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Epidemiologie et caracterisation moleculaire de salmonella et shigella, chez les patients souffrants de diarrhée aiguë à  N'Djamena au Tchad


par N'gare Hassan Mahamat Tahir
Université de N'Djamena - Doctorat en Biologie 2025
  

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3.4.7 Application des disques imprégnés d'antibiotiques

Les antibiotiques utilisés pour l'antibiogramme provenaient des disques Bio Mérieux et Bio Rad. Ils ont été placés individuellement avec des pinces stériles. Le nombre des disques par boite de pétri devait être de telle sorte que les zones d'inhibitions ne se coupaient pas afin de permettre la lecture des diamètres dans plusieurs directions. Le nombre de disque choisi variait entre 6 à 7 par boite de 90 millimètres.

Photo 16 : Disposition de disque d'antibiogramme

3.4.8. Lecture et interprétation

Après 24 heures d'incubation, les zones d'inhibition circulaires autour de chaque disque ont été mesurées à l'aide d'une règle graduée et comparées aux zones d'inhibition standard. Les diamètres critiques ont été proposés par le fabricant conformément au NCCLS. (Performances standards for Antimicrobiolsucceptibillitytesting).

1.5. Méthodes Manuelles par l'hémoculture

Le diagnostic des bactériémies repose sur une mise en culture des bactéries éventuellement présente dans le sang, appelée hémoculture (diagnostic au laboratoire des bacteriémie, 2023). En règle générale, une hémoculture correspond à une paire de flacon aérobie et un flacon anaérobie (diagnostic au laboratoire des bacteriémie, 2023).

La prescription des hémocultures se justifient dans les cas suivants :

· Présence des signes de sepsis (hyperthermie > 38.5°, hypothermie < 36.5°, · frissons...)

· Suspicion d'endocardite infectieuse (fièvre, souffle au coeur.) ;

· Existence d'une fièvre inexpliquée chez une femme enceinte, un nouveau-né ou un patient immunodéprimé ;

· Patients à risque (aplasie par exemple).

Le prélèvement doit répondre à 3 objectifs :

· Limiter au maximum le risque d'exposition au sang du préleveur (VHB, VIH) ;

· Limiter au maximum la contamination microbienne du prélèvement ;

· Prélever une quantité de sang suffisante.

Les hémocultures inoculées sont acheminées au laboratoire sans tarder.
Lorsque le laboratoire utilise un automate d'hémoculture, pour éviter que la croissance bactérienne débute avant le dépôt des flacons dans l'automate, il est recommandé de ne pas placer les flacons ensemencés à 37°C.

Pour faire l'incubation on doit homogénéiser le sang et le bouillon par retournement des flacons puis on va incliner 5 à10 minutes le flacon aérobie afin de recouvrir et ainsi ensemencer la partie et ainsi ensemencer la partie. L'incuber à 37°C en position verticale le flacon d'hémoculture.

Examen visuel des flacons 1 à 2 fois par jour pendant 10 jours. Chaque jour, on inspecte les flacons pour rechercher les signes témoignant d'une croissance visible. Sur la gélose présence des colonies et dans le bouillon apparition d'un trouble ou d'une hémolyse.

Un flacon négatif montrera un culot globulaire rouge vif et le bouillon reste limpide et un résultat positif s'observe lorsque le mélange sang bouillon dépasse le manchon de l'indicateur de croissance.

Dans le cadre de la démarche qualité, et pour une bonne traçabilité, les prélèvements reçus au laboratoire sont inscrits dans les registres de laboratoire et saisis sur support informatique. Volume sanguin : le nombre de bactéries par ml de sang étant en général faible, il importe de prélever une quantité suffisante de sang :

ü Pour l'adulte, 10 ml par ponction veineuse périphérique. La veine du pli du coude est la plus indiquée.

Chez l'enfant ou le nouveau-né, le volume de sang à prélever doit être déterminé par le médecin traitant. Pour le nouveau-né, il est souvent difficile d'obtenir plus d'1 à 2 ml de sang. Chez l'enfant 2 a 5 ml de sang peuvent suffire. Un volume de 5 ml de sang est prélevé sur le patient et injecte directement dans les flacons d'hémoculture et incubé à l'étuve pendant une semaine. Lorsqu'on constate après une semaine des turbidités dans le flacon d'hémoculture, on va faire le gram, si c'est les bactéries à Gram négatif qui sont observées, la référence est faite à l'organigramme ainsi qu'il suit si le micro- organisme pousse sur la gélose au sang, faire un test d'oxydase et inoculer une galerie API 20 E. Les Enterobacteriacea (tels que Salmonella, Shigella) sont oxydase- négatifs. Pour le test d'oxydase l'aide de pince une goutte de réactif d'oxydase a été déposée sur le papier buvard, placé sur une lame porte objet. Ensuite une colonie bien isolée et représentative a été prélevée à l'aide de l'anse, puis frottée doucement sur le papier buvard. Le test est positif lorsqu' une coloration violette apparait dans un délai de 30 secondes. En absence de coloration ou coloration au-delà de 30 secondes le test est négatif (Paul, 2004). Dans ce test les caractéristiques des Salmonella, Shigella ont : oxydase (-).

Si les micro-organismes isoles sont identifiés comme étant Salmonella, Shigella et confirmer par la galerie API 20E, À l'aide d'une pipette, ont été introduit la suspension bactérienne dans les microtubes de la galerie. L'incubation s'est faite à 37°C pendant 24 heures. La lecture de ces réactions se faits à l'aide du tableau de lectureet l'identification des souches est obtenue à l'aide du tableau d'identification du catalogue analytique et faire l'antibiogramme pour les sensibilités des germes.

Figure 16: Hemoculture Negative Figure 17: Hemoculture Positive

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