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Biologie et Médecine
Comparaison de trois tests de détection rapide des β-lactamases à spectre elargi dans les échantillons d’hémocultures et d’urines
par
Hervé KAFANDO
Université Joseph Ki-Zerbo - DES de biologie clinique 2019
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DEDICACES
REMERCIEMENTS
LISTE DES FIGURES
LISTE DES TABLEAUX
LISTE DES SIGLES ET ABREVIATIONS
INTRODUCTION/ ENONCE DU PROBLEME
Chapitre 1 : Résistance bactérienne aux antibiotiques
1. Mécanismes de résistance bactérienne aux antibiotiques
1.1 Imperméabilité aux antibiotiques
1.2 Résistance par efflux
1.3 Modification de la cible
1.4 Modification des antibiotiques
2.â-lactamases des entérobactéries
2.1 â-lactamases à sérine
2.1.1 Pénicillinases
2.1.2 â-lactamases à spectre élargi
2.1.3BLSE de types TEM et SHV
2.1.4BLSE de type CTX-M
2.1.5Carbapénèmases à sérine
2.2 Métallo-â-lactamases
2.3 Oxacillinases
2.4Céphalosporinases
3. Classification des entérobactéries en fonction de leur phénotype de résistance
3.1 Groupe 0 : phénotype sensible d'espèces dépourvues de gènes de â-lactamases
3.2 Groupe 1 : phénotype céphalosporinase de bas niveau
3.3 Groupe 2 : phénotype pénicillinase bas niveau
3.4 Groupe 3 : Phénotype céphalosporinase de bas niveau
3.5 Groupe 4 : Yersinia enterocolitica et Serratia fonticola
3.6 Groupe 5 : phénotype céfuroximase
3.7 Groupe 6 : Phénotype â-lactamase à spectre étendu chromosomique
4. Impact économique et social de la résistance bactérienne
Chapitre 2 :Outils de détection de la résistance bactérienne
1. Antibiogramme
2. Outils de détection rapide
2.1 Tests immunochromatographiques
2.2 Tests chromogéniques
2.3 Tests de biologie moléculaire
DEUXIEME PARTIE : NOTRE ETUDE
1. Objectif général
2. Objectifs spécifiques
3. Cadre d'étude
4. Type d'étude
5. Analyse des échantillons
5.1 Matériel biologique
5.2 Prise en charge des hémocultures positives à Saint Louis (figure 2)
5.3 Prise en charge des échantillons d'urines à l'hôpital Saint Louis
5.4 Test chromogénique de détection de la résistance aux C3G
5.4.1 Matériel nécessaire
5.4.2 Réalisation du test à partir des flacons d'hémocultures
5.4.3 Réalisation du test à partir des échantillons d'urines
5.5 Identification des espèces bactériennesà partir des culots
5.5.1 Matériel nécessaire
5.5.2 Réalisation des identifications
5.6 Test immunochromatographique de détection de BLSE
5.6.1 Matériel nécessaire
5.6.2 Réalisation du test
5.7 Analyse des échantillons sur l'automate ePlex® de GenMark
5.7.1 Matériel nécessaire
5.7.2 Réalisation du test
6. Traitement des données
RESULTATS
1. Aspects épidémiologiques
1.1 Total des échantillons analysés
1.2 Espèces responsables d'ITU et de bactériémie
1. 3 Résistance aux antibiotiques
1.3.1 Phénotypes de résistance des entérobactéries isolées
1.3.2 Répartition des BLSE issues des uroculturesen fonction des services
2. Performances diagnostiques des tests
2.1 Identification sur MALDI-TOF-MS à partir des culots de produits pathologiques
2.2 Identification des espèces sur l'automate ePlex® de GenMark
2.3 Détection des gènes de résistance sur ePlex®
2.4Détection des BLSE par les tests immunochromatographiques
2.5Mise en évidence de la résistance aux C3G par le test â-LACTATM
2.6 Résultats comparés du diagnostic de la résistance aux C3G par production de BLSE
DISCUSSION
1. Aspects épidémiologiques
1.1 Répartition des échantillons analysés
1.2 Fréquence des germes responsables de bactériémie
1.3 Fréquence des germes responsables d'infection du tractus urinaire
1.4 Fréquence des BLSE parmi les entérobactéries isolées dans les hémocultures
1.5 Fréquence des entérobactéries uropathogènes productrice de BLSE
2. Performances diagnostiques des tests
2.1 Performances du MALDI-TOF-MS dans l'identification d'espèces bactériennes à partir des culots de centrifugation
2.2 Performances de l'automate ePlex® pour l'identification des espèces à partir des produits pathologiques
2.3 Performances de l'automate ePlex® pour la détection des gènes de résistance
2.4 Performances du NG-Test-CTX-M MULTI dans la détection des BLSE
2.5 Performances du â-LACTATMtest dans la détection des BLSE
3. Avantages et limites des trois tests étudiés
CONCLUSION
Recommandations
Perspectives
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES
RESUME
ABSTRACT
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Corneille