PARTIE 02 : PARTIE EXPERIMENTALE
1. Matériel . 28
1.1. Animaux 28
1.2. Fiche d'enquête . 30
1.3. Matériel de prélèvements 30
1.4. Matériel de Laboratoire 30
1.3.1. Milieux de culture 30
1.3.2. Tests biochimiques et réactifs . 30
1.3.3. Solutions .. 30
1.3.4. Enzymes, Tampons et amorces 31
1.3.5. Antibiotiques 31
2. Méthodes .. 31
2.1. Prélèvements 31
2.2. Test de mammite de Californie (CMT) 32
2.3. Enrichissement 32
2.4. Isolement et purification 32
2.5. Conservation des souches 33
2.6. Coloration de Gram 33
2.6.1. Principe 33
2.6.2. Technique 33
2.6.3. Lecture ... 34
Table des Matières
2.7. Test d'oxydase 34
2.7.1. Principe 34
2.7.2. Technique 34
2.8. Galerie API 20NE 34
2.8.1 Principe 34
2.8.2. Technique 34
2.8.3. Lecture .. 35
2.9. Antibiogramme 35
2.9.1. Principe 35
2.9.2 Technique . 36
2.9.3. Lecture 37
2.10. Recherche de gènes de résistance par PCR
37
2.10.1. Extraction de l'ADN par Choc thermique 37
2.10.2. Dosage d'ADN par la spectrophotométrie 37
2.10.3. Amplification de l'ADN par PCR 38
2.10.4. Electrophorèse sur Gel d'agarose .. 39
PARTIE 03 : RESULTATS
1. Prélèvement 43
2. Identification des Germes responsable de mammites 49
3. Antibiorésistance des bacilles à Gram
négatif non fermentants . 54
4. Dosage d'ADN par spectrophotométrie 55
5. Recherche des gènes de résistance 57
PARTIE 04 : DISCUSSION 59
CONCLUSION 63
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES 67
ANNEXES
IV
Liste des Abréviations
LISTE DES ABREVIATIONS
AK : Amikacine
AR : action rapide.
ATM : Aztréonam
BET : Bromure d'éthédium
BGN : Bacilles à Gram négatif
BGNF : Bacilles à Gram négatif
fermentants
BGNnF : Bacilles à Gram négatif
non fermentants
CA-SF : Comité de l'Antibiogramme de la
Société Francaise de Microbiologie
CAZ :
Céftazidime
CCSI : Comptage Cellulaire Somatique
Individuelle
CIP : Ciprofloxacine
CMT : California mastitis test
GNI : Gélose Nutritive Incliné
HL : hors lactation.
IMP : Imipénème
LA : longue action
MCF : McFarland
MH : Mueller-Hinton
NiT : Nitrate
PLP : penicillin binding proteins
PM : Poids moléculaire
PRL : Pipéracilline
QAD : Quartier Antérieur Droit
QAG : Quartier Antérieur Gauche
QPD : Quartier Posterieur Droit
QPG : QuartierPosterieur Gauche
R : Résistane
S : Sensible
TAE : Tris Acide Acétique Glacial EDTA
V
Liste des Abréviations
TCC : Ticracilline / Acide clavulanique
TCT : Taux cellulaire du Tank
TDA : Tris Acide Acétique Glacial
EDTA
UV : Ultra-Violet
VI
Liste des Annexes
LISTE DES ANNEXES
Annexe 01 Questionnaire
Annexe 02 Compositions chimiques des milieux
de culture
Annexe 02 Tableau de lecture API 20 NE
Annexe 03 Comité de l'antibiogramme de
la société française de microbiologie
Annexe 04 Tableau de préparation de
tampon TAE
Annexe 05 Catalogue d'identification de
Galerie API 20NE
Annexe 06 Résultats d'antibiogramme
VII
Liste des Figures
LISTE DES FIGURES
Figure 01. Cibles des principaux
antibiotiques . 19
Figure 02. Cycle de? lactame . 20
Figure 03. Classification des?-lactamines ...
21
Figure 04. Voies d'acquisition de
résistance aux antibiotiques 24
Figure 05. Localisation géographique
de différentes fermes dans la wilaya de Chlef . 28
Figure 06. Disposition des antibiotiques sur
les boîtes d'antibiogrammes .. 37
Figure 07. Test CMT positif du lait .. 44
Figure 08. Résultat de CMT de 200
vaches laitières 44
Figure 09. fréquence de mammites en
fonction des mois de prélèvements .. 45
Figure 10. Fréquence de mammites en
fonction des communes de la wilaya de Chlef 45
Figure 11. Fréquence des cas de
mammites en fonction de stade de lactation .. 46
Figure 12. Fréquence de mammites en
fonction de rang de lactation . 46
Figure 13. Fréquence de mammites en
fonction de l'Age de bovins 47
Figure 14. Fréquence de mammites en
fonction de déférentes races des bovins 47
Figure 15. Fréquence de mammites en
fonction de l'état des étables 48
Figure 16. Fréquence de mammites en
fonction du Score d'hygiène de vache . 48
Figure 17. Résultat des
échantillons des prélèvements analysés 49
Figure 18. Répartition des bacilles
à Gram négatif .. 49
Figure 19. Répartition des
espèces identifiées . 50
Figure 20. Aspects des colonies des BGNnFsur
milieu Mac Conkey 52
Figure 21. Résultat de la coloration
de Gram . 52
Figure 22. Test oxydase positif . 53
|
Figure 23. Identification biochimique des BGNnF
par les Galerie API 20 NE et API
20E
|
54
|
Figure 24. Profil d'antibiogramme de P.
aeruginosa.................................................. 55
Figure 25. Pourcentage de Résistance
des bacilles à Gram négatif non fermentants aux
des antibiotiques 56
Figure 26. Résultats de la PCR
blaTEM 57
Figure 27. Résultats de la PCR
blaVIM 58
VIII
Liste des Tableaux
LISTE DES TABLEAUX
Tableau 01. Déférentes
espèces de complexe
B.cepacia............................................. 07
Tableau 02. Principaux caractéristiques
des bactéries contagieuses et environnementales retrouvées dans
les infections intra-mammaires chez la vache
laitière 14
Tableau 03. Type d'activité et
modalités d'action des principales classes
d'antibiotiques 20
Tableau 04. Liste des fermes
sélectionnée pour prélèvements . 29
Tableau 05 Lecture et interprétation du
test CMT 32
Tableau 06. Produits du mix pour la PCR 38
Tableau 07. Les amorces
d'oligonucléotidiques utilisées pour la PCR 38
Tableau 08. Subdivision des
Prélèvement réalisé dans les communes de wilaya de
chlef 43
Tableau 09. Fréquence des isolats
identifiée 50
Tableau 10. Répartition des
espèces identifiées en fonction de site de
prélèvement 51
Tableau 11. Résultats de dosage d'ADN par
spectrophotomètre 57
1
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