Objectifs de la thèse
L'objectif principal de cette thèse est de
développer un modèle statistique incorporant des covariables pour
l'estimation conjointe de l'apparentement génétique et de
l'héritabilité des caractères phénotypiques. En
effet, la prise en compte de covariables telle que l'information spatiale
permettrait éventuellement d'améliorer l'estimation de
l'apparentement génétique. Le modèle
statistique développé s'insère dans le
cadre des méthodes de la vraisemblance composite. La prise en compte de
l'information spatiale nous permettra de modéliser l'identité par
descendance avec un modèle linéaire
généralisé et une fonction de lien probit ordinal.
L'intérêt de la prise en compte du spatial en
génétique est que l'on considère que des individus proches
du point de vue spatial sont aussi génétiquement proches.
Organisation du document
Ce manuscrit de thèse est composé de 4
chapitres. L'objectif du chapitre 1 est de développer un modèle
statistique pour l'estimation de l'apparentement en considérant une
covariable. La covariable qui sera considérée est la distance
spatiale entre les individus. Nous proposons, au chapitre 2, un modèle
hiérarchique bayésien pour estimer à la fois
l'apparentement et l'héritabilité en milieu naturel. Les
algorithmes d'inférence bayésienne pour l'estimation des
paramètres génétiques, lorsque le pedigree n'est pas
connu, sont ensuite exposés au chapitre 3. Le chapitre 4 porte sur une
application à des données génétiques et spatiales
sur le karité. Enfin, nous récapitulons, dans la dernière
partie, les propriétés statistiques de l'estimation de
l'apparentement avec co-variables, les résultats obtenus, les
contraintes rencontrées, les problèmes non résolus et nous
donnons les perspectives et pistes de recherche envisagées.
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