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Antibiorésistance des entérobacteries productrices de b-lactamases à  spectre étendu isolées de l'hôpital de Sétif (Algérie): détermination des gènes par PCR-multiplex


par Khalil Abdallah REFOUFI
Université Ferat Abbas de Setif - Master en Biologie spécialité Microbiologie Appliquée 2016
  

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Annexe

Liste des tableaux

Tableau 1. Classification des f3-lactamines 11

Tableau 2. Classification global des BLSE 21

Tableau 3. Principales carbapénémases des entérobactéries 27

Tableau 4. Antibiotiques testés 37

Tableau 5. Composition des différents tampons d'extraction 40

Tableau 6. Amorces utilisées 41

Tableau 7. Etapes de la PCR-Multiplex 42

Tableau 8. Différents types de plasmides extraits des EBLSE 56

Tableau 9. Caractéristiques générales et moléculaires des souches d'entérobactéries

productrices de f3-lactamases à spectre étendu isolées au CHU de Sétif 61-62

Liste des figures

Figure 1. Structures chimiques des principales f3-lactamines et inhibiteurs de f3-lactamases... 8

Figure 2. Structure chimique de la ceftaroline 10
Figure 3. Modes de transmission du matériel génétique : la conjugaison, la transformation et

la transduction chez les bactéries 15

Figure 4. Mode d'action des f3-lactamases 18

Figure 5. Les BLSE dérivées de TEM 23

Figure 6. Les BLSE dérivées de SHV 24

Figure 7. Disposition des disques d'antibiotique pour le test de synergie 38

Figure 8. Schéma de détection de BLSE par le test du double disque 39

Figure 9. Photo du thermocycleur TC-4000 42

Figure 10. Photo d'une migration d'ADN par électrophorèse 43

Figure 11. Photo du transilluminateur Fisher-Bioblock UV 43

Figure 12. Répartition des entérobactéries selon l'espèce 44

Figure 13. Pourcentages des entérobactéries selon l'origine de l'infection 45

Figure 14. Pourcentages des souches entériques selon le sexe 46

Figure 15. Répartition des entérobactéries selon les tranches d'âge 46

Figure 16. Pourcentages de résistance des entérobactéries aux antibiotiques 47

Figure 17. Pourcentages de résistance des entérobactéries aux f3-lactamines par année 48

Figure 18. Pourcentages de résistance des entérobactéries aux autres antibotiques par année 49

Figure 19. Fréquence des EBLSE 49

Figure 20. Répartition des EBLSE par espèce 50

Figure 21. Répartition des EBLSE selon l'origine de l'infection 51

Figure 22. Répartition des EBLSE selon le service 51

Figure 23. Répartition des EBLSE selon la nature du prélèvement 52

Figure 24. Répartition des EBLSE selon le sexe 52

Figure 25. Test de synergie 53

Figure 26. Test de synergie vu dans un antibiogramme d'une souche Klebsiella pneumoniae

BLSE+ 54

Figure 27. Profil de résistance des EBLSE aux antibiotiques 55

Figure 28. Profil plasmidique des 56 souches d'EBLSE 57

Figure 29. Amplifications par PCR-Multiplex des gènes blaCTX-M, blaSHV et blaTEM 59

Figure 30. Prévalence des gènes de résistance chez les souches amplifiées 60

Figure 31. Stratégies et les cibles bactériennes utilisées pour lutter contre la résistance aux. 71

Liste des abréviations: ATB : Antibiogramme.

BCP : Bromo-Créso-Phénol. bla : bêta-lactamse.

BLSE : 3-Lactamase à Spectre Elargi.

C1/2/3/4/5G : Céphalosporine de 1ére /2éme /3éme /4éme /5éme Génération.

Cfr : Citrobacter freundii.

CHU : Centre Hospitalo-Universitaire.

CMI : Concentration Minimale Inhibitrice.

CTX-M : Céfotaximase-Munich.

DAEC : E. coli à Adhérence Diffuse.

Eae : Enterobacter aerogenes.

EAEC : E. coli Entéroagrégatives.

EBLSE : Entérobactéries 3-Lactamase à Spectre Elargi.

Ecl: Enterobacter cloacae.

Eco: Escherichia coli.

EHEC : E. coli Entérohémorragiques.

EIEC : E. coli Entéroinvasives.

Enz : Enzyme.

EPEC : E. coli Entéropathogènes.

ETEC : E. coli Entérotoxinogènes.

IR : Intégrons de Résistance.

kpb : kilos paire de base.

KPC : Klebsiella pneumoniae Carbapénémase.

Kpn: Klebsiella pneumoniae.

KT : cathéter.

LCR : Liquide Céphalo-Rachidien.

LP : Liquide Pleural.

McF : McFarland.

MH: Muler-Hinton.

Mmo: Morganella morganii

MYSTIC: Meropenem Yearly Susceptibility Test Information Collection.

MâL : Métallo-â-Lactamase.

OMS : Organisation Mondiale de la Santé.

ONPG : OrthoNitrophényl b-D-GalactoPyranoside.

pb : paire de base.

PB : Prélèvement Buccal.

PBP: Penicillin Binding Proteins.

PCR: Polymerase Chain Reaction.

PLP : Protéines de Liaison aux Pénicillines.

PR : Prélèvement Rectal.

PV : Prélèvement Vaginal.

RM : Rouge Méthyle.

Ser : Sérine.

SHV: Sulfhydryl Variable.

SI : Séquence d'Insertion.

Sma : Serratia marcescens.

TEM: Temoneira.

TRI : TEM Résistantes aux Inhibiteurs.

TSI : Triple Sugar Iron.

VP : Voges-Proskauer.

WHO: World Health Organization.

Mots clés : Entérobactéries, BLSE, plasmides, PCR-multiplex.

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"Piètre disciple, qui ne surpasse pas son maitre !"   Léonard de Vinci