Tableau
I :Critères d'identification biochimiques des bactéries
isolées
|
espèces
Tests
|
SAL
|
SHIG sp
|
E .coli
|
PROT sp
|
|
Mobilité
|
+
|
-
|
+
|
+
|
|
ARA
|
+
|
d
|
+
|
-
|
|
AMY
|
-
|
|
-
|
|
|
LAC
|
-
|
-
|
+
|
-
|
|
SAC
|
-
|
-
|
d
|
|
|
RHA
|
+
|
d
|
d
|
|
|
SOR
|
+
|
|
+
|
|
|
INO
|
d
|
-
|
-
|
|
|
MAN
|
+
|
d
|
d
|
|
|
GLU
|
+
|
+
|
+
|
|
|
GEL
|
-
|
-
|
-
|
|
|
VP
|
-
|
-
|
-
|
|
|
IND
|
-
|
d
|
+
|
|
|
TDA
|
-
|
-
|
-
|
+
|
|
URE
|
-
|
-
|
-
|
+
|
|
H2S
|
+
|
-
|
-
|
|
|
CIT
|
+
|
-
|
-
|
|
|
ODC
|
+
|
d
|
d
|
|
|
LDC
|
+
|
-
|
d
|
|
|
ADH
|
-
|
d
|
d
|
-
|
|
ONPG
|
-
|
d
|
+
|
-
|
ONPG: Orthonitrophényl-b-D-Galactopyranoside; ADH:
Arginine Dihydrolase; LDC: Lysine Décarboxylase; ODC: Ornithine
Décarboxylase; CIT: Citrate de Simmon; H2S: Sulfure
d'hydrogène; URE: Uréase; TDA: Tryptophane Désaminase;
IND: Indole; VP: Voges-Proskauer; GEL: Gélatine hydolase; GLU: Glucose;
MAN: Mannitol; INO: Inositol; SOR: Sorbitol; RHA: Rhamnose; SAC: Saccharose;
LAC: Lactose; AMY: Amydaline; ARA: Arabinose; SAL: Salmonelles; E.coli: Escherichia Coli; PROT: Proteus; SHIG :
Shigelle ; + : Résultat positif ; -
: Résultat négatif ; d : différents types
biochimiques
Tableau
II :Critères d'identification biochimiques des Staphylococcus sp
isolées
|
Test
|
LAC
|
GEL
|
VP
|
IND
|
URE
|
ODC
|
|
STAPH sp
|
+
|
+
|
+
|
-
|
-
|
-
|
ODC: Ornithine Décarboxylase; URE: Uréase;
IND: Indole; VP: Voges-Proskauer; GEL: Gélatine hydolase; LAC: Lactose;
STAPH : Staphylocoques ; + : Résultat
positif ; - : Résultat négatif.
II.2.3.6.Test de la catalase
Toutes les bactéries identifiées ont subi un
test à la catalase avant l'identification finale sur galerie API 20E.
Pour ce faire, nous avons utilisé des lames microscopiques sur
lesquelles nous avons déposé un isolat bactérien. La
levure de bière (Saccharomyces cerevisiae) a été
utilisée comme contrôle positif. Nous avons par la suite
déposé à l'aide d'une pipette Pasteur quelques gouttes de
peroxyde d'hydrogène. L'effervescence était
considérée comme réaction positive (catalase positive).
Toutes les entérobactéries sont catalase positive.
II.2.3.7. Conservation des
isolats
Les isolats bactériens ont été par la
suite conservés dans le bouillon de Mueller Hinton et du
glycérol (cryoprotecteur) dans les proportions 50:50 et
congelés.
II.2.4. Antibiogramme
C'est une technique de laboratoire visant à tester la
sensibilité d'un isolat bactérien vis-à-vis de plusieurs
antibiotiques.
·
Principe
Cette technique consiste à ensemencer
uniformément sur une gélose, des microorganismes à
étudier, et à déposer à la surface de cette
gélose des disques de papier buvard imprégnés des
différents antibiotiques à tester. Chaque antibiotique diffuse au
sein de la gélose et produit un diamètre d'inhibition au terme
d'une incubation, traduisant l'action de cet antibiotique aux
différentes souches bactériennes.
· Protocole et
interprétation des résultats
Il a été à partir d'un isolat de 18
heures sur gélose nutritive, préparé une suspension dans
l'eau physiologique de turbidité équivalente au standard
McFarland 0,5(1,5.108 UFC/ml) (McFarland et Jama, 1907); ensuite,
dans une boite de Pétri (90mm), ensuite coulé aseptiquement de la
gélose de Mueller Hinton préalablement préparée,
à un épaisseur de 4 mm; après solidification du milieu,
celui-ci a été ensemencé avec 5ml d'une suspension
bactérienne diluée au 1/100e (correspondant à
106 UFC/ml) préalablement préparée.
L'excès de suspension a été retiré et les boites de
Pétri ont été placées pour séchage pendant 5
minutes à 37°C à l'incubateur suivi du dépôt
des disques d'antibiotiques. L'ensemble a été ensuite
laissé à la température ambiante pendant 30 minutes pour
permettre la diffusion de l'antibiotique dans la gélose. Après
une incubation à 37°C pendant 18 à 24 heures, les
diamètres des zones d'inhibition des antibiotiques ont été
mesurés. Nous avons utilisé les recommandations de la
Société Française de Microbiologie (2013 et 2017) pour
classer les différents microorganismes en sensible, intermédiaire
et résistant aux antibiotiques testés partants des
diamètres des zones d'inhibitions (Tableaux III et IV).
Tableau
III :Charge du disque et diamètres critiques des
antibiotiques : cas des entérobactéries
|
Mécanisme d'action
|
Famille d'antibiotiques
|
Noms des antibiotiques
|
Charge du disque (ug)
|
Diamètre critique des antibiotiques
(mm)
|
|
S = - R<
|
|
Inhibiteurs de la synthèse des enveloppes
bactériennes
|
Bêta-lactamines
|
Ceftriaxone
|
30
|
25- 22
|
|
Cefodoxime
|
10
|
21 -21
|
|
Ceftazidime
|
10
|
22 - 19
|
|
Amoxicilline
|
20
|
19 - 19
|
|
Amoxiclav
|
30
|
19 - 19
|
|
Inhibiteurs de la synthèse des acides
nucléiques
|
Quinolones
|
Norfloxacine
|
10
|
22 - 19
|
|
Ciprofloxacine
|
30
|
26 - 24
|
|
Inhibiteurs de la synthèse des protéines
|
Aminosides
|
Gentamycine
|
10
|
17 - 14
|
|
Phénicolés
|
Chloramphénicol
|
30
|
17 17
|
|
Cyclines
|
Doxycycline
|
30
|
19 - 17
|
|
Inhibiteurs de la synthèse de l'acide folique
|
Sulfamides
|
Cotrimoxazole
|
25
|
14 - 11
|
|
Mécanismes complexes ou méconnus
|
Produits nitrés
|
Nitrofurantoïne
|
100
|
11 - 11
|
R= résistant ; I= intermédiaire ;
S= sensible ; mm= millimètre ; ug=microgramme.
Tableau IV : Charge du disque et
diamètres critiques des antibiotiques : cas des staphylocoques
|
Mécanisme d'action
|
Famille d'antibiotique
|
Noms des antibiotiques
|
Charge du disque (ug)
|
Diamètre critique des antibiotiques
(mm)
|
|
=S - R<
|
|
Inhibiteurs de la synthèse des enveloppes
bactériennes
|
Bêta-lactamines
|
Oxacilline
|
5
|
27 - 21
|
|
Inhibiteurs de la synthèse des protéines
|
Aminosides
|
Gentamycine
|
10
|
18 - 18
|
|
Amikacine
|
30
|
24 - 18
|
|
Phénicolés
|
Chloramphénicol
|
30
|
18 - 18
|
|
Cyclines
|
Doxycycline
|
30
|
22 - 19
|
|
Inhibiteurs de la synthèse de l'acide folique
|
Sulfamides
|
Cotrimoxazole
|
25
|
17 - 14
|
R= résistant ; I= intermédiaire ;
S= sensible ; mm= millimètre ; ug=microgramme.
| 
