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Epidemiologie et caracterisation moleculaire de salmonella et shigella, chez les patients souffrants de diarrhée aiguë à  N'Djamena au Tchad


par N'gare Hassan Mahamat Tahir
Université de N'Djamena - Doctorat en Biologie 2025
  

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4eme Partie : DISCUSSION

4 . DISCUSSION GENERALE

4.1 Nombre et origine des échantillons biologiques collectés et analysés

Caractéristiquesociodémographique

L'étude a été menée pour actualiser la connaissance sur l'épidemiologie et la caracterisationmoleculaire sur les souches de Salmonella et Shigellaresponsable des gastroenterites aigues chez les patients souffrants des diarrhées aigues dans les quatre hopitaux des districts dans la ville de N'Djamena au Tchad. Nous avons pu isoler cinquante (50) souches des enteropathogene : Salmonella et shigella à l'issue de cette étude, soit une prévalence de 3,64% (50/1370). Tous les enteropathogenes isolés telsquesSalmonella et shiegella peuvent, provoquer des maladies systémiques chez l'homme ayant un statut immunitaire faible, ce taux de prévalence observé dans cette étude met en exergue un problème de santé publique alarmant.Des resultats presque similaires ont été observés par Abba (2023) au Tchad, par Sylla (2020) au Mali et par Bessimbaye (2013) au tchadrespectivement 2%,1,8 et 2,90%.

Par ailleurs une légère différence entre nos résultats et celui de Tabo et al. (2015) (9,3%) a été observé. Cela pourrait s'expliquer par le fait que Tabo et al. (2015) avaient travaillé dans cinq (5) hôpitaux de la ville de N'Djamena au Tchad et notre étude a concerné que quatre hopitaux des districts et le Centre Hospitalier Universitaire de la Mere et de l'Enfant de N'Djamena.

Cependant, nos résultats sont inférieurs à ceux observés au Nigeria (53,33%) par Emmanuel et al. (2018), au Burkina (39%) Somda et al. (2017) et au Congo (20,3%) par Lunguya et al. (2012). Ces résultats pourraient s'expliquer par l'utilisation des eaux souterraines (Forage) par la population de N'Djamena (Tchad) et des eaux des barrages remplies des microorganismes à Ouagadougou (Burkina Faso).

Identification des sérotypes des agents bactériens isolés

Les échantillons de selles et du sang collectés dans les quatre hopitaux des districts et le CHU ME présentaient des aspects des sang (23, 35%) cas. La consistance des selles était liquide dans cas (26,56%), pâteuse (23,21%), molle cas (23,13%) et Moulée da (6,36%).Cela pourrait s'expliquer par le fait que la consistance des selles (liquide) attestent d'une hémolyse et d'une perte d'eau susceptible d'exposer les malades à l'anémie sevère, à la perte des electrolytes et à la déshydratation pouvant les conduire à la mort. Aussi les aspects sanguinolents des selles seraientt les indicateurs des infections dues à la shigelose à Shigella dysenteriae1.

Les différents aspects et consistance des selles ont été respectivement rapportés par Dao etal. (2007) à Bamako (Mali) : les aspects glaireux dans 14 cas (18,4 %), la consistance des selles liquides dans 40 cas (52,6 %), et la consistance polymorphe dans8 cas (10,5 %).

Le taux des selles liquides a été rapporté en hausse par Reitheret al. (2007) dans 75,3 % au Ghana. La cause de ces diarrhées liquides sont nombreuses : inflammation de l'intestin grêle, du colon, par les bactéries, les parasites, les virus, l'usage chronique de l'alcool pourrait endommager la muqueuse intestinale exposant la personne aux maladies diarrhéiques, l'utilisation abusive des antibiotiques qui détruirait la flore normale de l'intestin et enfin l'ingestion des aliments mal cuits ou souillés par les microorganismes pathogènes.

La forte prévalence de ces infections diarrhéiques serait liée aux conditions de vie précaires des populations dans les pays en développement. Le Fonds des Nations Unies pour l'enfance (UNICEF) en 2007 à aussi rapporté qu'environ 5000 enfants meurent chaque jour des diverses maladies et 1,5 millions mourraient des maladies associées aux mauvaises conditions de vie et manque d'hygiène sanitaire chaque année. Cela pourrait s'expliquer par la vulnérabilité due à la faiblesse de l'immunité de ce groupe vis-à-vis des maladies diarrhéiques.

Sur les 50 agents bactériens isolés, (28,32%) provenaient des selles d'enfants de 0 à 5 ans. De tel taux a été également rapporté par Sanouet al. (1999) au Burkina Faso. Plusieurs auteurs ont expliqué ce taux de prévalence de diarrhées des enfants de 0 à 5 ans par une instauration progressive de l'immunité chez les enfants de 0 à 1 an, la malnutrition ou la contamination au niveau de leur alimentation dans le ménage et le comportement hygiénique des parents. La persistance de ces maladies diarrhéiques à entéropathogènes et le manquement aux règles d'hygiène à tous les niveaux de la vie des populations et spécialement à la mauvaise alimentation sur le plan qualité a été rapportée par Barro etal. (2005) au Burkina Faso. En effet plusieurs études réalisées sur les aliments de rue très consommées ont révélé que ceux-ci sont souvent contaminés par des entéropathogènes (Barro et al., 2002 ; Barro et Traore 2008). L'environnement dans lequel la vie quotidienne se mène se trouve être le grand réservoir de pathogènes en cohabitation.

La fréquence de 24% des agents bactériens obtenus à N'Djamena montre que ceux-ci peuvent être considérés comme un problème de santé publique pour la population Tchadienne. Cela montrerait que les agents bactériens demeurent la principale cause de diarrhées mortelles dans les pays en développement. On a estimé que la diarrhée a tué 2,2 millions de personnes en 1998, dont la plupart était âgée de moins de 5 ans (OMS, 2000).

Facteurs de risque associés à l'infection par les sérotypes des agents bactériens isolés

D'une manière générale les espèces du genre Salmonella et Les Shigella ont été les plus retrouvées dans notre étude. Cela pourrait s'expliquer par l'utilisation des eaux non potables. La fréquence relativement élevée des Salmonella a été également rapporté par Cardinale etal. (2005) dans 43% des cas. Cette fréquence montre que les diarrhées à Salmonella sont très fréquentes dans les pays en développement et seraient liées à la promiscuité avec certains animaux dans des mauvaises conditions d'hygiène individuelles collectives et alimentaires (Barro etal, 2002 ; Dupeyron, 1997). Les Shigella ont été isolés à un taux de 60 % des cas dans notre étude à Ouagadougou mais Sanouetal, 1999 ont rapporté un taux élevé de 42 % au Burkina Faso.

La répartition des agents bactériens dans notre etude selon le sexe observé, Il ressort de ce résultat qu'aucune différence significative entre le sexe et le résultat total avec la P-value de 0,122. Ce résultat montre tout de même que le sexe féminin était plus positif à la culture par rapport au sexe masculin avec respectivement un taux de 66,1% et 53,2%. On note cependant une légère augmentation du taux d'infection chez les femmes par rapport aux hommes. La prévalence relativement élevée chez les femmes pourrait s'expliquer par l'inobservation des règles élémentaires d'hygiène liées à leur taux de non scolarisation élevé (89 %) selon Podaetal (2003) à Ouagadougou.

Pendant notre etude,nous avons observé une prévalence élevée des cas de diarrhées et agents bactériens des mois d'Août, Septembre et Octobre lors de l'enquête sur les maladies diarrhéiques. Cela pourrait s'expliquer par le faite que les déchéts déversés par ces fleuves sont les sources bien connues des maladies diarrhéiques et d'autres complications sanitaires de la population riveraine et voire générale du Tchad. L'infiltration étant importante et la montée de la nappe phréatique pendant la période de la saison des pluies pouvant provoquées des contaminations de certaines eaux souterraines de pompes et des puits de consommation courantes dans les périphéries de N'Djamena et des villages seraient également la cause principale des maladies diarrhéiques au Tchad et même partout en Afrique.

. Les caractéristiques individuelles des ménages, le niveau de scolarisation de la mère, la nature de sites urbains et la source d'approvisionnement en eau ont été également indexés comme facteurs des risques des maladies diarrhéiques à Yaoundé au Cameroun par Yongsiet al (2008).

La distribution des souches de Salmonella et Shigelladans cette étude comprenait S. typhi, s.par typhi A et B, de meme que shigella dysenteria, shigella flexina. La forte prévalence de ces microorganismes parmi les isolats révèle que ces agents pathogènes constituent toujours la cause principale des gastro-entérites dans le pays. Alioet al. (2017) au Mali ont montré qu'en Afrique les sérotypes majeurs de Salmonella retrouvés chez l'homme sont S. typhimurium suivi de S. enteritidis et S. typhi. Quant à Vandenberg et al. (2010) (22%) ont montré qu'au Congo sur les Salmonella non typhoïdiques isolées à partir d'hémocultures d'enfants dans un hôpital de district rural.

Par ailleurs, depuis 2004, le sérotype S. Enteritidis a repris la 1ère place des sérotypes responsables des salmonelloses humaines en France (Weill et al., 2016 ; Weill et al., 2020). Ce changement de situation pourraitêtre expliqué par le niveau d'hygiène acceptable des pays développés comme la France.

Cette faible prévalence pourrait aussi s'expliquer du fait que dans certains pays en développement, les campagnes de sensibilisation sur les règles de bonne pratique d'hygiène au cours des dernières années se sont considérablement améliorées. Ces améliorations ont par conséquent réduit le taux de décès global dû aux maladies diarrhéiques bactériennes (Sarantuya et al., 2004). Il serait important de continuer d'observer les mesures barrières et d'hygiènes des mains et environnementales.

Il est donc important et urgent de mener des études sur la qualité de l'eau de boisson et mener des compagnes de sensibilisation sur la technique de forage et leur traitement afin d'éviter la prolifération des souches pathogènes dans les eaux de boisson qui seraient un problème de santé publique. Pour mieux comprendre les mécanismes pathogéniques des souches deSalmonella et Shigella responsables de gastroentérites, en plus des facteurs de virulence, l'étude de la sensibilité aux antibiotiques a été également réalisée à travers les méthodes phénotypiques.

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