RESUME
Introduction
Dans les pays en voie de développement, les maladies
infectieuses d'origine alimentaire, principalement attribuables aux genres
Salmonella et Shigella, représentent un problème de
santé majeur. Les Salmonella et Shigella, sont des
espèces bactériennes les plus courantes impliquées dans
divers types d'infections, y compris la septicémie et la
gastro-entérite. Ceux-ci impliquent plusieurs clones bactériens
présentant une résistance aux multimédicaments, ce qui les
rend difficiles à traiter. L'objectif de notre étude était
détecter les espèces de Salmonella et Shigella dans les
échantillons pathologiques de selles et du sang, afin d'évaluer
leur prévalence en relation avec les facteurs de risque, de
caractériser leur profil de résistance face aux antibiotiques, et
de reconstruire leur arbre phylogénétique pour comprendre leur
origine.
Materiel et Methodes
Les échantillons ont été
prélevés auprès de patients hospitalisés et de
patients externes dans quatre hôpitaux de district à savoir :
hopital de distrisctEst ,Hopital de District Centre , Hopital de
district Sud, Hopital de district Nord ainsi qu'au Centre Hospitalier de la
Mère et de l'Enfant, sur une période s'étendant de juin
2021 à décembre 2023. Les selles des patients du CHU ME ont
été prélevées dans des flacons stériles,
tandis que des écouvillons ont été utilisés pour
les patients des hôpitaux de district de N'djamena. De plus, le sang des
patients présentant une fièvre supérieure à 38
degrés Celsius a été utilisée pour
l'hémoculture. Le test de sensibilité antimicrobienne a
été réalisé à l'aide de la méthode
CA-SFM /EUCAST et les souches ont été identifiées par des
tests microbiologiques conventionnels.
L'ADN bactérien a été extrait par
méthode d'ébullition. (GTG) -PCR a été
utilisé pour le sous-typage de la souche. Le logiciel Dendro- UPGMA a
été utilisé pour regrouper les souches à partir des
empreintes génétiques obtenues par (GTG) -PCR.
Résultats et discussions
Un total de 1350 patients a été
enregistré dans quatre hôpitaux de district ainsi qu'au Centre
Hospitalier Universitaire de la Mère et de l'Enfant pour des cas de
gastro-entérites aiguës.
cinquante(50) souches ont été isolées,
dont trente (30)Shigella et vingt (20) Salmonella. Nous
avons observé une différence significative dans l'incidence des
infections bactériennes chez les enfants de 0 à 5 ans et les
adultes de plus de 21 ans par rapport aux autres groupes (p = 0,01).
Les profils de sensibilité aux antibiotiques des
souches Salmonella et Shigella étaient
diversifiés : Salmonellaenterica et Shigellabongori. Nous
avons constaté que 82,3 % des bactéries étaient
résistantes aux antibiotiques de la famille des bêta-lactamines,
notamment l'ampicilline, l'amoxicilline et l'amoxicilline + acide clavulanique,
ainsi que la céftriaxone. La majorité des souches étaient
sensibles à la gamme d'antibiotiques testée, notamment la
quinolone (acide nalidixique, ofloxacine et ciprofloxacine), à
l'exception de certains antibiotiques de la famille des bêtalactamases,
qui ont montré une sensibilité réduite à
l'ampicilline et à l'amoxicilline + acide clavulanique. Par ailleurs, pour évaluer les relations
phylogénétiques et établir des liens
épidémiologiques entre les souches de Salmonella
isolées au cours de notre étude, nous avons
caractérisé vingt isolats bactériens de
Salmonella par PCR (Polymérase Chain Reaction) GTG5, puis
regroupé les souches en utilisant le logiciel DendroUPGMA sur la base
des empreintes génétiques obtenues par PCR GTG5.
Le den- drogramme obtenu à l'aide de l'empreinte
génétique a permis de regrouper les souches de
Salmonella en 20 groupes (G1 à G20).
Conclusion
Cette étude souligne l'ampleur du problème de
santé publique posé par ces bactéries chez les populations
tchadiennes. Elle met en évidence la nécessité de
surveiller de près le profil antibiotique afin d'assurer une
antibiothérapie efficace et de mettre en place des programmes de
prévention adaptés à la santé publique. La
circulation de telles souches nécessite des études plus
poussées pour mieux connaitre l'origine et leur mode
dissémination.
Le test Rep-PCR (GTG) a permis un typage moléculaire
rapide des souches de Salmonella. Les souches des Salmonella
typées dans cette étude appartiendraient à
différents clones.
Mots clés : Diarrhée
aigüe, Identification, Antibiotiques, épidémiologie,
N'Djamena.
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