3. Phénotypage
Sur rameaux: Les notations ont
été effectuées le 20 mai 2014. Les résultats
obtenus sont exprimés (Annexe II) en terme de :
- Longueur de chancre (lgc) : elle correspond à la zone
de symptômes visibles extérieurement englobant la zone
cicatrisée et le méplat formé par la destruction des
tissus du cambium.
- Longueur de la blessure résultant de l'entaille (lge)
: c'est la partie ouverte au contact de l'air formant une fente plus ou moins
large formée à partir de l'entaille de l'inoculation.
- Longueur de brunissement superficiel (bs) : observée
directement sous l'écorce dans les tissus verts de l'année, elle
est mesurée après élimination de l'écorce.
- Longueur de brunissement interne (bi) : le
décollement profond de l'écorce montre un brunissement des tissus
cambiaux, supérieur ou égal à la longueur de chancre.
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Sur feuilles : Afin de quantifier les
dégâts et le développement de la maladie, une note a
été attribuée à chaque feuille suivant une
échelle d'intensité croissante de dégâts allant de 0
à 5, et correspondant à un pourcentage de surface
nécrosée (Annexe III). Cette notation est complétée
d'une évaluation de la criblure notée de 0 à 3 (Annexe IV)
ainsi que de la taille de la feuille, notée de 1 à 3, qui a
été prise en compte en tant que covariable.
4. Génotypage
La cartographie de QTL (Quantitative Trait Loci) est
fondée sur la recherche systématique de
déséquilibre de liaisons entre locus marqueurs et locus
contrôlant les caractères quantitatifs. Dans cette approche, deux
méthodes de cartographie de QTL ont été utilisées
dans ce travail:
- La cartographie par liaison, qui se base sur deux
populations de cartographie issue des croisements biparentaux : le
génotypage de la population BerBa a été
réalisé en 2014, après un criblage du polymorphisme de 300
marqueurs SSR (Single Sequence Repeat) chez les deux parents à l'UR GAFL
(Avignon), ensuite un génotypage de 72 SSR a été
réalisé par la société ADNiD sur un panel de 87
individus sélectionnés pour représenter la gamme de
symptômes de 2013 et 2014 (Annexe V). Pour la population GoMo, nous nous
sommes appuyés des deux cartes développées au sein du
laboratoire en 2007 et complétées depuis lors. Les cartes
génétiques comportent 129 marqueurs SSR pour Goldrich (480,8 cM)
et 94 pour Moniqui (580,5 cM) répartis sur l'ensemble des 8 groupes de
liaison (Annexe VI).
- La cartographie par association, qui se base sur une
population non structurée d'individus représentatifs de la
diversité génétique de l'espèce, et qui cherche
à déceler une association entre un variant
génétique et la résistance au chancre au sein de la
core-collection.
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