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Diversité génétique des Rhizobia associés à† un champ de pois d'Angole (Cajanus cajan l.) à† Yamoussoukro (centre de la Côte d'Ivoire)

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par Kouakou Romain FOSSOU
Ecole supérieure d'agronomie de l'institut national polytechnique Félix HouphouŽt Boigny de Yamoussoukro - Diplôme d'agronomie approfondie  2011
  

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III.2- TAXONOMIE POLYPHASIQUE ET PHYLOGENIE DES RHIZOBIA

III.2.1- Taxonomie polyphasique

Originellement basée sur des critères phénotypiques, l'application de la terminologie polyphasique va être révisée grâce à la révolution de différentes techniques moléculaires dont principalement la Réaction de Polymérisation en Chaîne ou PCR (MULLIS et FALOONA, 1987). Ainsi, il fut proposé en 1991 les principes standards de la description de nouveaux genres ou espèces sur la base de l'analyse numérique qui est la synthèse des résultats de différents tests phénotypiques et moléculaires (GRAHAM et al., 1991). Cette nouvelle définition de l'approche polyphasique a permis l'étude systématique appropriée de grands groupes bactériens, l'évaluation de la résolution taxonomique de différentes techniques d'études de diversité (VANDAMME et al., 1996) et l'établissement de bases de données comparables entre différents laboratoires de microbiologie appliquée (GILLIS et al., 2001).

III.2.2 - Notion de phylogénie chez les Rhizobia

La comparaison des données obtenues sur les souches ou les espèces bactériennes par différentes approches moléculaires permet l'identification de groupes ou de taxons. Les différents taxons obtenus peuvent être comparés et utilisés pour le traçage de lignées de filiation reconnues communément sous le nom d'arbre phylogénétique. Ainsi, la phylogénie peut se définir comme l'histoire évolutive qui révèle les rapports existants entre un groupe d'organismes avec un ancêtre situé à un plus haut niveau taxonomique.

De nos jours, les relations phylogénétiques établies entre les rhizobia sont basées principalement sur la comparaison des séquences de l'ADN ribosomique 16S (OLSEN et al., 1994 ; YOUNG et HAUKKA, 1996 ; TEREFEWORK, 2002). Par ailleurs, selon une analyse phylogénétique basée sur le gène de l'ARN 16S, les rhizobia sont dispersés dans 12 genres parmi neuf groupes monophylogénétiques (SAWADA et al., 2003). Tous ces rhizobia caractérisés sont des bactéries Gram-négatives, présentes dans le sol et appartenant aux sous-classes alpha (á) et beta (â) des Protéobactéries. La plupart des espèces se trouvent dans la sous-classe á, divisée en sept groupes monophylogénétiques (Annexe 1)

- Rhizobium et Allorhizobium ;

- Sinorhizobium (et Ensifer) ;

- Mesorhizobium ;

- Bradyrhizobium ;

- Methylobacterium (JAFTHA et al., 2002 ; SY et al., 2001) ;

- Azorhizobium ;

- Devosia (RIVAS et al., 2002).

Dans la sous classe â, les rhizobia sont présents dans deux groupes monophylogénétiques suivants :

- Burkholderia (MOULIN et al., 2001) ;

- Ralstonia (CHEN et al., 2003).

En somme, la taxonomie bactérienne moderne vise l'intégration de toutes les données phénotypiques, génotypiques et phylogénétiques pour avoir une classification plus stable (ZAKHIA et DE LAJUDIE, 2001; VANDAMME et al., 1996). Le paragraphe suivant traitera de la classification actuelle des rhizobia avec cette nouvelle approche.

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