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Développement d'un portail web pour le criblage virtuel sur la grille de calcul


par Farida LOUACHENI
Institut de la Francophonie pour l'Informatique - Master 2 Informatique 2013
  

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20 novembre 2014

Institut de la Francophonie pour l'Informatique

Mémoire de fin d'études pour l'obtention du diplôme de Master II Informatique

Option : Réseaux et Systèmes Communicants

Développement d'un portail web pour le criblage
virtuel sur la grille de calcul

Promotion 17-RSC

Rédigépar :

Louacheni Farida

Sous l'encadrement de :
Dr.Nguyen Hong Quang
Dr.Doan Trung Tung
Dr.Bui The Quang

Remerciements

Ce travail de stage de fin d'études a étéeffectuéau sein du Laboratoire MSI à l'Institut de la Francophonie pour l'Informatique, sous la direction du Docteur Nguyen Hong Quang, auquel je tiens à exprimer ma profonde gratitude, et ma vive reconnaissance pour m'avoir confiéce sujet.

J'adresse mes plus vifs remerciements au Dr.Doan Tung Tung et Dr.Quang Bui The de m'avoir encadréet prodiguémaints conseils. Je suis très reconnaissante à tous les enseignants de l'IFI pour la qualitéde l'enseignement qu'ils nous ont offerts.

Ma reconnaissance infinie à mes très chers parents qui m'ont enseignéla persévérance dans mes études, qui m'ont toujours étéd'un grand secours par leur soutient et leur encouragement, ainsi mes adorables soeurs et mon très cher frère et mon ami Yacine-Malek.

Enfin, un immense merci à mes amis qui m'ont toujours soutenue.

Résumé

À l'heure actuelle, la grille de calcul est en train de devenir une force motrice majeure pour de nouvelles approches pour la collaboration de science à grande échelle. Plusieurs programmes nationaux et internationaux eScience ont favoriséla collaboration entre chercheurs de différents domaines scientifiques.

Dans le domaine biomédicale, plus précisement dans la recherche de nouveaux médicaments pour les maladies infectieuses. La grille de calcul a initiéplusieurs projets à grande échelle dans les approches de criblage de médicaments in-silico. Le projet WISDOM a étéparmi les premiers projets dans le domaine public qui a fait usage de la grille tout en permettant le docking in-silico pour simuler l'in-teraction de médicaments potentiels avec des protéines cibles. Le docking in-silico est la première étape dans le processus de criblage virtuel, il est considérécomme l'une des approches les plus prometteuses afin accélérer et de réduire les coûts de développement de nouveaux médicaments pour les maladies négligées.

Bien que, de nombreuses applications ont étédéveloppées pour permettre le criblage virtuel dont le but d'accélérer le processus de recherche des médicaments. Une barrière critique de ces programmes est leur complexitéen terme d'utilisation et de prévoir des procédures concises pour les utilisateurs réguliers.

L'objectif de ce travail est de développer un portail web conviviale pour effectuer le criblage virtuel, et de déployer un très grand nombre de docking sur la grille de calcul. Pour atteindre ce but, la grille de calcul a étéutilisépour accélérer la recherche et la découverte de nouveaux médicaments in-silico et traitements pour les maladies infectieuses.

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