Chapitre 3.Caractérisation moléculaire des agents
bactériens identifiés
3.1 Caractérisation
moléculaire des souches de salmonella isoléespar la Technique
(GTG) -PCR
Toutes les PCR ont été
répétées au moins deux fois afin de nous assurer de la
fiabilité et de la reproductibilité de nos résultats.
La figure 21 : (A et B) nous montre les différents
profils d'empreinte des souches de salmonellapar la Rep-PCR. Toutes
les souches de salmonellaprésentaient un profil (GTG) 5-PCR.
Les chiffres 1 à 20 montrent les empreintes génétiques des
souches étudiées. La caractérisation moléculaire a
confirmé que sur les 20 souches identifiées, 16 étaient
positives à l'amorce universel GTG5 (5'-GTGGTGGTGGTGGTG-3')
utilisée pour la détection de salmonella.
A
B
Figure 21: Profil d'empreinte
génétique de souche de salmonella par rep-pcr
Légende : PB= paire de base, M= masse
moléculaire, TN= témoin négatif, TP= témoin
positif, 1 à 20 souches de salmonella
analysées.
Chaque groupe des salmonella ont été
réalisées comme marqueurs génétiques, dans le but
de comparer les profils phylogénétiques et les liens de
clonalité de nos souches entre elles.
Dans le génome bactérien, certaines
séquences génétiques sont répétées
à plusieurs endroits. Les amorces rep-PCR sont conçues pour
amplifier les séquences autour des éléments
répétitifs. Les mutations peuvent modifier la séquence du
génome et la rep-PCR peut être utilisée comme outil de
diagnostic.
En effet, alors que les modèles d'empreinte d'ADN
rep-PCR sont considérés comme stables sur de nombreuses
générations de microbes croissance Kang et al,2003. L'impression
par PCR peut être utilisée pour étudier l'évolution
du génome microbien Ishii et al,2009. La rep-PCR a permis
d'étudier vingt souches de salmonella.
L'électrophorèse des produits PCR nous a permis d'obtenir des
informations sur les empreintes génétiques de chaque souche. Les
profils révèlent des bandes caractéristiques des souches
de référence utilisées dans cette
étude SalmonellaATCC 13076 (quatre bandes
caractéristiques à 200 pb, 300 pb, 500 pb et 1000 paire de base.
Les différentes photos montrant les profils moléculaires
représentatifs des différents sérotypes de
Salmonella étudiés.
3.1 Comparaison des profils de
l'arbre phylogénétique
L'arbre phylogénétique obtenu présente la
relation entre les différentes souches étudiées
grâce à leur profil génétique en comparaison avec la
souche de référence SalmonellaATCC 13076.
La relation familiale des souches a
étédéterminée par la ligne droite verticale
à 96 % sur le dendrogramme. À travers le dendrogramme, on peut
voir que la souche de référence SalmonellaATCC 13076est
positionnée au même endroit que la souche S11. L'analyse
de l'arbre phylogénétique montre qu'il existe une
diversité entre les souches étudiées. Vingt souches ont
ainsi été obtenus.
CopheneticCorrelation
Coefficient (CP) = 0,96
Figure 22: Dendrogramme basé sur des empreintes de
(GTG)5-PCR sur les souches cliniques de Salmonella selon l'algorithme
de l'UPGMA
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