WOW !! MUCH LOVE ! SO WORLD PEACE !
Fond bitcoin pour l'amélioration du site: 1memzGeKS7CB3ECNkzSn2qHwxU6NZoJ8o
  Dogecoin (tips/pourboires): DCLoo9Dd4qECqpMLurdgGnaoqbftj16Nvp


Home | Publier un mémoire | Une page au hasard

 > 

Développement d'un modèle d'évolution de gènes.


par ESAIE KUITCHE KAMELA
Ecole Nationale Supérieure Polytechnique de Yaoundé - Ingénieur de Conception en informatique 2016
  

sommaire suivant

Mémoire présenté en vue de l'obtention du diplôme d'Ingénieur de Conception de Génie Informatique

Développement d'un modèle

d'évolution de l'architecture

des gènes

PAR: Esaie KUITCHE KAMELA

Sous la direction de AïDA OUANGRAOUA, Professeur

MEMBRES DU JURY:

Président: CREPIN TIMOLEON KOFANE, Professeur Rapporteur: THOMAS BOUETOU BOUETOU, Professeur Examinateur: GEORGES KOUAMOU, Docteur

Date de soutenance : 26 septembre 2016

ii

DÉDICACE

Je dédie ce travail :

-- À ma très chère et tendre maman, Mme KAMELA née MAFOKAM Maria et à mon papa KAMELA Martin, qui grâce à leur concours ont toujours su me soutenir au prix de sacrifices incommensurables.

iii

REMERCIEMENTS

La réalisation de ce mémoire a été possible grâce au concours de plusieurs personnes à qui je voudrais témoigner toute ma reconnaissance. Il s'agit notamment :

-- de mes encadreurs, les professeurs Aïda OUANGRAOUA et Thomas BOUETOU BOUETOU, pour leurs disponibilité, indications, supports et surtout leurs judicieux conseils, qui ont contribué à alimenter de manière soutenue ma réflexion.

-- du professeur Crepin TIMOLEON KOFANE et docteur Georges Edouard
KOUAMOU,
pour avoir accepté de faire partie de notre jury d'évaluation.

-- des enseignants de l'ENSPY en particulier ceux du Génie Informatique pour m'avoir fourni les outils nécessaires à la réussite de mes études d'ingénierie.

-- également de mes collègues du laboratoire CoBIUS : Safa JAMMALI, Jean-David AGUILAR, Sarah BELHAMITI, Nilson COIMBRA, et Michael LUCE pour nos discussions enrichissantes et constructives qui ont permis à l'amélioration de la qualité de mon travail.

-- de tous mes frères et soeur dont Livane MAMOUBÉ KAMELA, Thierry NGATEU KAMELA, Armand FOTSING KAMELA, Valery Martial TANKOU KAMELA ainsi qu'à mes parents papa Martin KA-MELA et maman Maria MAFOKAM.

-- de toute la communauté estudiantine de l'ENSPY, en particulier ceux de la Promotion 2016 du Génie Informatique dont leur dynamisme et humour indubitables ont été pour moi une source continue de courage.

-- de mes amis Floriane MEPOUBONG, Jean BIEMEWOU, Pascal

DONGMO, Alain TSAYO, vous tous qui ne cessez de me motiver. -- de la communauté camerounaise du Canada et spécialement celle de Sher-

brooke pour leur accueil et hospitalité.

-- de tous(tes) ceux et (celles) qui de près ou de loin, d'une manière comme d'une autre, pensent toujours à moi et que j'ai oublié de citer.

iv

RÉSUMÉ

Les analyses génomiques récentes ont révélé la capacité des gènes eucaryotes de produire plusieurs ARN et protéines. Ce mécanisme joue un rôle majeur dans la diversification fonctionnelle des gènes [1]. Cependant, les modèles de reconstruction actuelles de la phylogénie de famille de gènes sont basés sur une seule protéine de référence par gène, négligeant ainsi toutes les autres protéines alternatives produites par les gènes [31]. Ensuite, la réconciliation de l'arbre de gènes dans l'arbre d'espèces est utilisée pour déduire l'histoire évolutive des familles de gènes [12].

Le problème de la reconstruction de l'évolution de l'expression du gène a été introduit dans [2], où un modèle et un algorithme pour la reconstruction de la phy-logénie des transcipts, ayant pour entrée l'arbre de gènes et les structures des gènes. Ici, nous explorons une approche différente en utilisant la réconciliation. Nous proposons une extension de la réconciliation afin de reconstruire à la fois l'arbre des gènes et l'histoire de l'évolution de toutes les protéines produites par les gènes d'une famille de gènes, compte tenu de l'arbre d'espèces. Nous proposons un modèle d'évo-lution des protéines impliquant deux nouveaux types d'événements évolutif appelé "création de protéines" et "perte de protéines", en plus des événements classiques de spéciation, duplication et de perte de gènes.

Ce mémoire présente également les limites des méthodes actuelles et propose une méthode heuristique pour la reconstruction des arbres de gènes et d'arbres de protéines. Cette méthode est résumée dans un processus à sept étapes et vise à minimiser le coût de la réconciliation. Aussi, nous avons implémenté et appliqué ce modèle pour les familles de gènes de la base de données Ensembl, montrant que notre modèle permet de réduire le coût de la réconciliation des arbres de gènes reconstruits avec des arbres d'espèces, par rapport aux arbres de gènes Ensembl correspondants.

v

sommaire suivant