Développement d'un modèle d'évolution de gènes.

CHAPITRE 2. GÉNOMIQUE

FIGURE 2.7 - Exemple de deux séquences de nucléotides à aligner

FIGURE 2.8 - Résultat d'alignement possible des deux séquences

FIGURE 2.9 - Exemple d'alignement multiple de neuf séquences protéiques. Les colonnes d'acides aminés conservés dans l'alignement sont surlignées en vert et bleu. Crédit : wikipedia.

-- Les modèles basés sur les réseaux phylogénétiques [24, 18, 19] dans lesquels on suppose que l'évolution peut-être, représentée par un graphe;

-- Les modèles basés sur les arbres phylogénétiques qui s'appuient sur le concept de base de la descendance avec modification [11, 17, 28]. Cette représentation est la plus répandue et est celle considérée dans ce mémoire. Un arbre phylogénétique est un arbre enraciné, étiqueté tel que :

-- ses feuilles représentent les espèces ou gènes étudiés;

-- ses noeuds internes représentent les ancêtres virtuels ayant divergé;

-- ses arêtes représentent les liens de descendance entre les espèces (ou gènes).

Un arbre phylogénétique représente les relations évolutives d'un ensemble d'espèces ou de gènes. Il permet, de représenter comment à partir d'un ancêtre

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CHAPITRE 2. GÉNOMIQUE

commun qui est la racine de l'arbre, on a obtenu toutes les espèces (ou gènes) qui sont aux feuilles de l'arbre.

Les arbres d'espèces. L'arbre d'espèces est un arbre phylogénétique qui présente les relations évolutives d'un ensemble d'espèces. L'évolution des espèces depuis une espèce ancestrale commune se fait par un événement appelé la spéciation ³. La figure 2.10 présente l'arbre d'espèces, communément accepté, des trois grandes familles du vivant.

Crédit :https : // fr.wikipedia.org/wiki/Arbre_phylogenetique

FIGURE 2.10 - Arbre d'espèce enraciné, montrant les trois domaines de vivant : bactéries, archées et eucaryotes, reliant les trois branches d'organismes au dernier ancêtre universel (le tronc noir en bas de l'arbre)

Les arbres de gènes. L'arbre de gènes est un arbre phylogénétique qui décrit comment un gène particulier appartenant à une espèce ancestrale commune a évolué au fil du temps. L'évolution d'un gène se fait notamment à travers trois événements: la duplication de gènes ⁴, la spéciation de gènes qui résulte de la spéciation d'espèces et la perte de gènes.

3. La spéciation est le processus évolutif par lequel deux nouvelles espèces vivantes apparaissent à partir d'une espèce ancestrale.

4. La duplication est une mutation génétique aboutissant au dédoublement d'un gène dans le génome d'une espèce.

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