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Informatique et Télécommunications
Développement d'un modèle d'évolution de gènes.
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par
ESAIE KUITCHE KAMELA
Ecole Nationale Supérieure Polytechnique de Yaoundé - Ingénieur de Conception en informatique 2016
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DÉDICACE
REMERCIEMENTS
RÉSUMÉ
ABSTRACT
Table des figures
Table des Matières
Glossaire
CHAPITRE UN
INTRODUCTION
CHAPITRE 1. INTRODUCTION
1.1 Problématique
1.2 Hypothèses
1.3 Objectif général
1.4 Objectifs spécifiques
CHAPITRE 1. INTRODUCTION
1.5 Résumé des contributions
1.6 Plan du mémoire
CHAPITRE DEUX
GÉNOMIQUE
2.1 Bio-informatique et biologie computationnelle
2.1.1 Cellule
CHAPITRE 2. GÉNOMIQUE
2.1.2 Chromosome
2.1.3 Acide désoxyribonucléique (ADN)
CHAPITRE 2. GÉNOMIQUE
2.1.4 Gène
2.1.5 Acide ribonucléique (ARN)
CHAPITRE 2. GÉNOMIQUE
2.1.6 Protéine
CHAPITRE 2. GÉNOMIQUE
2.2 Bases de données
2.2.1 Bases de données existantes
CHAPITRE 2. GÉNOMIQUE
2.2.2 Accès aux bases de données
CHAPITRE 2. GÉNOMIQUE
2.3 Évolution des séquences biologiques
2.3.1 Recherche de similarités entre séquences
2.3.2 Construction d'arbres phylogénétiques
CHAPITRE 2. GÉNOMIQUE
CHAPITRE 2. GÉNOMIQUE
CHAPITRE 2. GÉNOMIQUE
CHAPITRE 2. GÉNOMIQUE
2.4 Conclusion sur la génomique
CHAPITRE 2. GÉNOMIQUE
CHAPITRE TROIS
ÉTAT DE L' ART
3.1 Méthodes de construction d'arbres phylogénétiques
3.1.1 Énumération des arbres
CHAPITRE 3. ÉTAT DE L' ART
3.1.2 Construction d'arbres à partir des distances entre feuilles
3.1.2.1 UPGMA
CHAPITRE 3. ÉTAT DE L' ART
CHAPITRE 3. ÉTAT DE L' ART
CHAPITRE 3. ÉTAT DE L' ART
3.1.3 Les méthodes de parcimonie
3.1.4 Méthodes de maximum de vraisemblance
CHAPITRE 3. ÉTAT DE L' ART
3.2 Construction des arbres de gènes
3.2.1 Exemple de construction d'arbres de gènes - Ensembl-Compara
CHAPITRE 3. ÉTAT DE L' ART
CHAPITRE 3. ÉTAT DE L' ART
3.2.2 Limites des arbres de gènes actuels
3.3 Conclusion sur l'état de l'art
CHAPITRE 3. ÉTAT DE L' ART
CHAPITRE QUATRE
MÉTHODOLOGIE ET
IMPLÉMENTATION
4.1 Modèle d'évolution des protéines et problème de réconciliation
4.1.1 Idée de base
CHAPITRE 4. MÉTHODOLOGIE ET IMPLÉMENTATION
4.1.2 Définitions formelles
CHAPITRE 4. MÉTHODOLOGIE ET IMPLÉMENTATION
CHAPITRE 4. MÉTHODOLOGIE ET IMPLÉMENTATION
CHAPITRE 4. MÉTHODOLOGIE ET IMPLÉMENTATION
CHAPITRE 4. MÉTHODOLOGIE ET IMPLÉMENTATION
4.2 Méthodologie : Processus à sept étapes
4.2.1 Étape 1 : Définition du jeu de données
CHAPITRE 4. MÉTHODOLOGIE ET IMPLÉMENTATION
CHAPITRE 4. MÉTHODOLOGIE ET IMPLÉMENTATION
4.2.2 Étape 2 : Alignement multiple de toutes les séquences codantes
4.2.3 Étape 3 : Calcul de la matrice de similarité
4.2.4 Étape 4 : Regroupement avec chevauchement des séquences codantes
CHAPITRE 4. MÉTHODOLOGIE ET IMPLÉMENTATION
4.2.4.1 Définition du regroupement
4.2.4.2 Problème de regroupement dans le cas présent
CHAPITRE 4. MÉTHODOLOGIE ET IMPLÉMENTATION
CHAPITRE 4. MÉTHODOLOGIE ET IMPLÉMENTATION
4.2.4.3 Regroupement avec chevauchement hiérarchique
CHAPITRE 4. MÉTHODOLOGIE ET IMPLÉMENTATION
4.2.5 Construction d'un groupe de référence
CHAPITRE 4. MÉTHODOLOGIE ET IMPLÉMENTATION
CHAPITRE 4. MÉTHODOLOGIE ET IMPLÉMENTATION
CHAPITRE 4. MÉTHODOLOGIE ET IMPLÉMENTATION
CHAPITRE 4. MÉTHODOLOGIE ET IMPLÉMENTATION
4.2.6 Étape 6 : Création des arbres de protéines pour les groupes
CHAPITRE 4. MÉTHODOLOGIE ET IMPLÉMENTATION
4.2.7 Étape 7 : Construction de l'arbre de protéines et de l'arbre des gènes
4.3 Implémentation
CHAPITRE 4. MÉTHODOLOGIE ET IMPLÉMENTATION
CHAPITRE CINQ
ÉTUDE DE CAS
5.1 Étude de cas de la famille The Myelin-Associated Glycoprotein (MAG)
CHAPITRE 5. ÉTUDE DE CAS
CHAPITRE 5. ÉTUDE DE CAS
CHAPITRE 5. ÉTUDE DE CAS
5.2 Étude de cas de la famille FAM86
CHAPITRE 5. ÉTUDE DE CAS
CHAPITRE SEPT
CONCLUSION GÉNÉRALE
Références
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"Il ne faut pas de tout pour faire un monde. Il faut du bonheur et rien d'autre"
Paul Eluard