent
comme agents pathogènes nos ocom iales dans les deux dernières décennie s, do ués d'une

antibiorésistance d'autant plus que la fréquence d'infection par ces germes est en croissance continue et se distinguent des streptocoques par leur capacité de se multiplier à une température de 10-45°C et à pH égale à 9,6.

Les streptocoques, notamment du groupe D de Lancefield, sont des germes de sortie qui signent une mauvaise désinfection ou un nettoyage inefficace du matériel et des bâtiments (Villate, 2001) ainsi que de la qualité de l'eau utilisée (Villate, 2001).

Pseudomonas aeruginosa est un élément normal de la flore digestive et cutanée, germe tellurique et ubiquiste et suite à de lourdes fautes hygiéniques il peut être la cause des infections vitellines et de septicémies (Villate, 2001).

P. aeruginosa, bacille le plus commun du groupe Pseudomonas, famille des Pseudomonadaceae, est mobile grâce à son flagelle simple, Gram^- et aérobie stricte.

Le niveau de contamination microbienne du couvoir et son influence sur la qualité du poussin dans la filière chair

1.2 MICROFLORE DOMINANTE DE L'ENVIRONNEMENT D'UN COUVOIR

1.2.2 GERMES OPPORTUNISTES