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Analyse des bacteries non cultivables

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par David LECHAUDEE
CNAM - Ingénieur 2010
  

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CONCLUSIONS

Les formes non viables des bactéries font l'objet de nombreuses études. Les récentes publications montrent que les difficultés rencontrées à cultiver les microorganismes stressés sont dues à une méconnaissance de l'état VNC. La physiologie des cellules non cultivables est mal connue. Certaines études proposent des solutions, par l'intermédiaire de facteurs de croissance ou d'antioxydants. Ce qui amène à reconnaître le fait que si microorganismes non cultivables il y a, c'est que nous ne connaissons pas les solutions permettant de les rendre cultivables.

Les difficultés rencontrées pour cultiver toutes les bactéries présentes dans notre environnement et dans nos aliments rendent l'analyse de ces germes plus complexe. C'est pourquoi différentes méthodes ont été développées afin de pouvoir détecter et dénombrer toutes les bactéries viables. Ces méthodes se basent sur la mise en évidence de caractéristiques de l'état viable :

· Activité enzymatique ou métabolique et respiration cellulaire.

· Etat des membranes.

· Production d'acides nucléiques (RNA).

La plupart de ces méthodes permettent de détecter les cellules viables, mais pas de les identifier ni de les isoler. A l'exception de la RT-PCR qui permet une recherche par espèce.

La RT-PCR permet effectivement de savoir quels types de germes se trouvent dans la matrice étudiée grâce à des amorces spécifiques, mais ne permet pas de les isoler. De plus, le coût d'une analyse en PCR est trop élevé et ne pourrait actuellement pas servir de méthode normalisée de recherche de germes pathogènes dans des matrices alimentaires ou environnementales.

Une des techniques les plus intéressantes et déjà commercialisée (BactiFlow®, AES-Chemunex) est la cytométrie en flux. La CMF permet le dénombrement des cellules viables, la séparation physique entre les cellules viables et les cellules mortes. Un des atouts majeur de la CMF est la rapidité dans le traitement des matrices à analyser.

Malgré tout, les méthodes culturales sont aujourd'hui encore privilégiées dans les normes de recherche des germes pathogènes. C'est pourquoi les recherches sont encore tournées vers la microbiologie Pasteurienne, essayant de définir les molécules nécessaires à la croissance des germes VNC.

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