2.2.2. Calcul des indices de diversité
Un indice de diversité est fonction de la richesse
spécifique de la communauté et de la structure de la
communauté. Il permet d'évaluer rapidement, en un seul chiffre,
la biodiversité d'un peuplement. Il renseigne sur la qualité et
le fonctionnement des peuplements.
a. Indice de Simpson (S)
Ni
S = (9)
2
(Ni 1) (1
- - pis )
Où pis est la fréquence de l'espèce i dans
l'échantillon s
Cet indice se base sur la fréquence des individus
élevée au carré. C'est la probabilité que deux
individus appartiennent à la même espèce dans une
communauté de taille Ni. Par conséquent la contribution relative
des espèces rares est presque insignifiante.
b. Indice de Shannon-Weaver
L'indice de diversité de Shannon-Weaver mesure la
quantité moyenne d'informations données par l'indication de
l'espèce d'un individu de la collection. Cette moyenne est
calculée à partir des proportions d'espèces qu'on a
recensées (Nshimba, 2008).
s
H = -
i= 1
fi fi
. log2 (10)
ni
fi = (11) avec ni compris entre 0 et N
N
fi est compris entre 0 et 1
N : effectif total, ni : effectif de l'espèce dans
l'échantillon, S : nombre total d'espèces dans
l'échantillon
Les indices de diversité de Simpson, de Fisher et de
Shannon ont été calculés directement sur le logiciel
PAST.
c. Indice de Fisher á
Cet indice est assez facile à calculer car il ne
nécessite que le nombre d'individus dans la communauté dont on
chercher à évaluer la diversité. Il prend en compte les
espèces rares et est stable en fonction de nombre d'individus.
N
s = á ln(1 + (12)
)
á
Où S : richesse spécifique, N : nombre
d'individus
2.2.3. Description des communautés
Afin de d'apprécier les appétences entre les
relevés (ou sites) et en dégager les ressemblances et les
dissemblances on a procédé à des ordinations.
L'ordination est le terme collectif pour les techniques
multivariées qui arrangent les sites le long d'axes sur base de
données de la composition spécifique. Le résultat en deux
dimensions (2 axes) est un diagramme où les sites sont
représentés par des points. Le but de l'ordination est d'arranger
ces points de façon à ce que des points qui sont proches l'un de
l'autre correspondent à des sites qui ont une composition similaire et
que les points éloignés correspondent à des sites à
composition floristique différente (Jongman & al. 1995).
Ce réarrangement permet de synthétiser les
résultats qui sont ensuite interprétés à l'aide de
ce qui est connu de l'environnement des sites. Si on n'a pas de données
environnementales explicites, on le fait de manière informelle et s'il y
en a, de manière formelle.
Ainsi, nous avons d'abord procédé à
l'analyse indirecte particulièrement un DCA (Dentrended Correspondance
Analysis). Ici, l'ordination est construite sur base des
relevés/espèces uniquement. Les facteurs environnementaux sont
projetés à posteriori dans l'espace d'ordination pour examiner
leur corrélation avec la position des relevés/espèces.
Ensuite, les données environnementales sont directement
utilisées (CCA= Canonical Correspondance Analysis) pour organiser
l'information sur la variabilité floristique.
Ces analyses ont été réalisées
avec le logiciel CANOCO (Leps & Smilaur 1999). Ce logiciel nous à
permis grâce à ses nombreuses options notamment Canodraw de
présenter les résultats sous forme de diagrammes d'ordination. On
a pu également calculer l'effet significatif des facteurs
environnementaux sur la variabilité floristique à l'aide de tests
de permutations de Monte Carlo.
L'analyse de classification (dendrogramme) a été
réalisée grâce au logiciel PAST.
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