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Diversité génétique des Rhizobia associés à† un champ de pois d'Angole (Cajanus cajan l.) à† Yamoussoukro (centre de la Côte d'Ivoire)

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par Kouakou Romain FOSSOU
Ecole supérieure d'agronomie de l'institut national polytechnique Félix HouphouŽt Boigny de Yamoussoukro - Diplôme d'agronomie approfondie  2011
  

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TABLE DES MATIERES

RESUME I

ABSTRACT II

AVANT PROPOS ET REMERCIEMENTS III

LISTE DES TABLEAUX VII

LISTE DES FIGURES VIII

LISTE DES ANNEXES IX

SIGLES ET ABREVIATIONS X

DEDICACES XI

INTRODUCTION 1

PREMIERE PARTIE : REVUE BIBLIOGRAPHIQUE 3

CHAPITRE I : GENERALITES SUR LA SYMBIOSE LEGUMINEUSES-RHIZOBIA. 4

I.1. FIXATION BIOLOGIQUE DE L'AZOTE 4

I.2. SYMBIOSE LEGUMINEUSES/RHIZOBIA 5

I.2.1. Définition de la symbiose rhizobienne 5

I.2.2. Intérêts de la symbiose rhizobia-légumineuses 6

I.2.3. Caractérisation des deux partenaires 7

I.2.3.1. Rhizobia 7

I.2.3.2. Légumineuses 7

I.2.3.3. Caractéristiques du couple : infectivité, efficience et spécificité 8

CHAPITRE II : APERÇU SUR LE PROCESSUS DE NODULATION CONDUISANT A LA FIXATION AZOTEE 10

II.1. GENETIQUE DE LA NODULATION CHEZ LA BACTERIE 10

II.1.1. Gènes nod 10

II.1.1.1. Gènes nod D 10

II.1.1.2. Gènes nod communs (ABCIJ) 11

II.1.1.3. Gènes nod spécifiques (nod H, nod FE, nod G, nod MN, nod Q etc.) 11

II.1.1.4. Autres gènes nécessaires à la nodulation 12

II.1.2. Gènes nif 13

II.1.3. Gènes fix 14

II.2. GENETIQUE DE LA NODULATION CHEZ LA LEGUMINEUSE 14

II.3. SCHEMATISATION DES ETAPES DU PROCESSUS DE NODULATION 15

CHAPITRE III : TAXONOMIE DES RHIZOBIA 17

III.1. HISTOIRE DE LA TAXONOMIE RHIZOBIENNE 17

III.2. TAXONOMIE POLYPHASIQUE ET PHYLOGENIE DES RHIZOBIA 18

III.2.1. Taxonomie polyphasique 18

III.2.2. Notion de phylogénie chez les Rhizobia 18

III.3. CLASSIFICATION ACTUELLE DES RHIZOBIA 19

CHAPITRE IV : GENERALITES SUR LE POIS D'ANGOLE (Cajanus cajan L.) 21

IV.1. ORIGINE ET DISTRIBUTION GEOGRAPHIQUE DE LA PLANTE 21

IV.2. ZONES DE CULTURE ET IMPORTANCE DES PRODUCTIONS 21

IV.3. TAXONOMIE DU POIS D'ANGOLE 22

IV.3.1. Nomenclature 22

IV.3.2. Classification 22

IV.4. DESCRIPTION DU POIS D'ANGOLE 23

IV.4.1. Description botanique 23

IV.4.2. Ecologie 24

IV.4.3. Mode de multiplication et systèmes de culture 24

IV.4.4. Croissance, développement et rendement 24

IV.4.5. Ennemis et maladies de Cajanus cajan 25

IV.5. IMPORTANCE DE LA CULTURE DU POIS CAJAN 25

IV.5.1. Importance nutritionnelle du pois cajan 26

IV.5.2. Importance agronomique du pois cajan 26

IV.5.3. Importance du pois cajan en Afrique 27

CHAPITRE V : RHIZOBIA SYMBIOTIQUES DU POIS CAJAN 28

DEUXIEME PARTIE : ETUDE EXPERIMENTALE 29

CHAPITRE VI : PRESENTATION DE L'ETUDE ET DES LABORATOIRES D'ACCUEIL 30

VI.1. OBJECTIFS DE L'ETUDE 30

VI.2. PRESENTATION DU SITE DE COLLECTE DES ECHANTILLONS 30

VI.3. PRESENTATION DES LABORATOIRES D'ACCUEIL DE L'ETUDE 30

CHAPITRE VII : MATERIEL ET METHODES 31

VII.1. MATERIEL 31

VII.1.1. Matériel vivant 31

VII.1.2. Matériel technique 31

VII.2. METHODES 33

VII.2.1. Récolte des nodules et isolement des souches bactériennes 33

VII.2.2. Préparation des cellules bactériennes par effet thermique 34

VII.2.3. Amplification et digestion de la région 16S de l'ADNr des rhizobia par

PCR-RFLP 34

VII.2.3.1. Principe de la PCR-RFLP et choix du gène de l'ADNr 16S 34

VII.2.3.1.1. Principe de la PCR-RFLP 34

VII.2.3.1.2. Choix du gène de l'ADNr 16S 35

VII.2.3.2 Réalisation de la PCR-RFLP 36

VII.2.3.2.1. Principe de la PCR 36

VII.2.3.2.2. Choix des amorces et milieu réactionnel de la PCR 37

VII.2.3.2.3. Programme de la PCR 38

VII.2.3.2.4. Electrophorèse sur gel d'agarose et visualisation des gels 39

VII.2.3.2.5. Migration de l'ADN et visualisation 39

VII.2.3.2.6. Digestion des amplifiats 40

CHAPITRE VIII : RESULTATS ET DISCUSSION 41

VIII.1. RESULTATS 41

VIII.1.1. Croissance des bactéries sur milieu TY solide 41

VIII.1.2. Amplification par PCR de l'ADNr 16S 41

VIII.1.3. Produits de digestion 42

VIII.2. DISCUSSION DES RESULTATS 44

CONCLUSION ET PERSPECTIVES 46

REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES 47

ANNEXES 57

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