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Rapport de stage en bactériologie clinique, infectiologie et hygiène hospitaliere aux cliniques universitaires Saint-Luc de l'université catholique de Louvain


par John KIVUKUTO L. MUTENDELA
Université catholique de Louvain - FMC (Formation Médicale Continue) 2003
  

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Chap. II. SYNTHESE D'ACTIVITES .

II.1. Stage en Microbiologie clinique :

a) Généralités :

Le travail a lieu tous les jours ouvrables de 8h30 à 17h00 avec une pause à midi. Le Laboratoire reçoit non seulement les échantillons des malades soignés aux Cliniques, mais également ceux provenant d'autres hôpitaux ou cliniques du réseau.

Ces différents produits biologiques sont dispatchés dans les unités du département à partir du Centre de Tri Laboratoire (CTL). C'est là que les secrétaires du laboratoire de Microbiologie et Hygiène Hospitalière récupèrent ces produits et les demandes d'analyses ; puis elles procèdent à l'encodage des données de patients dans le réseau informatique pour l'émission des feuilles de travail journalier du laboratoire. C'est après ceci, que les échantillons arrivent définitivement dans les différents secteurs du Laboratoire.

Chaque secteur a un technologue titulaire par an, mais des rotations régulières sont organisées de sorte que chacun d'entre eux soit à mesure de gérer convenablement les différents secteurs. Ainsi, les technologues de laboratoire sont les premiers interlocuteurs des stagiaires et l'esprit pédagogique que j'ai rencontré en tous restera gravé dans ma mémoire à jamais. En plus, pour des questions ou échanges scientifiques dont la portée s'avérait du domaine médical ou spécialisé, je m'adressai soit aux assistants ou bien simplement aux médecins biologistes du service, qui sont restés pour moi d'une disponibilité, d'une convivialité et une humilité exemplaires.

Le Chef de Laboratoire supervise en permanence toutes les activités du jour.

Il est à noter que les gardes de nuit au Laboratoire sont assurés par les seuls assistants polyvalents sous la supervision d'un spécialiste-biologiste.

b) Déroulement :

Il m'est impossible de résumer ici toute l'organisation et les protocoles de travail en

Microbiologie aux Cliniques St-Luc. Il existe dans le Service, des procédures agréées, que chaque stagiaire est autorisé à photocopier pour lui-même .

Ainsi, je reviendrai simplement sur quelques aspects de ma collaboration aux techniques microbiologiques de base, et cela sans être exhaustif .

Normalement, l'isolement ou l'ensemencement des échantillons de bactériologie se fait rarement sur un seul milieu de culture (sauf pour la mise en culture d'urines sur milieu chromogène CPS*) dans la perspective de récupérer chaque pathogène éventuel. Les identifications et antibiogrammes se font soit par galeries automatisées (Phoenix*), soit par galeries des tests biochimiques validées, utilisations de disques d'identification, des milieux sélectifs, etc.

Ø Synthèse de participation aux activités de `Microbiologie clinique' :

Ceci concerne ma collaboration aux différentes activités dans les différents secteurs du Laboratoire, situé à l'étage -1, couloir G8, excepté la cuisine et le laboratoire de Sérologie.

C'était l'occasion pour moi :

- de me rendre compte des modalités de conservation des échantillons bactériologiques,

- de participer à l'ensemencement des différents produits biologiques,

- de connaître les différents milieux couramment utilisés dans le service ainsi que les conditions d'incubation de boites ensemencées ou des Hémocultures (Bactec*)

- de connaître les bactéries saprophytes et pathogènes couramment rencontrées en fonction du site de prélèvement.

- d'approfondir la lecture visuelle des cultures bactériennes positives ou négatives, de connaître les clés d'identification des bactéries pathogènes (soit par galeries automatiques : Phoenix*, soit par des tests biochimiques), et de réaliser si nécessaire des antibiogrammes, soit par la méthode traditionnelle de diffusion de disques sur milieux gélosés à lire sur SIR SCAN* ou bien sur galeries automatiques.

- de collaborer aux déterminations de CMI par Epsilomètres.

- de savoir les modalités de mise en évidence de différents mécanismes de résistance de certaines bactéries : MRSA, VRE, BLSE, béta-lactamase, Cefinase,...

- de travailler au laboratoire de Mycobacteries (confinement L3) : examens directs, décontamination des échantillons, cultures en automate et sur milieux solides ; et antibiogrammes de mycobactéries.

- d'avoir une vision sommaire sur la culture, l'identification des champignons d'intérêt médical (levures, moisissures et dermatophytes) et la réalisation d'antifongigramme. Aussi, une vue d'ensemble de l'isolement, identification et antibiogramme de bactéries anaérobies.

- d'apprendre la mise en culture de Cathéters et l'interprétation de résultats (technique de MAKI).

- de passer en revue la mise en évidence de certains parasites : Isospora belli, Cryptosporidium parvum, Crochets d'Ecchinococcus granulosus, ...

- d'être informé de quelques modalités de la validation de résultats microbiologiques.

Ø Laboratoire d'Hygiène Hospitalière :

Les activités d'Hygiène Hospitalière sont nombreuses, nécessitant souvent un budget ou bien simplement un changement (pas aisé) des attitudes antérieures dans les unités de soins. Parmi ces activités, j'ai pris part à :

- L'analyse bactériologique des prélèvements biologiques d'unités des soins aseptiques

(frottis de gorge ou de nez, selles, urines, lait maternel).

- L'examen des prélèvements de surface ou fluides (eau de la piscine hospitalière, etc.) soit dans le cadre de contrôle de stérilité ou bien d'investigation d'une épidémie hospitalière.

- Le contrôle des procédures de stérilisation par Autoclaves et Poupinnels au sein des Cliniques (utilisation des préparations de Bacillus subtilis ou stéarothermophilus de la Firme 3M.).

- Suivi d'infections à germes résistants isolés au Laboratoire de routine ( relevé, mise en alerte, rappels de mesures d'Hygiène, décontamination...) tels que les MRSA, les entérobactéries BLSE, les non fermentants multi- résistants (Acinetobacter). Les cas d'infection à Clostridium difficile sont mis en alerte à la Tour Claude Bernard.

- Surveillance des septicémies sur Cathéters.

- Collection des souches multirésistantes, transmission de souches suspectes d'épidémies nosocomiales pour génotypage, et les comparer entre elles ou bien aux souches de référence.

- Entretien avec le Médecin hygiéniste sur l'élimination de déchets en milieu hospitalier, mettant l'accent sur le tri de déchets et l'importance de l'incinérateur.

Ø Visite au Laboratoire de Mont-Godine :

Sur proposition de Monsieur R. Fiasse (projet endoscopie à Bukavu), le contact avait

été pris aux Cliniques Universitaires de l'UCL à Mont-Godine, auprès du Pr Y. Glupczynski ; et où Théophile M. et moi, étions partis en date du 20 janvier 2004 pour une journée de travail.

C'était spécialement pour nous rendre compte des conditions d'isolément,

identification et antibiogramme d'Helicobacter pylori ; et surtout, apprendre la réalisation du test à l'Uréase sur biopsies, envisageable à Bukavu (à coupler à l'anatomie-pathologique).

Enfin, j'y ai été sensibilisé sur la pathologie de ce germe (gastrites, ulcère gastro-duodénal et cancer de l'estomac) ainsi que sa sensibilité aux antibiotiques (résistance élevée au Métronidazole dans les Pays en développement). Le Pr Glupczynski nous avait offert entre autres, 2 exemplaires de sa thèse d'agrégation en Médecine dont une partie des recherches avaient été effectuées à Lwiro (RD Congo).

Ø Stage à la Tour Claude-Bernard :

Parmi tant d'autres activités organisées dans cette unité, j'ai pu collaborer à :

- La mise en culture des échantillons des selles pour l'isolement de Clostridium difficile.

- La recherche des toxines A ( par un test rapide en 30 min. )et B de Clostridium difficile.

- Le génotypage de bactéries par la technique de PFGE (Electrophorèse en champs pulsé) dont les photos sont analysées par un logiciel informatique (Gel Compare II).

- Milieu utilisé : CCFA (Cyclostatine, Céfotaxime, Fructose-Agar), boîte à incuber en anaérobiose après y avoir fait une encoche.

- Manipulation de l'Anoxomat ( connecté à une bonbonne de gaz : 10 % C02 + 80 % N2 + 10 % H2), même appareil est utilisé au -1 pour la microaérophilie et anaérobiose.

- Conditions de culture des cellules humaines HELA (Henriette Lack) pour la mise en évidence de l'effet cytopathogène de la toxine B.

- Lecture des colonies de Cl. difficile à la loupe binoculaire (mates, grosses : 3 à 15 mm, dorées, plates, limites irrégulières, trame en verre brisé et sans halo jaune), ainsi que de l'effet cytopathogène de la toxine B.

II. 2. Stage en Maladies Infectieuses:

Cette expérience a été également enrichissante pour moi. Encore une fois, c'était l'occasion de se rendre compte que le dialogue entre le Laboratoire et les cliniciens reste très utile.

J'y ai participé :

- aux échanges sur les modalités pratiques de prescription, administration et surveillance du traitement aux antirétroviraux,

- à l'interprétation de différents résultats paracliniques,

- aux avis sur l'antibiothérapie en fonction de l'antibiogramme ou des germes suspectés.

- aux visites à quelques patients de l'Unité 44.

II.3. Formation théorique :

Mon stage a été complété par une formation théorique satisfaisante . En effet, j'ai suivi des cours théoriques d'Hygiène Hospitalière (45 heures) et de complément de Microbiologie (25 heures). J'ai également participé aux séminaires d'Hygiène Hospitalière, Biologie clinique, Microbiologie et maladies infectieuses. Par ailleurs, une documentation personnelle (d'environ 250) faite d'une bonne dizaine de livres neufs de Microbiologie, Hygiène Hospitalière et Maladies Infectieuses m'a été offerte.

II.4. Divers :

- Ce stage m'a permis également de me rendre compte de l'utilité de l'outil informatique dans la pratique biologique et clinique. C'est dans ce cadre que j'avais rencontré le responsable du système informatique, dont les conseils pourraient nous aider pour des éventuels projets y relatifs à Bukavu.

- Visite à la stérilisation centrale des Cliniques ainsi qu'au Centre Audio-Visuel.

- Entretien le 31.05.04 avec le Dr Luc BILTERYS de la CND de Tournai sur les projets d'Hygiène Hospitalière à Bukavu.

- Quelques matériels de Laboratoire et réactifs nous ont été offerts à la fin de notre séjour à l'UCL.

- Enfin, il est à noter qu'au Service de Microbiologie, la vie ne s'arrête pas seulement à l'identification de germes. C'est ainsi que nous resterons reconnaissants envers tous pour nous avoir associés à différents Drinks ou Réceptions organisés au cours de la période de notre stage.

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