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Diversité génétique des Rhizobia associés à† un champ de pois d'Angole (Cajanus cajan l.) à† Yamoussoukro (centre de la Côte d'Ivoire)

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par Kouakou Romain FOSSOU
Ecole supérieure d'agronomie de l'institut national polytechnique Félix HouphouŽt Boigny de Yamoussoukro - Diplôme d'agronomie approfondie  2011
  

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LISTE DES TABLEAUX

Tableau I : Exemples des différents types de micro-organismes fixateurs d'azote 4

Tableau II : Classification des rhizobia 20

Tableau III : Noms communs du pois d'Angole en quatre langues principales 22

Tableau IV : Amorces choisies pour l'amplification des fragments d'ADNr 16S 37

Tableau V : Composition du milieu réactionnel unitaire commun de la PCR 38

Tableau VI : Caractéristiques de l'enzyme de restriction Tsp 509 I 40

Tableau VII : Composition du milieu réactionnel unitaire commun de la digestion 40

LISTE DES FIGURES

Figure 1 : Nodules racinaires (a) et tige portant des nodules aériens matures (b) 5

Figure 2 : Symbiose fixatrice d'azote Rhizobia-Parasponia sp. 6

Figure 3 : Diversité des Légumineuses 8

Figure 4: Différents types de gènes nod 11

Figure 5 : Nitrogénase et mécanismes d'action 13

Figure 6 : Etapes du processus de nodulation lors de la symbiose Légumineuse-rhizobia 16

Figure 7 a : Inflorescences de Cajanus cajan 23

Figure 7 b : Fruit sec en déhiscence 23

Figure 8 : Feuillage rejeté par une culture de pois cajan en jachère améliorée 27

Figure 9 a : Nodosités sur racines de C. cajan 31

Figure 9 b : Nodosités étalées pour l'isolement 31

Figure 10 : Présentation d'un thermocycleur 32

Figure 11: Appareil de migration 32

Figure 12 : Transilluminateur relié à un ordinateur 32

Figure 13 : Organisation de l'opéron de l'ADNr observé chez les procaryotes 35

Figure 14 : Etapes de la PCR pour un cycle d'amplification 37

Figure 15 : Mode de croissance sur milieu TY en 24 heures et 48 heures des groupes de rhizobia isolés du pois cajan 41

Figure 16 : Résultats d`amplification de l'ADNr 16S des rhizobia isolés de Cajanus cajan 42

Figure 17 : Différents profils de digestion obtenus avec l'enzyme de restriction Tsp 509I 42

Figure 18 : Proportions relatives des trois profils obtenus par PCR-RFLP 43

Figure 19 : Proportions des profils de digestion des souches supposées à croissance lente 43

LISTE DES ANNEXES

ANNEXE I : Classification des rhizobia selon les séquences du gène de l'ARN 16 S 58

ANNEXE II : Présentation des structures et des laboratoires d'accueil de l'étude 60

ANNEXE III : Composition du milieu TY (Tryptone Yeast Agar) en g/l 63

SIGLES ET ABREVIATIONS

ADNr : Acide DésoxyriboNucléique ribosomique

ARNr : Acide RiboNucléique ribosomique

ATP : Adénosine Tri-Phosphate

BET: Bromure d'Ethydium

CNRA : Centre National de Recherche Agronomique

DAA : Diplôme d'Agronomie Approfondie

dct : dicarboxylate transport genes

DFR-ARA : Département de Formation et de Recherche Agriculture et Ressources Animales

dNTP : désoxyriboNucléotide TriPhosphate

ENSA : Ecole Nationale Supérieure Agronomique

ESA : Ecole Supérieure d'Agronomie

FAO: Food and Agriculture Organization

GS : Glutamine Synthétase

hsn : host specific nodulation 

INP-HB : Institut National Polytechnique Félix Houphouët Boigny

ITS: Intergenic Transcribed Spacer

LCB : Laboratoire Central de Biotechnologie

MoFe : Molybdène Fer

pb : paire de base

PCR : Polymerase Chain Reaction

RFLP : Restriction Fragment Lenght Polymorphism

SDS-PAGE: Sodium Dodecyl Sulfate- Polyacrilamide Gel Electrophoresis

Taq : Thermus aquaticus

TBE: Tris Borate EDTA

TY: Tryptone Yeast extract

USDA: United State Department of Agriculture

UV: Ultra Violet

YMA: Yeast Manitol Agar

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