Production de domaines recombinants PRODH en vue de l'analyse structurale & Caractérisation de la région 51-160 de la protéine KIN17 humaine par RMN et Modélisation Moléculaire

4) Matériels et Méthodes

4.1) Recherche d'homologie de séquence

Les recherches d'homologie de séquence protéique de PRODH ont été menées avec

les logiciels BLAST et PSI-BLAST sur le serveur du NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/)

à partir des bases de données suivantes :

Genbank (NCBI) : http://www.psc.edu/general/software/packages/genbank/genbank.html

RefSeq (NCBI) : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/RefSeq/://www.ncbi.nlm.nih.gov/RefSeq/ SwissProt : http://www.ebi.ac.uk/swissprot/p://www.ebi.ac.uk/swissprot/

PDB : http://www.rcsb.org/pdb/Welcome.do://www.rcsb.org/pdb/Welcome.do

PIR : http://pir.georgetown.edu/://pir.georgetown.edu/

PRF : http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bfind://www.genome.jp/dbget-bin/www_bfind?prf

4.2) Alignements de séquence et prédictions structurales

L'alignement des séquences protéiques, le calcul de quelques paramètres intrinsèques aux protéines, et les prédictions de structure secondaire et tertiaire nécessitent l'utilisation de différents logiciels d'analyse de séquence primaire. De nombreux programmes sont disponibles gratuitement sur Internet. Parmi ceux-ci, nous avons utilisé :

? Clustalw (http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_clustalw.html) :

Logiciel d'alignement de séquences protéiques. La version du Pôle Bio-Informatique

Lyonnais permet de visualiser facilement les résidus conservés grâce à un code couleur.

? Consensus Secondary Structure Prediction du Pôle Bio-Informatique Lyonnais

(http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_sspred.html) :

Logiciel de prédiction de structure secondaire qui établit un consensus à partir de l'analyse de

la structure primaire par plusieurs algorithmes (Predator, HNN, GorIV...).

? HCA (http://bioserv.rpbs.jussieu.fr/RPBS/cgi-bin/Ressource.cgi?chzn_lg=fr&chzn_rsrc=HCA) :

Logiciel de visualisation des amas de résidus hydrophobes sur une séquence primaire. Ce programme permet notamment de distinguer les régions structurées des régions déstructurées.

? 3D-PSSM (http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/3dpssm/) :

Logiciel de prédiction du repliement du squelette d'un polypeptide à partir de la structure de protéines dont la séquence présente plus de 25 % d'homologie avec la protéine d'intérêt.

Chapitre 4 : Expression de 4 protéines PRODH dans le cadre d'un programme de production