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Développement d'un portail web pour le criblage virtuel sur la grille de calcul

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par Farida LOUACHENI
Institut de la Francophonie pour l'Informatique - Master 2 Informatique 2013
  

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1.3 Plan du mémoire

Ce mémoire sera organiséen 4 parties présentant respectivement : l'état de l'art, implémentation & conception, démonstration & résultats, conclusion & perspectives. Dans la première partie, un état de l'art est présentéqui passe en revue le criblage virtuel, le docking, suivie de l'outil AutoDock. Ensuite nous abordons la technologie de grille de calcul, le portail GVSS et les plate-formes WISDOM qui est déployée dans la découverte de nouveaux médicaments et DIRAC. La deuxième partie du mémoire présente l'implémentation du portail, qui se focalisera sur l'architecture proposée, la conception et l'implémentation du portail. L'avant dernière partie porte sur la démonstration du portail muni des résultats obtenus. À la fin, ce mémoire ce termine par une conclusion générale et quelques perspectives.

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2 État de l'art

Aujourd'hui, les projets scientifiques produisent et analysent une quantitéd'information sans précédent, ce qui nécessite une puissance de calcul jamais vue auparavant. Les leaders dans ce défi de traitement de données sont les expériences du LHC au CERN, qui accumulent des dizaines de pétaoctets de donnés chaque année. Cependant, il se révèle que d'autres domaines scientifiques s'approchent aussi de ces limites. Par conséquent les utilisateurs devons exploiter les ressources disponibles à travers le monde de manière aisée et facile. Plusieurs travaux existent qui illustrent le développement et le déploiement des applications sur l'infrastructure de la grille de calcul, et qui ont montréune utilisation efficace des ressources de cette dernière. Les utilisateurs sont rarement experts en informatique et en grille de calcul. Pour cette raison ils ont besoin d'un moyen qui facilite l'accès aux ressources de la grille dont ils ont besoins d'un coté, et qui cache la complexitéde l'in-frastructure sous-jacente de l'autre coté. Dans cette partie, nous allons décrire en détail la technique du criblage virtuel ainsi l'amarrage »Docking», le principe de la grille de calcul et son rôle dans la découverte de nouveaux médicaments pour les maladies négilgées et dangereuses. Puis, nous présentons le portail GVSS et la plate-forme WISDOM déployer pour accéder aux services de grille de calcul et DIRAC.

· Nomenclature

- Ligand, une structure, généralement une petite molécule qui se lie à un site de liaison.

- Récepteur, une structure, généralement une protéine qui contient le site de liaison actif.

- Site de liaison, zones de protéines actives qui interagissent physiquement avec le ligand pour la formation d'un composé.

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"Il ne faut pas de tout pour faire un monde. Il faut du bonheur et rien d'autre"   Paul Eluard