2.2.3 Les différentes stratégies du
criblage virtuel
Suivant la nature de l'information expérimentale
disponible, on distingue deux approches distinctes pour le criblage virtuel. La
première se base sur la structure de la cible, qui est connue sous le
nom de »structure-based virtual screening», qui rapporte
souvent aux algorithmes de docking protéine-ligand. Elle consiste
à estimer la complémentaritéstruc-turale de chaque
molécule criblée avec le site actif considéré. En
revanche, ces méthodes sont généralement plus
coûteuses en puissance de calcul et leur emploi requiert souvent une
expertise plus importante.
7
La seconde, reposant sur la connaissance d'un nombre suffisant
d'information concernant une ou plusieurs molécules actives de
référence, est appelée »ligand-based virtual
screening». Cette approche est rapide et relativement simple à
mettre en oeuvre, mais son majeur inconvénient est
l'interdépendance envers les informations de référence
utilisées pour construire le modèle de prédiction
d'affinité. Bien que ces deux approches soient surtout utilisées
de manière exclusive, leur combinaison lors du criblage permet de
maximiser les chances de succès pour identifier de nouvelles touches
»hits». Dans le cadre de ce travail, nous utilisons
l'approche »structure-based».
2.2.4 Criblage virtuel à haut débit
La simulation de docking moléculaire est une
procédéutile pour la prédiction des potentiels interaction
des complexes de petite molécule dans des sites de liaison de
protéines, ces informations sont indispensables dans la conception de
médicaments basée sur la structure (SBDD) »Structure
Based Drug Discovery» [4]. Plusieurs programmes de docking, comme
DOCK, GOLD, Autodock, Glide, LigandFit et FlexX, etc se sont montrés
utiles dans le pipeline de la découverte in-silico de
médicaments. La méthode de base derrière la simulation de
docking moléculaire est de générer toutes les
conformations possibles d'une molécule de docking et évaluer
entre eux l'orientation la plus favorable en tant que mode de liaison de la
molécule à l'aide d'une fonction de scoring. Une
recherche exhaustive sur toutes les conformations correctes d'un
composéest un processus qui consomme beaucoup de temps. Par
conséquent, une simulation de docking efficace pour le criblage à
grande échelle à haut débit (HTS) consommera de grandes
ressources informatiques. Il nécessite quelques Tera-flops par
tâche pour effectuer le docking de milliers de composés pour une
protéine cible. Cependant, les outils existants manquent de moyen simple
pour prévoir des procédures de façon concise pour les
utilisateurs régulier afin d'organi-ser les ressources pour mener un
amarrage moléculaires massives. La technologie de la grille commence une
nouvelle ère de criblage virtuel en raison de son efficacitéainsi
que son rapport coût-efficacité. Le coût des tests
in-vitro traditionnelle est généralement très
élevélors du criblage à grande échelle est
menée. Le criblage virtuel fournit aux scientifiques un outil efficace
pour sélectionner les potentiels composés pour les tests
in-vitro. En conséquence, le criblage virtuel à haut
débit pourrait bien économiser énorme somme d'argent
comparant aux tests in-vitro classique.
| 
