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Epidemiologie et caracterisation moleculaire de salmonella et shigella, chez les patients souffrants de diarrhée aiguë à  N'Djamena au Tchad


par N'gare Hassan Mahamat Tahir
Université de N'Djamena - Doctorat en Biologie 2025
  

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Ce travail a pu être réalisé grâce au soutien des institutions et aux conseils de nombreuses personnes ; qu'il nous soit permis de les remercier :

Aux autorités de l'Université de N'Djamena en particulier à la Presidence de l'Université de N'djamena, nous exprimons toutes nos salutations et nos remerciements. Ce travail réalisé est le fruit d'une collaboration internationale entre le Laboratoire de Biochimie et ImmunuologieAppliqué(LABIA) à l'Université Joseph Ki-Zerbo au Burkina Faso.

ü Au président de l'université de N'Djamena, MAHAMAT SALEH DAOUSSA HAGGAR maitre de conférences, spécilialitéMathématique, Enseignant à la faculté des sciences exactes et appliqués, qui a donné toute sa vie pour faire de cet institut un pôle africain de référence en matière de recherches scientifique et biomédicale. Merci pour m'avoir permis de poursuivre la réalisation de mes rêves dans la vie scientifique et surtout d'avoir approuvé mon stage de thèse au sein de cette illustre institution de recherche dont vous dirigez. Que le bon Dieu vous accompagne dans votre vie de chaque jour, qu'il vous comble de sa riche bénédiction.

ü A notre Maître et Directeur de thèse Pr Ali Mahamat Moussa, Professeur Titulairede Gastro-EnteroHépatologie,enseignant à la faculté des sciences et santé humaine.Cher Professeur, vous avez su à la fois me laisser toute l'initiative et rester disponible pour me faire profiter de l'entendu de votre savoir et la profondeur de vos idées pour mieux orienter ce travail .Cher Maître, qu'il nous soit permis ici de vous témoigner toute ma reconnaissance de m'avoir accepté comme thésard. Vos qualités sont admirables. Votre amour pour le travail bien fait, votre disponibilité et votre courtoisie nous ont toujours impressionnés. Que le bon Dieu vous accorde sa riche bénédiction et sa protection divine.

ü Pr Aly SAVADOGO, Professeur Titulairede Biochimie-Microbiologie Je vous suis très reconnaissant et exprime toute ma profonde gratitude, Merci pour toutes les remarques que vous nous avez apportées pour l'amélioration du document. Recevez toute ma reconnaissance et gratitude,

ü A la Direction du CHU de la Mère et de l'Enfant de N'Djamena, pour m'avoir accepté dans son institution pour ma recherche et réalisation de mes travaux, 

ü M AHMAT MAHAMAT AHMAT, YACOUB MAHAMAT ALLAMINE, AMINA KANIKA, ADOUM MAHAMAT OUMAR, AFFAF IDRISS et Dr OUMALKHER YOUSSOUF, membre du groupe de recherches et d'avoir accepté de nous suivre dans la réalisation de plusieurs de nos travaux de recherches. Que Dieu vous bénisse.

ü A la Direction du Centre Hospitalier Universitaire Mere et EnfantQu'il nous soit permis de remercier très sincèrement les responsables du CHU ME qui nous ont permis de faire la collecte dans leur institution. Merci à vous.

ü Aux Responsables des Hôpitaux des Districts Qu'il nous soit permis de remercier très sincèrement les responsables des Hôpitaux qui nous ont permis de faire la collecte dans leur institution. Merci à vous.

ü Aux Techniciens de Laboratoire de Recherche Diagnostic et expertises Scientifiques (LaboREDES).Qu'il nous soit permis de vous remercier très sincèrement pour vos conseils et votre bonne collaboration. 

ü Aux Techniciens de Laoratoire du Centre Hospitalier Universitaire Mere et Enfant (CHU ME)Qu'il nous soit permis de vous remercier très sincèrement pour vos conseils et votre bonne collaboration. 

ü A mes Collaborateurs du Programme National de Lutte Contre les Cancers Un grand Merci à vous. Vous avez toujours été à mes côtés pour m'encourager et prodiguer des conseils pour arriver à terme de cette thèse Trouver en ce travail votre récompense,

ü DR CISSE HAMACher Dr et toute votre équipe, retrouver ici l'expression de nos sincères remerciements. Vous nous avez ouvert la porte de votre laboratoire en nous aidant à réaliser la partie moléculaire de ce travail de thèse. Merci infiniment pour votre bonne collaboration.

ü A LA COOPERATION FRANCAISE

Grace à vous, nous avons eu à bénéficier d' une bourse de terrain qui nous à permis de nous descendre sur le terrain et payer des reactifs, qu'il nous soit permis de vous adresser toute notre reconnaissance.

Liste des sigles et Abreviations

ADN : Acide désoxyribonucléique

AVCI : Année de vie corrigée de l'incapacité.

BCC  : Bouillon Coeur Cervelle.

BLSE/ESBL : Bêta-Lactamases à Spectre Élargi/ Estended-Spectrum-Beta- lactamases.

CA-SFM  : Comité de l'Antibiogramme de la Société Française de Microbiologie.

BMR  : Bactérie Multi-résistante.

CDC  : Center for Diseases Control and prevention/Centre Américain pour le Contrôle

etla prévention des maladies.

CE/EC  : Commission Européenne/ EuropeanCommision.

CIG  : Céphalosporines de première génération

G  : Céphalosporines de deuxième génération

C3G : céphalosporines de troisième génération

C4G : céphalosporines de quatrième génération

CTX-M :céfotaximases-Munich

CLSI : ClinicalLaboratory Standards Institute/Institut de Normes de Laboratoire

Clinique.

CMI  : Concentration Minimale Inhibitrice.

CMB  : Concentration Minimale Bactéricide.

CNRVC-IPP : Centre National de Recherche des Vibrions et de Choléra-Institut Pasteur de Paris.

CTX-M  : Céfotaximase.

ECEH  : Escherichia coli entérohémorragique.

EFSA :Agence Europèenne de la Sécurité Sanitaire.

ELISA  : Enzyme-linkedImmunoabsorbentAssays/Immunosorption enzymatique.

EPA/EPS  : Eau Peptonée Alcaline/ Eau Peptonée Saline.

EMB  : Éosine Bleu de Méthylène.

FAO  : Organisation des Nations Unies pour l'Alimentation et l'Agriculture.

ICMSF : International Commission on Microbiological Specifications for Foods

/ Commission Internationale sur les Spécifications (caratéristiques)

Microbiologiques pour les Aliments.

INSEED  : Institut National des Statistiques et des Études Économiques et Démographiques.

INSD : Institut National de la Statistique et de la Démographie.

LPS:Lipolysaccharides.

MDR  : Résistance à de multiples antibiotiques, traduit de l'anglais « Multi-Drug

Resistance ».

MH : Mueller-Hinton.

NCCLS : National Committee for ClinicalLaboratory Standards /Comité National pour les

normes de Laboratoire clinique.

OMP ou Omp : Outer Membrane Protein /Protéine de la Membrane Externe.

OMS/WHO  :Organistion Mondiale de la Santé/ World HealthOrganization.

PCR : Polymérase Chaîne Réaction/ Reaction Chain Polymerase. 

PFGE  : Pulsedfield gel electrophoresis/Electrophorèse Gel d'agarose en champ pulsé.

PLP  : Protéine Liant la Pénicilline.

TCBS  : Thiosulfate Bile Citrate Saccharose.

TEM  : Temoniera.

RPLA  : Reverse Passive Latex Agglutination/ Agglutination Inverse Passive du Latex.

SHV  : Sulfhydrile Variable.

SSEI  : Service de Surveillance Épidémiologique Intégrée.

UFC  : Unité Formant Colonie.

UI  : Unité internationale.

UNICEF  : United Nations International Children's Emergency Fund/Fonds des Nations

Unies pour l'Enfance.

UV  : Ultra-violets.

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