Epidemiologie et caracterisation moleculaire de salmonella et shigella, chez les patients souffrants de diarrhée aiguë à N'Djamena au Tchad

• DEDICACES
  
• Remerciements
  

• Ce travail a pu être réalisé grâce au soutien des institutions et aux conseils de nombreuses personnes ; qu'il nous soit permis de les remercier :
  
  • Liste des sigles et Abreviations
    
  • Liste des figure
    
  • Liste des tableaux
    
• RESUME
  
• ABSTRACT
  
• INTRODUCTION GENERALE
  
• Chapitre.1. Généralités sur lesSalmonellaet Shigella
  
  • 1.1 Définition de la diarrhée
    
  • 1.2Ampleur des diarrhées
    
  • 1. 2.1. Dans le monde
    
  • 1.2.2. En Afrique
    
  • 1.3. Epidémiologie des diarrhées infantiles
    
  • 1.3.1. Les bactéries :Salmonella et Shigella
    
  • 1.3.2 facteurs environnementaux favorisant les infections diarrhéiques
    
  • 1.3.2Lutte contre les maladies diarrhéiques
    
  • 2. Genre Salmonella
    
  • 2.1 Définition
    
  • Les Salmonelles sont des bactéries entériques en forme de bâtonnet, anaérobies facultatifs, à Gram négatif, avec des flagelles péritriches, de 0,7-1,5 ×2,0-2,5 ìm ; elles sont généralement mobiles, mais certains sérovars sont immobiles comme Salmonella Gallinarumpullorum et d'autres ont perdu leurs flagelles. Les Salmonella appartiennent à la famille des Enterobacteriaceae et possèdent toutes leurs caractéristiques biochimiques.
    
  • 2.2Historique
    
  • 2.3.Caractéristiques morphologiques des salmonelles
    
  • 2.4Taxonomie et nomenclature
    
  • 2.6 Caractères biochimiques
    
  • 2.7 Pouvoir pathogène des Salmonelles
    
  • 2.8 Caractéristiques antigéniques :
    
  • 2.9 génome de Salmonella
    
  • 2. 10 Mécanismes de virulence
    
  • 2.11. pouvoir pathogène des Salmonelles
    
  • 2.11.1 gastro-entérites
    
  • 2.11.2 infections systémiques ou fièvre typhoïde
    
  • 2.11.3. Toxi-infections alimentaires collectives
    
  • 2.12. Cycle infectieux de Salmonelle
    
  • 3. GenreShigella
    
  • 3.1 Caractères morphologiques
    
  • 3.2 Caractères culturaux et biochimiques
    
  • 3.4 Epidémiologie
    
  • 3.5Pouvoir Pathogène
    
  • 3.5.5 Bases du Traitement
    
  • 3.6Shigella Vaccin
    
• Chapitre.2 Antibiotiques
  
  • 2.1. Définition
    
  • 2.2Resistance Bactérienne
    
  • De nos jours beaucoup d'antibiotiques sont connus, mais leur surconsommation entraîne des résistances de certaines bactéries à certains d'entre eux, et même des multi résistances, au point de rendre à nouveau incurables les premières maladies que nous avons traitées avec succès avec les premiers antibiotiques(Carrière, 2001 ;Andremont A, 2011 ; Gangoue, 2007)).
    
  • 2.2.1. Définition
    
  • 2.2.2 Résistance naturelle
    
  • 2.2.3 Résistance acquise 
    
  • 2.2.4 Causes des résistances acquises
    
  • 2.2.5 résistance croisée
    
  • 2.2.6 Mécanismes biochimiques de la résistance
    
  • v Diminution de la perméabilité de la membrane à l'antibiotique
    
  • v modification de cibles
    
  • v Excrétion par des systèmes d'efflux
    
  • 2.2.7Salmonella et résistance aux antimicrobiens
    
  • Photo 7 : Centre Hospitalier Universitaire de la Mère et de l'Enfant
    
  • 1.2. Typeet période d'étude
    
  • 1.4 Échantillonnage
    
  • 1.3 .1 Enquêtes
    
  • 1.3.2 Procédure de collecte des données
    
  • 1.3.3 Critère d'inclusion
    
  • 1.4 Analyses microbiologiques et moléculaires
    
  • 1.4.1 Enregistrement des selles
    
  • 1.4.2 Examen macroscopique
    
  • 1.4.3. Examen microscopique
    
  • 2.5 Analyses microbiologiques
    
  • 1.5.1 Méthodes Manuelles de Coproculture
    
  • 1.5.3. Préparation des échantillons des selles
    
  • 1.5.4. Enrichissement
    
  • 1.5. Isolement
    
  • 3.4. Identification des agents bactériens
    
  • 3.4.3. Préparation de la gélose Muller Hinton
    
  • 3.4.4 Préparation de l'inoculum
    
  • 3.4.5 Ensemencement de l'inoculum
    
  • 3.4.6 Choix des disques
    
  • 3.4.7 Application des disques imprégnés d'antibiotiques
    
  • 3.4.8. Lecture et interprétation
    
  • 1.5. Méthodes Manuelles par l'hémoculture
    
  • 1.6. Analyses sérologiques
    
• Chapitre 2. Profil de résistance aux antibiotiques des Salmonella et Shigella isolés
  
  • 2.1 Méthode de diffusion en milieu gélosé
    
  • 2.2 Les disques d'antibiotiques
    
  • 2.3 Conservation des souches isolées
    
  • 2.4 Caractérisation moléculaire de Salmonella
    
  • 2.4.1 Extraction de l'ADN bactérien
    
  • 2.4.2. Préparation du mélange réactionnel
    
  • 2.4.3. Amplification des extraits d'ADN
    
  • 2.4.4. Préparation du gel d'agarose
    
  • 2.4.5. Electrophorèse de produit PCR
    
  • 2.4.6. Traitement du gel
    
  • 2.4.7. Construction de l'arbre phylogénétique
    
  • 2.4.8 Contrôle des milieux
    
  • 2.4.9 Traitement des données.
    
  • 1.4.10 Considération éthiqueet administratives
    
  • 3emePARTIE : RESULTATS
    
• Chapitre .1 .Nombre et origine des échantillons biologiques collectés et analysés
  
  • 3.2Origine géographique des échantillons
    
  • 3.2.2 Répartition des échantillons en fonction de la nature de produit pathologique et des sites
    
  • 3.3Identification des sérotypes des agents bactériens isolés
    
  • 3.4.3 Répartition mensuelle des cas de diarrhées et agents bactériens
    
  • 3.4.4 Types et nombre des sérotypes identifiés
    
  • 3.4.5 Facteurs de risque associés à l'infection par les sérotypes des agents bactériens isolés
    
  • 3.4.6 Différentes espèces de Salmonella et Shigellaet leurs facteurs de risques d'infection à Ndjamena
    
• Chapitre 2.Profil de résistance aux antibiotiques des Salmonella et Shigella isolés
  
  • 2.1 Analyse de l'efficacité des antibiotiques face aux agents bactériens isolés
    
• Chapitre 3.Caractérisation moléculaire des agents bactériens identifiés
  
  • 3.1 Caractérisation moléculaire des souches de salmonella isoléespar la Technique (GTG) -PCR
    
  • 3.1 Comparaison des profils de l'arbre phylogénétique
    
  • 4eme Partie : DISCUSSION
    
  • 4 . DISCUSSION GENERALE
    
  • 4.1 Nombre et origine des échantillons biologiques collectés et analysés
    
  • Caractéristiquesociodémographique
    
  • 4.2 Profil de résistance aux antibiotiques des Salmonella et Shigella isolés
    
  • 4.3 Caractérisation moléculaire des agents bactériens identifiés
    
• CONCLUSION ET PERSPECTIVES
  
• PERSPECTIVES
  
• ANNEXE
  
  • Liste des articles et communication