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Modélisation spatiale hiérarchique bayésienne de l'apparentement génétique et de l'héritabilité en milieu naturel à  l'aide de marqueurs moléculaires


par Ciré Elimane SALL
Université Montpellier II - Doctorat 2009
  

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Liste des tableaux

1 Probabilités de 2,1, et 0 allèles IBD sachant quelques relations

standards xvi

2 Probabilités conditionnelles des IBS sachant IBD, dans le cas non-consanguin à un locus; fj est la fréquence de l'allèle Aj et des allèles avec des indices différents sont distincts xvii

1.1 Probabilités d'observer le mode d'IBS sachant le mode d'IBD; fk est la fréquence de l'allèle Ak et des allèles avec des indices différents sont distincts. 2

2.1 Probabilité d'observer un couple de génotypes, à un locus chez des individus diploïdes, conditionnellement à leur mode d'apparentement : non-apparentés ou plein-frères. Les indices j, k et l représentent des allèles mutuellement différents de l'allèle i. 20

4.1 Classes de diamètre des arbres 44

4.2 Fréquences alléliques aux locus 45

4.3 Caractéristiques des différents locus 47

4.4 Hétérozygotie moyenne sur les locus 47

4.5 Test de Mantel 51

Introduction générale

L'objectif de cette introduction est d'abord de rappeler brièvement quelques notions élémentaires en génétique et définitions telles que celle de la structure de l'acide désoxyribonucléique (ADN) et celle d'un marqueur génétique qui seront utiles pour la suite. Nous présentons après la problématique des recherches en amélioration génétique et le modèle théorique de la génétique quantitative. Nous décrivons ensuite les dispositifs de recherche en sélection participative qui constituent le contexte dans lequel s'insère l'application de notre travail. Après avoir présenté les différents modes d'identité des allèles, nous définissons le coefficient d'apparentement génétique entre deux individus qui mesure la similarité génétique entre ces individus. Nous passons ensuite en revue les principales méthodes d'estimation de l'apparentement génétique et donnons enfin les objectifs de notre travail et l'organisation de ce document.

Quelques notions de génétique

Caractère Un caractère est une particularité, une caractéristique observable chez un individu; un caractère héréditaire est un caractère transmis par les ascendants à leur descendant.

Chromosome Un chromosome est un élément microscopique constitué d'une molécule d'acide désoxyribonucléique (ADN). Les chromosomes sont en nombre variable selon chaque espèce; l'espèce humaine compte 46 chromosomes répartis en 23 paires.

Gène Un gène est une quantité d'information concernant un caractère élémentaire qui est transmise par un parent à son descendant. Les chromosomes portent les gènes qui sont les supports de l'information héréditaire.

Génôme L'ensemble des chromosomes d'un individu constitue son génôme.

Locus Un locus correspond à une position précise d'un gène sur un chromosome.

Allèle Un allèle est une des formes ou versions d'un gène présent en un locus; par exemple, lorsqu'un gène A se présente sous 2 formes différentes A1 et A2 ces différentes formes sont appelées des allèles.

Génotype La combinaison des gènes présents en un locus d'un individu constitue son génotype au locus considéré, par exemple A1A1, A1A2 ou A2A2.

Phénotype Le phénotype est l'expression du génotype dans un milieu donné; le phénotype est l'ensemble des caractères apparents d'un individu et est fonction de son génotype et du milieu environnemental dans lequel vit cet individu

Homozygote Un individu portant 2 copies du même allèle à un locus, par exemple A1A1, est dit homozygote.

Hétérozygote Un individu portant 2 allèles différents à un locus, par exemple A1A2, est dit hétérozygote.

Polymorphisme Un locus est dit polymorphe lorsqu'il a plus de deux allèles; l'existence de différents allèles possibles à un locus définit le polymorphisme génétique.

Hétérozygotie moyenne L'hétérozygotie moyenne est défini par le rapport de la somme des proportions d'individus hétérozygotes à chaque locus au nombre total de locus.

Diversité allélique La diversité allèlique est donnée par le nombre moyen d'allèles par locus.

Fréquence allélique La fréquence allélique est une mesure de la fréquence relative d'un allèle à un locus donné dans l'ensemble de la population.

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