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Caractérisation génomique des bactériophages isolés en Côte d’Ivoire.


par Aboubacar SYLLA
Université Felix HOUPHOUET- BOIGNY - Master 2 biotechnologies-biosécurité 2017
  

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Introduction

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Introduction

Les bactériophages ou phages sont des virus qui infectent les bactéries. Ces parasites intracellulaires obligatoires et absolus ont été découverts par Frederick W. Twort et Felix d'Hérelle en 1915 et 1917 respectivement. Le terme bactériophage a été inventé par d'Hérelle qui signifie étymologiquement « mangeur de bactéries ».

On les trouve partout ou l'on trouve des bactéries (sol, mer, désert et eaux d'égouts) et ils sont visibles uniquement en microscope électronique. Ils sont omniprésents dans la biosphère et constituent l'entité biologique la plus nombreuse de la planète (Williamson et al,. 2005 ; Dublanchet et Patey, 2011). Les bactériophages constituent un modèle biologique fascinant en écologie et en évolution. (Ceyssens et al., 2011) L'évolution des phages, entraînée par la résistance des hôtes bactériens, peut affecter plusieurs gènes, et ceci est reflété par la grande diversité génomique à l'intérieur des espèces de phages (Brussow et al., 2004). Les virus constituent un immense réservoir de diversité génétique fréquemment révélé par la découverte de nouveaux gènes en particulier dans les génomes de phages nouvellement séquencés (Suttle, 2005 ; Essoh et al., 2013). Les données métagénomiques de l'environnement humain montrent que la plus grande partie de la diversité virale reste non caractérisée (Breitbart et al., 2003).

L'utilisation de l'antibiothérapie a fait surgir au cours des dernières décennies le phénomène qu'est la résistance des bactéries aux antibiotiques ( BMR : Bactéries Multi-Résistantes). L'origine de cette multi-résistance est due à la pression sélective exercée par l'utilisation abusive des antibiotiques ainsi qu'à l'accumulation de mécanismes de défense par la bactérie (résistance naturelle, mutation de gènes, transfert génétique, etc.) (Vallot , 2015).

Selon un rapport de l'OMS, 60% des infections nosocomiales sont causées par des bactéries résistantes aux antibiotiques (Rosner et al., 2004). Face à l'évolution inexorable des infections nosocomiales à bactéries multi-résistantes (Carminati et al., 2016), des infections entériques (Lappe et al., 2009), et des infestions respiratoires (Hsu et al., 2013), l'absence de nouvelles molécules antibiotiques efficaces, ainsi que la montée en gravité des maladies émergentes, l'une des alternatives pour faire face à ce problème est un retour à la phagothérapie (Carminati et al., 2016).

La phagothérapie est l'utilisation de bactériophages lytiques afin de traiter un grand nombre de maladies infectieuses d'origine bactérienne, en particulier les infections multi-résistantes, peu effet secondaire (Dublanchet, 2009). Cette thérapie des infections humaines est pratiquée en Europe de l'Est en particulier en Géorgie et en Pologne (Ackermann, 2004).

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