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Antibiorésistance des entérobacteries productrices de b-lactamases à  spectre étendu isolées de l'hôpital de Sétif (Algérie): détermination des gènes par PCR-multiplex


par Khalil Abdallah REFOUFI
Université Ferat Abbas de Setif - Master en Biologie spécialité Microbiologie Appliquée 2016
  

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Résumé

Résumé

L'évaluation de la résistance aux antibiotiques des entérobactéries provenant de malades externes ou hospitalisés dans les différents services du CHU de Sétif, durant la période de Janvier 2013 à Avril 2017 porte sur les données du logiciel de sauvegarde «Whonet 5.6 » utilisé au laboratoire.2421 souches d'entérobactéries isolées sont identifiées. E. coli est la souche la plus fréquente (n= 1160), suivie par K. pneumoniae (n=479) et P.mirabilis (n=216). Ces souches proviennent majoritairement du milieu hospitalier (57.71 %) et semblent coloniser les adultes plutôt que les enfants où le sexe féminin représente un facteur de risque. Le profil de résistance de ces entérobactéries atteste d'un taux très élevé de résistance aux bêtalactamines. Les valeurs maximales sont notées pour l'amoxiclline où 98.40% des

souches sont résistantes et les plus faibles résistances sont notées pour les
carbapénèmes (l'imipénème et l'ertapénème) et la cefoxitine. Les 56 entérobactéries productrices de BLSE isolées durant l'année 2017 représentent 35% de la totalité des entérobactéries isolées pendant cette période. Elles sont réparties comme suit : 23 E. coli, 22 K. pneumoniae, 4 E. cloacae, 3 M. morganii, 2 S. marcescens, 1 E. aerogenes et 1 C. freundii. Elles sont plutôt issues d'infections nosocomiales (75%) que communautaires (25%). Les services les plus concernés sont l'infectieux et la néphrologie et les prélèvements les plus incriminés sont les urines et le pus.

Ces souches EBLSE ont des résistances très élevées (100%) à la majorité des â-lactamines (AMX, AMP, TIC, C3G, C4G et l'aztréonam). Alors que l'IMP, ERT, MER, AMK et FOS restent les antibiotiques les plus actifs. Le profil plasmidique des souches EBLSE confirme qu'elles peuvent héberger de 1 à 4 types de plasmides. La caractérisation des gènes des BLSE effectuée sur l'ADN (plasmidique ou chromosomique) de 33 souchespar

l'amplification multiple des gènes (CTX-M, TEM et SHV) a permis l'obtention d'une
prévalence de CTX-M (87.87%) suivie de SHV (42.42%) et de TEM (27.27%). Toutefois, cinq souches K. pneumoniae (n=4) et E. aerogenes (n=1) semblent porter les 3 gènes de résistance en même temps, indiquant la gravité de ce phénomène.

Key Words: Enterobacteria, BLSE, plasmids, PCR-multiplex.

Résumé

Abstract

The evaluation of the resistance to the enterobacteria resulting from external patients or hospitalized in the different services of Setif CHU, from January 2013 to April 2017.

Carried out on the data of the saveguard software «Whonet 5, 6», utilized at laboratory. 2421 isolated strains of enterobacteria are identified. E.coli the most frequent strain (n = 1160), followed by K.pneumonia (n=479) and P.mirabilis (n=216).

Theses strains usually come from the hospital milieu (57.71%) and seem to attain adults rather than children where the feminine sex represents a risk factor.

The resistance profile of theses enterobacteria manifests a higher rate of resistance to beta-lactamines.

The maximal values are noted for amoxicilline where (98.40%) of the strains are resistant and the weakest resistance is noted for the carbapenemes (imipenemes and ertapenemes) and the cefoxitine. The 56 enterobacteria which produces BLSE isolated along the year 2017 represent 35% of the whole: 23 E. coli, 22 enterobacteria previously isolated during this period. They are divided as follows: K. pneumoniae, 4 E. cloacae, 3 M. morganii, 2 S. marcescens, 1 E. aerogenes and 1 C. freundii. They are the outcome of nosocomial infections (75%) rather than communitory (25%).The mostly concerned services are the infection and the nephrology services and the most requested samples are the urines and the puss.

Theses EBLSE strains possess a higher resistance (100%) to the majority of B-lactamines (AMX, AMP, TIC, C3G, C4G and aztreonam). While IMP, ERT, MER, AMK and FOS remain the most active antibiotics. The plasmidic profile of the EBLSE strains confirms that they can host from 1 to 4 types of plasmids. The EBLSE genes characterization carried out on DNA (plasmidic or chromosomic) of 33 strains via the multiple amplification of the genes (CTX-M, TEM and SHY) allowed the obtainment of a prevalence of CTX-M (87.87%) followed by SHY (42.42%) and by TEM (27.27%). However, five strains K. pneumonia (n=4) and E. aerogenes (n=1) seem to carry 3 genes of resistance at the same time, a factor that clearly indicates the seriousness of this phenomenon.

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