III.2- TAXONOMIE POLYPHASIQUE ET PHYLOGENIE DES
RHIZOBIA
III.2.1- Taxonomie polyphasique
Originellement basée sur des critères
phénotypiques, l'application de la terminologie polyphasique va
être révisée grâce à la révolution de
différentes techniques moléculaires dont principalement la
Réaction de Polymérisation en Chaîne ou PCR (MULLIS et
FALOONA, 1987). Ainsi, il fut proposé en 1991 les principes standards
de la description de nouveaux genres ou espèces sur la base de
l'analyse numérique qui est la synthèse des résultats de
différents tests phénotypiques et moléculaires
(GRAHAM et al., 1991). Cette nouvelle définition de l'approche
polyphasique a permis l'étude systématique appropriée de
grands groupes bactériens, l'évaluation de la résolution
taxonomique de différentes techniques d'études de
diversité (VANDAMME et al., 1996) et l'établissement de
bases de données comparables entre différents laboratoires de
microbiologie appliquée (GILLIS et al., 2001).
III.2.2 - Notion de phylogénie chez les Rhizobia
La comparaison des données obtenues sur les souches ou
les espèces bactériennes par différentes approches
moléculaires permet l'identification de groupes ou de taxons. Les
différents taxons obtenus peuvent être comparés et
utilisés pour le traçage de lignées de filiation reconnues
communément sous le nom d'arbre phylogénétique. Ainsi, la
phylogénie peut se définir comme l'histoire évolutive qui
révèle les rapports existants entre un groupe d'organismes avec
un ancêtre situé à un plus haut niveau taxonomique.
De nos jours, les relations phylogénétiques
établies entre les rhizobia sont basées principalement sur la
comparaison des séquences de l'ADN ribosomique 16S (OLSEN et
al., 1994 ; YOUNG et HAUKKA,
1996 ; TEREFEWORK, 2002). Par ailleurs, selon
une analyse phylogénétique basée sur le gène de
l'ARN 16S, les rhizobia sont dispersés dans 12 genres parmi neuf groupes
monophylogénétiques (SAWADA et al., 2003). Tous ces
rhizobia caractérisés sont des bactéries
Gram-négatives, présentes dans le sol et appartenant aux
sous-classes alpha (á) et beta (â) des
Protéobactéries. La plupart des espèces se trouvent dans
la sous-classe á, divisée en sept groupes
monophylogénétiques (Annexe 1)
- Rhizobium et Allorhizobium ;
- Sinorhizobium (et Ensifer) ;
- Mesorhizobium ;
- Bradyrhizobium ;
- Methylobacterium (JAFTHA et al.,
2002 ; SY et al., 2001) ;
- Azorhizobium ;
- Devosia (RIVAS et al., 2002).
Dans la sous classe â, les rhizobia sont présents
dans deux groupes monophylogénétiques suivants :
- Burkholderia (MOULIN et al.,
2001) ;
- Ralstonia (CHEN et al., 2003).
En somme, la taxonomie bactérienne moderne vise
l'intégration de toutes les données phénotypiques,
génotypiques et phylogénétiques pour avoir une
classification plus stable (ZAKHIA et DE LAJUDIE, 2001; VANDAMME et
al., 1996). Le paragraphe suivant traitera de la classification actuelle
des rhizobia avec cette nouvelle approche.
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