2. Performances diagnostiques des
tests
2.1 Performances du
MALDI-TOF-MS dans l'identification d'espèces bactériennes
à partir des culots de centrifugation
Des résultats mitigés ont été
enregistrés lors de l'identification d'espèces
bactériennes à partir du culot urinaire. En effet, 17% (9/53)
d'identification correcte ont été enregistré. Toutefois,
des études de comparaison de la spectrométrie de masse aux
techniques classiques d'identification bactérienne ont conclu que la
technique MALDI-TOF-MS était une méthode prometteuse dans
l'identification des bactéries directement à partir du culot
urinaire obtenu après centrifugation à faible vitesse suivie
d'une centrifugation à grande vitesse. Cette technique serait plus
sensible si les urines sont mono microbiennes avec une bactériurie =
105(Ferreira etal.,2010). En outre, la technique pourrait
être optimisée par une précipitation à
l'éthanol des protéines du culot obtenu après la double
centrifugation, suivie d'une remise en suspension de celui-ci par de l'acide
formique et de l'acétonitrile(Ferreira et al., 2011).
L'établissement d'un protocole standard
d'identification des bactéries au MALDI-TOF à partir du culot
urinaire sur un nombre important d'échantillon s'avère donc
indispensable pour uniformiser les pratiques et optimiser cette technique.
Quant aux hémocultures, l'identification à
partir des culots de suspensions a été réalisée sur
45échantillons dont 71 % (32/45) d'identification correcte.
L'identification bactérienne par MALDI-TOF-MS à partir des
suspensions d'hémocultures a donné des meilleurs résultats
comparativement au culot urinaire, P < 0,001. Ces bonnes performances sur
les flacons d'hémocultures s'expliqueraient par la présence d'un
protocole standard validé ; en outre les hémocultures
étant des milieux d'enrichissement, la charge bactérienne serait
nettement plus élevée comparativement aux urines.Mizrahiet
al. (2018) ont rapporté que la technique MALDI-TOF-MS est
performante dans le diagnostic précoce des bactériémies
à BGN et contribue à une antibiothérapie précoce
adaptée avec une sensibilité diagnostique de 89,8 %.
2.2 Performances de
l'automate ePlex® pour l'identification des espèces à partir
des produits pathologiques
Les concordances diagnostiques de l'automate ePlex® de
GenMark pour l'identification des espèces bactériennes
étaient respectivement de 95,8 % (46/48) dans les urines contre 95,3%
(41/43) dans les hémocultures. Très peu de données sur cet
appareil dans l'analyse des urines existent dans la littérature.
Cependant, il pourrait être d'un grand intérêt dans la prise
en charge rapide des ITU. Casparet al. (2017) ont rapporté des
sensibilités de 90 % dans l'identification d'espèces
bactériennes à partir des flacons d'hémocultures positives
à BGN.
| 
