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Développement d'un portail web pour le criblage virtuel sur la grille de calcul

( Télécharger le fichier original )
par Farida LOUACHENI
Institut de la Francophonie pour l'Informatique - Master 2 Informatique 2013
  

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2.4.2 Conclusion

Comme nous avons mentionnédans la partie de docking, l'amarrage avec AutoDock est une procédéqui comporte plusieurs étapes. Ce qui nécessitera une préparation préalable des fichiers pour le docking. Le processus de docking est un sujet essentiel pour progrésser dans la compréhension des mécanismes d'interaction moléculaires et pour le développement

d'outils prédictifs dans le domaine de la médecine. Dans cette partie, nous avons présentéla procédure du docking avec AutoDock4.2 en utilisant l'outil AutoDockTools, et nous

avons appliquéles étapes de docking sur un exemple concret dans le but de comprendre cette technique. qui va nous aider dans la prochaine phase de lancement des jobs sur la grille de calcul pour faire le docking.

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2.5 Grille de calcul

2.5.1 Introduction

Les chercheurs travaillent sur la compréhension des changements climatiques, les études océanographiques, la surveillance et la modélisation de la pollution environnementale, la science des matériaux, l'étude des procédés de combustion, la conception de médicaments, la simulation des molécules et le traitement de données dans le domaine de la physique des particules. Ils ont étéconfrontés à plusieurs problèmes informatiques, oùils avaient besoin de processeurs plus puissants, de plus grandes capacités de stockage des données, de meilleurs moyens d'analyse et de visualisation. Les récents progrès de la technologie des réseaux très haut débit courtes et longues distances ont rendu possible la construction de systèmes répartis de hautes performances, distribués à l'échelle planétaire dont certains des constituants sont des grappes de PC ou des calculateurs parallèles. Cependant les applications scientifiques parallèles sont par nature gourmandes en ressources de calcul. Il peut être intéressant de chercher à les exécuter dans le cas o'u les ressources locales, cluster de laboratoire, centre de calcul ne suffisent plus. Néanmoins, les ordinateurs d'une entreprise ne travaillent presque jamais à pleine charge. Exploiter chaque seconde de latence permet de dégager de la puissance de calcul, ainsi que des espaces de stockage considérables, le tout pour un coût souvent inférieur à celui d'un investissement pour l'acquisition d'un nouveau matériel. Les technologies de grille de calcul ou »Grid Computing», permettent de mettre en partage, de façon sécurisée, les données et les programmes de multiples ordinateurs, qu'ils soient de bureau, personnels ou super-calculateurs. Ces ressources sont mises en réseau et partagées grâce à des solutions logicielle dédiées [5]. Elles peuvent ainsi générer, à un instant donné, un système virtuel dotéd'une puissance gigantesque de calcul et une capacitéde stockage en rapport pour mener à bien des projets scientifiques ou techniques requérant une grande quantitéde cycles de traitement ou l'accès à de gros volumes de données.

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"Il faut répondre au mal par la rectitude, au bien par le bien."   Confucius